Весной 1939 года Богомольца нашел Гибсон, проезжавший через Париж по пути в Лондон. Встреча состоялась. Никакого особого разговора по делам не было, англичанин просто уклонился от этого. Однако сам факт встречи по инициативе Гибсона говорил о том, что Богомолец продолжает находиться в поле зрения Интеллид-женс сервис. На его взгляд, это было вполне естественным, учитывая его осведомленность об операциях английской разведки против СССР. Он продолжал сотрудничать с поляками и румынами, что давало ему определенные средства для жизни и, очевидно, продолжало устраивать англичан.
Сразу после начала Второй мировой войны Богомолец счел своим долгом обратиться с письмом к Гибсону и предложить свои услуги для решения разведывательных задач в интересах союзников. Получил ответное письмо от Гибсона, который, сославшись на сомнения, существующие по какой-то причине в отношении него, рекомендовал пока ничего не предпринимать. «Советский след» в биографии Богомольца давал о себе знать. Вероятно, англичане ждали возможного развития событий с советской стороны и хотели уже после этого определиться. А пока за Богомольцем наблюдали.
В начале 1940 года Богомольца вновь несколько неожиданно посетил Гибсон. В это время в Париже находился Мурузов с целью, как он сам определил, собрать возможно более полную информацию о военно-политическом положении в Европе с прогнозом действий Германии, Англии, Франции, Италии и Испании. Перед Румынией встала проблема занять четкую позицию в своей внешнеполитической ориентации. Перед тем, как приехать во Францию, Мурузов был в Берлине и Риме. Гибсон по поручению своего руководства пригласил его в Лондон. Там прием оказался довольно сдержанным, поскольку англичане полагали, что он тесно сотрудничает с немцами и итальянцами.
Встреча самого Богомольца с Мурузовым состоялась на Лазурном берегу, в Ницце, где тогда жила семья Богомольца, и была короткой. Поставленные прежде перед Богомольцем задачи были ясны, а новых до своего доклада в Бухаресте Мурузов не выдвигал. Больше Богомолец его уже никогда не увидит.
Вскоре события приобретают драматический оборот. Богомолец покидает Париж за четыре дня до прихода немцев. Некоторое время находится в Биаррице. 14 июня 1940 года вермахт вошел во французскую столицу. Власть передана маршалу Пэтену. По Компьенскому перемирию германские войска оккупировали всю Францию, за исключением свободной зоны. Позднее и ее постигнет та же участь.
Богомолец понимает, что ситуация чрезвычайно хрупкая и оставаться во Франции ему, известному в качестве английского разведчика, просто нельзя. 18 июня он выехал в Бордо, чтобы увидеться с румынским послом, и попросил помочь оформить визы в Испанию и Португалию. Ему помогли получить испанскую визу по английскому паспорту. На следующий день он еще раз был в румынском посольстве и даже успел подбросить на своей машине до испанской границы румынского военно-морского атташе адмирала Димитреску. 31 июня Богомолец с семьей пересек испанскую границу и прибыл в Сан-Себастьян, где в португальском консульстве получил визу на въезд в Португалию. Затем направился в Мадрид, там отрекомендовался румынскому консулу и поблагодарил его за участие в своей судьбе. Обстановка в Мадриде не располагала к продолжительной остановке, надо было побыстрее устраиваться на новом месте. Богомолец на автомашине направился к испано-португальской границе и далее в Лиссабон.
Перемещение Богомольца в Португалию не выглядело случайным. СИС продолжала держать его на поводке, хотя и длинном. Возможно, как раз там он будет у дел, и немаловажных. Ведь эта страна на крайнем западе Европы становилась местом значительной активности многих разведок, и прежде всего США, Англии и Германии.
