1941 год застал муфтия в Ираке, где он принял участие в государственном перевороте, совершенном Гейлани при поддержке немцев, который и возглавил новое правительство. Во время Второй мировой войны муфтий находился в Германии; выступая в передачах Берлинского радио на арабском языке, призывал арабов к поддержке стран оси, помогал немцам как духовный пастырь формировать дивизию СС из боснийских мусульман. Считалось, что Берлин готовит его на роль фюрера арабских народов.
После капитуляции Германии муфтий переехал в Швейцарию, затем во Францию, где проживал под надзором полиции. Год спустя он без уведомления властей, а может быть, и с их молчаливого согласия, покинул Францию и отбыл в Каир.
Каковы были дальнейшие планы муфтия, тогда не было известно; шла только из разных источников информация, что, будучи за свои прошлые дела, особенно за сотрудничество с нацистами, на своеобразном крючке у англичан, он может быть использован ими в политической игре вокруг Палестины. Не случайно и в упомянутом уже сообщении каирской резидентуры об использовании английской разведкой агентуры абвера и других германских спецслужб имя муфтия упоминалось одним из первых. В Бейруте, например, где-то в ноябре 1946 года появились даже плакаты с портретом муфтия, который подавался таким образом как наставник арабов и радетель их единства. Бывала и явно противоречивая информация, особенно что касается берлинского периода жизни муфтия.
Разобраться в его идеологии и политическом лице помогли его откровенные высказывания в беседах с руководителями третьего рейха, а также в письмах, которые направлялись им Гитлеру и Риббентропу. Все они были запротоколированы и в качестве трофейных документов попали в Москву.
Мы приведем только самую малую толику из этого богатого архивного материала, который помог снять вопросы в отношении муфтия. Его встреча с Гитлером состоялась в ноябре 1941 года, на ней присутствовал Риббентроп. Запись беседы сделана сотрудником МИДа Германии:
«Муфтий. Арабы благодарят фюрера за неоднократное упоминание в своих речах об участии Германии в судьбах арабских народов. Он благодарит фюрера лично за доставку Гейлани в Германию.
Мы смотрим с полным доверием на фюрера, который возглавляет борьбу против того же противника, который является врагом арабского мира, а именно англичан, евреев и большевиков.
Арабы готовы принять участие в этой борьбе на стороне Германии не только пассивно, как, например, в форме совершения актов саботажа или организации волнений, но и активно, в частности организовать Арабский легион, который воевал бы на стороне Германии.
Гитлер. Нужно хорошо обдумать, какие меры нам могут помочь или, наоборот, навредить в нашей борьбе против всемирного еврейства, англичан и большевиков.
Мы ведем тяжелые бои за выход к Северному Кавказу. Если мы в этот момент огласим заявление по Сирии, то усилится влияние тех элементов во Франции, которые поддерживают де Голля. В ближайшее время вермахт дойдет до южных рубежей Кавказа, — это и будет самым подходящим моментом сделать такое заявление.
Он, фюрер, счастлив спасению Великого муфтия, находящегося под защитой держав оси.
Он просит принять во внимание, что путь от Ростова до Ирака или Ирана короче, чем от Берлина до Ростова. Он надеется весною будущего года открыть эти ворота».
Из беседы муфтия с японским послом в Берлине (запись от 19 декабря 1941 г.):
«Великий муфтий высказал пожелания успехов японской армии. Зная настроения мусульманского мира, он считает очень важным распространить уже сейчас в форме официальной японской декларации заявление о предоставлении свободы и независимости восточным странам. Это произвело бы большое впечатление на угнетаемые англичанами страны, и особенно на Индию, откуда они черпают большую часть войск, используемых в военных действиях против Японии.