Но на следующий год Юрий вновь разгромил Василия, великий князь бежал в Новгород, а войска галицкого князя вступили в Москву. На этот раз в плену оказались мать и жена Василия. Положение великого князя, перебравшегося в Нижний Новгород, стало критическим. Однако внезапно Юрий умирает. Василий возвратился в Москву и примирился с сыновьями Юрия Дмитриевича. Один из них — Василий — вскоре нарушил клятву, выступил против великого князя и был разбит, попал в плен, его отослали в Москву, где Василий был ослеплен, получив с той поры прозвище Косой.
В 1445 г. Василий Васильевич отправляется на помощь Нижнему Новгороду, который осадили татарские царевичи Махмутек и Якуб. Прибыв в Суздаль, великий князь стал пировать в лагере. На утро следующего дня, когда Василий рассчитывал еще немного «опочинуть» (поспать), ему сообщили о приближении татар. Войско великого князя было невелико, ибо Шемяка обещанных полков не прислал, но тем не менее сначала перевес был на стороне русских. Затем ход битвы переменился, и татары победили. Великий князь попал в плен. Татарские воеводы отослали в Москву снятый с Василия нательный крест, чтобы убедить в пленении князя его мать и жену. Это случилось 7 июля. А 14 июля в страшном пожаре «выгоре» вся Москва, так что, по словам летописца, в городе не только не осталось деревянных построек, «но и церкви каменные распадошася, и стены градныа каменныа падоша в мнозех местах». Город оказался беззащитным перед возможным нападением татар. Началась паника. Великие княгини поспешили уехать в Ростов.
Дмитрий Шемяка, узнав о пленении великого князя, послал дьяка Федора Дубенского, наказав ему убедить татар ни в коем случае не выпускать Василия из плена. Но великому князю удалось получить свободу ценой обещанного огромного выкупа — 200 тысяч рублей серебром. Он прибыл в Переяславль, а оттуда с женой, матерью и боярами вернулся в Москву.
Шемяка все же не оставлял надежд расправиться с Василием. И вскоре ему представился удобный случай. Великий князь с небольшой свитой поехал на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. Шемяка поспешил захватить Москву и пленить обеих великих княгинь. К Василию со страшной вестью примчался некий Бунко. Однако Василий не поверил ему и велел прогнать прочь. Все же князь решил принять меры предосторожности и выслал дозор к Радонежу. Однако князь Иван Можайский (сын Андрея Дмитриевича, двоюродный брат Василия) перехватил воинов великого князя. Он спрятал своих ратников в возах с сеном; они незамеченными доехали до дозорных, а поравнявшись с ними, выскочили из саней и захватили стражей Василия в плен. Когда великому князю донесли о приближении врагов, он бросился на конный двор, но готового коня не оказалось. Князь укрылся в одном из монастырских храмов. Услышав возгласы Ивана Можайского: «Где есть князь великий?», Василий с образом в руках сам вышел на порог церкви, взывая к справедливости и напоминая о крестном целовании (т. е. соглашении, скрепленном целованием креста) с Шемякой. Иван Можайский пообещал князю: «Аще ти възхощем коего лиха, буди то над нами лихо» — и отошел в сторону. Тогда один из приближенных можайского князя — Никита, положив на плечо Василию руку, произнес: «Поиман еси великим князем Дмитрием Юрьевичем». На голых санях Василий был отвезен в Москву и там ослеплен. Отсюда и его прозвание — Василий Темный.
Великий князь был выслан в Углич, а Софья Витовтовна — в Чухлому. Сыновей Василия Шемяка обманом вызвал из Мурома и также отправил в Углич. И все же Шемяка, считаясь, как бы сказали теперь, с общественным мнением, вынужден был уступить: Василия освободили и отправили в Вологду, переданную ему в удел. Но опальный князь пробыл там недолго: он побывал в Белоозере, заручился моральной, а главное — финансовой поддержкой в тамошних монастырях и оттуда направился в Тверь, где закрепил союз с тверским князем Борисом Александровичем браком своего сына Ивана с дочерью Бориса — Марией. После этого объединенные силы Василия и его сторонников двинулись к Москве. В феврале 1447 г. великий князь вернул себе столицу и положение.
Дальнейшее княжение Василия протекало без новых потрясений. Напротив, он стремился к всемерному упрочению своей власти. В 1456 г. был арестован князь серпуховско-боровский Василий Ярославич, а его удел ликвидирован. Михаил Андреевич Верейский (сын Андрея Дмитриевича, внук Дмитрия Донского) полностью зависел от великого князя. После его смерти (в 1486 г.) верейский удел перешел в собственность великого князя (в то время уже Ивана III). В 1456 г., после победоносного похода Василия на Новгород, были существенно урезаны права Новгородской земли.
Василий Темный был женат на Марии Ярославне, внучке Владимира Серпуховского, и имел от нее семь сыновей и дочь.