Его взяли на службу в Осведомительное агентство (ОСВАГ) при штабе Главнокомандующего вооруженными силами Юга России, которое выполняло агитационно-пропагандистские функции и взаимодействовало с контрразведкой. Богомолец находился в отделе, занимавшемся разъяснительной работой среди населения захваченных районов, исполняя обязанности секретаря отдела. Это позволяло ему быть в курсе многих оперативных, пропагандистских и карательных мероприятий, проводившихся командованием. Там же он приобрел навыки общения с французскими и английскими офицерами, прикомандированными к штабу. Правда, его скромное служебное положение исключало участие в принятии сколько-нибудь значимых решений, но он был в курсе событий на фронте и в тылу, чувствовал настроения офицерского корпуса, отношение союзников к белой армии. Словом, он видел ситуацию, понимал ее лучше многих других офицеров деникинской армии.
Деникин сдает командование войсками генералу Врангелю, а сам на иностранном крейсере отбывает в' Константинополь. За ним потянулись многие «штабисты», в их числе и Богомолец. Так он впервые оказался в Турции, где хозяйничали англичане. Там он и попал в поле зрения Интеллидженс сервис. Ему еще раз пришлось побывать в России, в Крыму, где Врангель предпринимал отчаянные попытки как-то организовать функционирование своей власти. Но было уже поздно, Богомолец оказался в Севастополе всего за две недели до падения Крыма под ударами красных.
Богомольцу, как и всей белой армии, пришлось пережить хаос бегства, страх перед будущим, горечь разочарований и утрат. Может быть, его положение было даже лучше, чем многих других. Во время предыдущего краткого пребывания в Константинополе он ознакомился с местной ситуацией, появились связи со своими и англичанами, что позволило ему устроиться на первых порах. Он полагал, что и его высокое начальство в чем-то посодействует, хотя, по правде говоря, таких, как он, было много. Транспорт «Кронштадт» уходил все дальше и дальше от родных берегов, унося в неизвестность и Виктора Богомольца.
Город на берегах Босфора стал пристанищем для многих эмигрантов. Некоторое время Богомолец ютился в небольшой комнатушке старого дома вместе с Шульгиным. Он, естественно, внимательно слушал своего умудренного опытом собеседника. А для последнего все было более или менее ясно. Киев — это мать городов русских, центр южной части единого народа. Когда Древняя Русь распалась, Киев более столетия находился под властью Орды, а затем почти 300 лет им владели Литва и Польша, пока рада в Переяславле не сказала: «Волим царя восточного, православного». Выступавшие с балкона дворца Кшесинской казались тогда изменниками, которые, выйдя из войны с Германией и отдав ей Украину, нарушили союзнические обязательства. Они, белые, спасают русскую честь. При всем драматизме эмигрантской судьбы было все же и у многих значимых фигур, таких как Шульгин и Деникин (у одного Богомолец работал в газете, у другого служил в штабе), некое самооправдание сотрудничества с войсками, а у чинов поменьше — и с разведками стран Антанты: верность союзническому долгу, как они его тогда понимали. Позже, кстати, и генерал, и депутат посмотрят на все это совершенно иначе. Василия Витальевича Шульгина в конце Великой Отечественной войны привезут на родину, он отсидит десять лет в тюрьме, не ожесточится, скажет много мудрого нашим людям и окончит свой жизненный путь в размышлениях о пережитом накануне своего 99-летия в древнем русском городе Владимире. Деникин, оставаясь убежденным противником советской власти, в 1939 году призовет белоэмиграцию не поддерживать фашистскую Германию в случае войны с СССР, главное для него было сберечь неприкосновенность и целостность России. Умер Антон Иванович на чужбине.