Собрав новую армию в количестве 180 тыс. человек, Шуйский снова ставит во главе ее Дмитрия и Ивана, а также М. В. Скопина-Шуйского. Авангард этой армии, возглавляемый князем Кольцовым-Масальским, вступил в бой с противником на реке Лопасне, но потерпел поражение. Тогда командование передается Скопину-Шуйскому с подчинением ему также отряда Кольцова-Масальского. В бою на реке Пахре молодой полководец наносит Болотникову тяжелое поражение. Своими успехами Скопин-Шуйский завоевывает популярность в войсках, но одновременно приобретает смертельного врага в лице своего дяди Дмитрия Шуйского, претендовавшего на звание лучшего полководца на Руси.
Поражение на Пахре несколько ослабило силы Болотникова, однако после того, как к нему примкнули рязанские дворяне во главе с Григорием Сумбуловым и Прокопием Ляпуновым, а затем веневские служилые люди, которыми командовал сотник Истома Пашков, войско вновь увеличилось, и после взятия Коломны, соединившись на Оке, восставшие подошли к Москве и стали лагерем в селе Коломенском и в Загорье.
Почувствовав слабость царя, на сторону Болотникова переходят Малый Ярославец, Боровск, Можайск, Руза, Волоколамск, Погорелое Городище, Ржева, Зубцов и Старица. Затем движение начинает распространяться и на народы Поволжья, на города Арзамас, Алтырь и Свияжск; осаде подвергся и Нижний Новгород. Лишь Север оставался верным царю Василию.
Еще не совсем осознавая всей серьезности обстановки, Шуйский посылает отряд под командованием князей Воротынского и Трубецкого под Елец и Кромы. Воротынскому на первых порах удалось рассеять неорганизованные силы мятежников Ельца, о чем он поспешил доложить царю. Но не успели еще прибыть награды победителям, как Болотников обрушился на 5-тысячный отряд конницы Трубецкого, разметал его, тем самым вызвав панику и в отряде Воротынского, и оба воеводы, даже не решаясь возвратиться в Москву, уехали в свои вотчины.
Шуйский, видя, что сторонников становится все меньше и меньше, предпринимает еще один шаг, который, по его мнению, должен был примирить его с группировкой Годуновых, весьма сильных врагов. Василий снимает опалу с памяти Бориса и организует торжественное перенесение праха Годунова, его жены Марии и сына Федора из обители св. Варсонофия, где их похоронили без всяких почестей, в Троице-Сергиеву Лавру. Перенесение совершалось с большими почестями, пышностью и великолепием.
Одновременно Шуйский собирает новую армию. Несмотря на то, что отряд под командованием М. В. Скопина-Шуйского разбил отряд противника на берегах реки Пахры, основные силы царя под командованием князей Мстиславского, Дмитрия Шуйского, Воротынского, Голицыных потерпели сокрушительное поражение в селе Троицком, в 50 верстах от Москвы, и в панике бежали, оставив в руках противника множество пленных. Однако вскоре обстановка в лагере противника изменилась в пользу Шуйского.
«Прелестные письма» Болотникова в адрес крестьян и холопов носили настолько ярко выраженный антикрепостнический характер, что присоединившиеся к Болотникову дворяне стали сомневаться в правильности принятого ими решения. А Шуйский, в свою очередь, усердно распространял среди дворян воззвания, в которых склонял их к уходу из лагеря восставших, обещал полное прощение и царские милости. Но пока все оставалось по-прежнему: Болотников готовился к штурму Москвы, а Москва предпринимала последние усилия к организации обороны.
Оборона города должна была носить активный характер. Эта идея принадлежала, по всей видимости, все тому же юному полководцу М. В. Скопину-Шуйскому. Московское войско делилось на две части: первая группа, меньшая по численности, под начальством осадного воеводы, защищала городские укрепления изнутри. Во главе этой группы стояли окольничий князь Д. В. Туренин и думный дьяк И. М. Пушкин, а надзирал за их деятельностью боярин князь И. И. Одоевский-Большой; вторая значительно большая по численности, являясь подвижной и находясь под командованием «вылазного воеводы», имела задачей организацию систематических вылазок против осаждающих город войск Болотникова. Эта часть войска, игравшая наиболее ответственную роль в обороне столицы, возглавлялась князем М. В. Скопиным-Шуйским. Насколько велико было значение этой группы, видно из состава помощников девятнадцатилетнего командующего, в подчинении которого находились князья А. В. Голицын и Б. И. Татев, а также дворцовые чины, стольники, стряпчие, московские дворяне, жильцы и т. д.[336] Одновременно, за счет постепенно прибывающих подкреплений, шел процесс формирования новой армии под командованием И. И. Шуйского.