Rodzina nie mogła dłużej znieść tego poniżenia. Postanowiła pozbyć się grzesznego hrabiego.
Zaplanowano morderstwo. Podobno właśnie Beatrice odegrała w tym planie główna rolę. To ona namówiła dozorcę zamku – niejakiego Olimpio, którego zresztą była kochanką (wg jednej relacji) oraz innego młodzieńca, Marozio – bardzo w niej zakochanego, by skończyli z życiem rozpustnika. Podobno groziła spiskowcom, że jeśli tego nie zrobią, ona sama z nimi skończy”.
Podobno też wbrew woli macochy Lukrecji, aby taki grzech planować na dzień święty, w niedzielę Trójcy Świętej, 9 września 1598 roku, przygotowano hrabiemu napój z dodatkiem opium. Kiedy „lek” zaczął działać, grzesznika zawinięto w prześcieradło i zrzucono z balkonu z górnej części zamku. Rano „odnaleziono” ojca i męża martwego.
Widocznie plan nie okazał się aż tak precyzyjny, skoro po powrocie do Rzymu, zaczęto wątpić w naturalną przyczynę zgonu. W Królestwie Neapolu rozpoczęto nawet oficjalne śledztwo. Postawiono zarzuty braciom Cenci. Monsignore Guerna próbował pozbyć się braci, aby uratować piękną Beatrice. I ten plan nie powiódł się. Choć jeden z braci, Olimpio został skrytobójczo zamordowany w Terni, młodszy – Marozio został schwytany i w Neapolu przyznał się do winy. Teraz wypadki potoczyły się szybko. Całą rodzinę aresztowano i osadzono w Zamku Świętego Anioła.
Proces trwał przeszło rok. Cały Rzym rozumiał powody zbrodni. Sympatia pozostała po stronie aresztowanych. Grzeszny żywot hrabiego raził i wzbudzał do niego niechęć. Papież Klemens VIII przez cały czas, okazywał jednak niechęć i do samej Beatrice i do jej sprawy. Nie rozumiał powody zbrodni. Mówił nawet „czyż mamy żyć tak długo, żeby zobaczyć jak dzieci mordują własnego ojca?”.
Beatrice nazywano „dziewicą rzymską”. Wysyłano do papieża listy z prośbami o łaskę dla pięknej Rzymianki. Używano wszelkich argumentów: prawych, historycznych, moralnych i filozoficznych. „Papież jest surowy i nie da się wzruszyć ani ugiąć; jest postacią z marmuru, rytuałem, prawem, zwyczajem, a nie człowiekiem”.
Sprawa była przesądzona. Wyrok zapadł. Śmierć. Zachował się do dziś dokument zatytułowany: „Relacja o śmierci Giacomo i Beatrice Cenci, i Lukrecji Petronii Cenci, ich macochy, za ojcobójstwo; w Rzymie, w sobotę 11 września 1599 roku, za pontyfikatu Klemensa VIII”.
W rok i dwa dni od morderstwa, na placach Rzymu wyrok wykonano. Giacomo został rozerwany, rozgrzanymi do czerwoności szczypcami. Tak okaleczone ciało, bito następnie maczugą, wleczono koniem i poćwiartowano. Obie kobiety zginęły, chyba w sposób bardziej humanitarny. Zostały ścięte.
Jak zwykle w takich przypadkach, archiwiści i kronikarze, pozostawiają po bohaterach opowieści, sprzeczne, czasem nawet wykluczające się informacje. W przypadku Beatrice, także spotkamy się z wieloma tego typu niedopowiedzeniami. Wedle jednych relacji, Beatrice miała lat szesnaście, wedle innych aż dwadzieścia dwa. Znajdujemy też niepotwierdzone relacje, o linczu, jaki rzymski tłum dokonał na kacie w dniu wykonania wyroku, gdyż nie mógł zrobić tego na osobie papieża.
Klemens VIII obiecał, że jeszcze przed swoim wyjazdem na niedzielny, wiejski wypoczynek, udzieli Beatrice odpustu zupełnego. Co też uczynił.
Cytowany już kronikarz, tak opisuje sam moment śmierci „rzymskiej dziewicy”: „Pani Beatrice przybyła na miejsce egzekucji piechotą, przeszedłszy przez Via Crucis. Miała na sobie strój, jaki noszą zakonnice, koloru czerwonego wina, z szerokimi rękawami i takimże paskiem, i srebrny welon. Jej spodnia szata miała również szerokie rękawy i ukazywała ramiona. W jednej ręce trzymała krucyfiks, a w drugiej chusteczkę do wycierania łez i potu z twarzy. Przed egzekucją zdjęła białe pantofle, ozdobione wstążkami i koronką, i zostawiła je u podnóża podestu, po czym szybkim ruchem położyła szyję pod topór, ustawiając się od razu tak, aby kat nie musiał jej dotykać”.
