В момент смерти Грозного все старшие представители рода Шуйских находились вне Москвы. Они сидели наместниками в самых главных опорных пунктах государства на его северо-западной и западной границах: В. Ф. Скопин-Шуйский — в Новгороде Великом, И. П. Шуйский — в Пскове, А. И. Шуйский — в Смоленске. Из членов регентского совета в Москве в этот период жили дядя нового царя Н. Р. Юрьев и князь И. Ф. Мстиславский с поддерживающим их влиятельным думским дьяком Андреем Щелкаловым.
Борис Годунов, воспользовавшись своим родством с царем, добился звания боярина-конюшего — высшего думского звания, ликвидированного Грозным; затем он заполучил боярские звания для своих родичей С. В. и Г. В. Годуновых. Родственники юного царевича Дмитрия — Нагие были отосланы из Москвы в разные места. Годунов, зная о влиянии Шуйских в боярской среде и будучи осведомленным об особенном уважении царя Федора к Ивану Петровичу, старался сблизиться с Шуйскими (Шуйские, по-видимому, в это время уже укрепили свои позиции). В посольских делах говорилось, что Федор пожаловал Ивана Петровича «великим жалованием в кормление Псковом, обема половинами и с пригороды и с тамгой, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь»[290]. В. Ф. Скопин-Шуйский получил в кормление Каргополь. Боярином и главой Московской судной палаты стал В. И. Шуйский.
Сложившаяся ситуация, направленная, по существу, на укрепление позиций боярской знати, не устраивала одного, но очень влиятельного члена регентского совета, а именно Б. Я. Бельского, самого видного из деятелей опричнины, царского оружничего, любимца Грозного. Хотя опричнина и была формально уничтожена в 1572 г., но опричники остались, и главной их опорой являлся Бельский, в подчинении которого находилось все стрелецкое войско. Пользуясь своей близостью к только что умершему царю и уповая на высокий пост оружничего, Бельский затеял местнический спор с более родовитым казначеем П. И. Головиным. Выходка оружничего возмутила родовитую знать. В народе пошел слух: Бельский хочет отстранить от царствования Федора Ивановича и восстановить опричные порядки. В городе вспыхнули волнения, большая, двадцатитысячная толпа подступила к Кремлю и стала требовать выдачи Бельского, грозя разгромом Кремля. Лишь когда к народу вышли И. Ф. Мстиславский и Н. Р. Юрьев с дьяками Щелкаловыми и сообщили о высылке Бельского, согласно воле Федора, в Нижний Новгород, народ успокоился. 31 мая 1584 г. состоялась коронация Федора Ивановича.
В процессе пополнения Боярской Думы к апрелю 1585 г. боярином стал Андрей Иванович Шуйский,[291] считавшийся одним из умнейших представителей этой фамилии. Теперь в Думе сидело четверо Шуйских: Иван Петрович, В. Ф. Скопин-Шуйский, В. И. и А. И. Шуйские. Дмитрий Иванович оставался царским кравчим, а в апреле 1586 г. также стал боярином[292]. Вместе с примыкавшими к ним Н. Р. Юрьевым и И. Ф. Мстиславским они представляли весьма мощную княжеско-боярскую группировку, противостоявшую Борису Годунову в его стремлениях к захвату власти.
Но ситуацию изменила тяжелая болезнь Н. Р. Юрьева, самого влиятельного и авторитетного в народе деятеля этой группировки. Заболев в августе 1585 г., он умер в апреле 1586 г. Смерть Юрьева усилила позиции Годунова. В мае того же года у Бориса происходит столкновение с Андреем Шуйским, одним из видных представителей фамилии. Назначение «на берег» воеводой передового полка Андрей воспринял как сознательно нанесенное ему оскорбление, так как в предыдущем походе в октябре 1585 г. он являлся воеводой Большого полка. В ответ на выпад Бориса Шуйские ответили контратакой. Воспользовавшись тем, что в то время в городе происходили волнения посадских людей, Шуйские, заручившись поддержкой митрополита Дионисия, епископа Крутицкого Варлаама и верхушки московского посада, обратились к царю Федору с челобитной о разводе его с Ириной Годуновой по причине ее бесплодия и о заключении нового брака. Но Годунову удалось успокоить посад и Шуйским пришлось торжественно примириться с Борисом. Последний в первую очередь расправился с руководителями волнений, а затем отстранил от престолов митрополита Дионисия и епископа Варлаама, тем самым обезопасив себя со стороны церкви.