Po egzekucji odbył się uroczysty pogrzeb ojcobójczyni. Kondukt żałobny oświetlony był aż pięciuset pochodniami. Musiało, więc wziąć w nim udział sporo spośród mieszkańców Rzymu.
Postać Beatrice Cenci zachowana została do dziś. Uwieczniona została na obrazie Gwido Reniego, znajdującego się w kościele św. Grzegorza, przedstawiającym męczeństwo św. Andrzeja. Dziewczyna na pierwszym planie obrazu to właśnie piękna rzymska dziewica – Beatrice Cenci.
Ogromne dobra rodu Cenci, zostały skonfiskowane i przeszły do skarbu papieskiego. Klemens VIII – Hipolit Aldobrondini, który wcześniej bogacił się na karach nakładanych na hrabiego Francesca za homoseksualizm, teraz otrzymał w całości majątek Cencich. Dobra Aldobrandinich, choć na krótko, stały się jednymi z największych w Państwie Kościelnym.
Prawie pięćdziesiąt lat później, dzięki drugiej, potężnej kobiecie Olimpii Maildalchini, przejdą one w ręce innego papieskiego rodu – Pamphili.
Ród Pamphili niemal równo przez trzysta lat błyszczał w środkowej Italii. Wywodził się z Gubbio, gdzie w 1461 roku otrzymał tytuł hrabiowski od Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Wśród protoplastów rodu, znalazło się kilka wielkich postaci. Wśród nich byli między innymi: Iacopo, Francesco i Antonio. Jednak za sprawą tego ostatniego Pamphili mogli marzyć o wielkiej przyszłości. Przenieśli się do Rzymu, i weszli w pokrewieństwo z papieskim rodem Borgiów. Wnuk Antonia sam został papieżem, przyjmując imię Innocentego X (1644-1655). Za panowania papieża Innocentego X, Pamphili przejęli dobra Aldobrandinich. Sam ród wygasł w roku 1760. Jego tytuły i dobra przeszły z kolei w ręce Jana Andrzeja IV, księcia Melfi, który zapoczątkował nową, wielką arystokratyczną rodzinę, której potomkowie żyją do dziś – Doria Pamphili Landi.
15 września 1644 roku objął władzę w Watykanie, w Rzymie, w Państwie Kościelnym i nad całym światem chrześcijańskim – 234 papież – Gian Baistta Pamphili – jako Innocenty X.
Kiedy obejmował urząd, był już człowiekiem starym. Miał ponad 72 lata – chociaż dokładna data jego urodzin nie jest znana. Pochodził z bogatego i wpływowego rodu. Był blisko spokrewniony z papieżem Aleksandrem VI – rozpustnym papieżem Borgią. Był wnukiem „infantore Romano” – dziecka Rzymu, nieprawego dziecka papieża. Już samo pochodzenie przyszłego pontifeksa, powinno wywołać refleksje kardynałów zebranych na konklawe po śmierci Urbana VIII – 1644 roku. Pewnie tak by było, gdyby nie epoka, w której przyszło mu żyć i kandydować do Piotrowego tronu.
Konklawe przeciągnęło się do 37 dni. Trudno było wybrać odpowiedniego kandydata. Kardynałowie nepoci poprzedniego papieża, chcieli przeforsować uległego im kandydata. Dwór francuski musiał także zadbać o swoje interesy. Potężny kardynał Mazarini, następca Kardynała Armonda de Richelieu, starał się trzymać rękę na pulsie. Kiedy stronnictwu włoskich Barberinich (rodzina zmarłego Urbana VIII) nie udało się zapewnić tronu dla swojego protegowanego, postanowili wespół z kardynałami zależnymi od Medyceuszy wynieść Gian Battisę. Mazanini ostro sprzeciwił się tej kandydaturze, ale spóźnił się. Jego veto, choć zostało zgłoszone, do obradujących kardynałów, dotarło już po wyborze Innocentego X.
Barberini i Medyceusze byli pewni, że stary, chociaż jeszcze dobrego zdrowia kardynał będzie im całkowicie posłuszny. Gdyby im się to udało, nepotyzm, który za Urbana VIII sięgał już szczytów, teraz dopiero stałby się w Kościele prawdziwą plagą.
Urban VIII należał do tych papieży, którzy na potrzeby swojej rodziny przeznaczali największe kwoty. Ocenia się, że wydał on ponad 100 milionów talarów dla zabezpieczenia bratanków. Żył wystawnie, budował piękne pałace, był wielkim kolekcjonerem sztuki. Dbał jednak przede wszystkim o zgromadzenie wszystkich dóbr w rodzinnych posiadłościach. Złośliwi – jak zwykle – Rzymianie powtarzali: „czego nie zrobili barbarzyńcy, zrobił Barberini” – „qoud non fecerunt Barbari, fecerut Barberini”.