Богомолец поселился в местечке Эшторил, в 20 километрах от португальской столицы, в «Паласис отель». Прежде всего он нанес визит румынскому посланнику, которого попросил известить Бухарест о том, что он находится в Португалии. Затем послал телеграмму Гибсону, где выразил желание продолжать сотрудничество, что было особенно важно в связи с надвигавшейся на Англию германской угрозой. Он полагал, что этот его шаг будет замечен в Лондоне, последует реакция и ему найдут применение, поскольку сложная обстановка в мире предоставляла большое поле деятельности для разведывательных служб и их опытных сотрудников. Однако в Лондоне решили все же пока держать Богомольца на определенной дистанции, сохраняя с ним связь. Гибсон прислал письмо, в котором говорилось, что с включением в активную работу следует повременить, но намерение Богомольца контактировать с румынами Гибсон поддержал.
Богомолец был связан с представителями спецслужб режима Антонеску, хотя не все и не всегда здесь складывалось гладко. Так, он составил доклад для Бухареста, в котором со ссылкой на ряд источников обрисовал опасность втягивания Румынии в военные действия на стороне Германии, и попросил посланника передать доклад в Бухарест. Как он потом догадался, посланник побоялся сделать это, прекрасно зная прогерманскую ориентацию тогдашних румынских верхов. Спустя некоторое время Богомолец решает обратиться к Мурузову, с которым давно и в целом плодотворно сотрудничал, но узнает, что тот расстрелян по указанию Антонеску. Зато из Бухареста ему ответил старый знакомый Биано и предложил продолжить совместную работу.
С помощью Биано Богомольцу удалось решить очень важный вопрос, связанный с пребыванием в Португалии. Иностранцы, которые находились в стране и являлись подданными или гражданами воюющих государств, каждые две недели обязаны были продлевать свой вид на жительство. Конечно, это большое неудобство. Людям приходилось жить на чемоданах, а в случае отказа в виде на жительство и ехать-то некуда. Ни о какой нормальной работе в таких условиях не могло быть и речи. Богомолец попросил Биано написать письмо начальнику португальской полиции и похлопотать за него в интересах общего дела. Биано пошел навстречу и такое письмо с рекомендацией написал. Это возымело действие, и процедура возобновления документов была определена как ежемесячная. Тоже не сахар, но все же лучше. По крайней мере, хотя бы эта деталь выделяла его из сотен других просителей. Сработали, очевидно, помимо политических и личные мотивы: Биано был хорошо знаком с начальником португальской полиции Лоренцо, с которым неоднократно встречался на международных конгрессах руководителей полицейских служб.
С другой стороны, Богомолец нащупывает подходы к румынской оппозиции, хотя это и небезопасно. После разгрома немецко-фашистских войск под Сталинградом в Интеллидженс сервис начали серьезно заниматься вопросами, связанными с послевоенным устройством Европы.
В Лиссабоне появился оппозиционный правящему режиму Антонеску «Комитет румынской взаимопомощи», под эгидой которого была издана небольшая брошюра, трактовавшая политическое будущее Румынии в русле союзнических представлений. В составлении хроники международных событий, помещенной в публикации, принял участие и Богомолец. Брошюра была напечатана весной 1943 года. Ее направили в посольства ряда стран, аккредитованных в столице Португалии.
Реакция португальских властей была жесткой. Богомольца доставили в полицию, где с ним беседовал помощник директора Кателло, который сообщил, что румынское посольство требует конфискации брошюры и принятия мер против лиц, которые ее распространяют. При этом было сказано, что полицией получено такое указание лично от Салазара. Богомольца продержали в полиции несколько часов. Он сказал, что не знает, где ее печатали и кто конкретно рассылал, но полагает, что есть немало румын, которые желают победы союзникам. Что касается его участия, то оно ограничилось составлением хронологии событий последних лет, заявил Богомолец, но, кроме того, весь текст публикации совпадает с мнением британского правительства, и он как британский подданный, естественно, также согласен с ним. Тон Богомольца едва ли мог понравиться португальской полиции. Что касается британского подданства, то, к сожалению, его у Богомольца не было. Он выдавал желаемое за действительное. Все, чем он располагал, это лишь британский паспорт. Вот такая несообразность, которая вскоре серьезно осложнит ему жизнь.
К Богомольцу «подошла» германская разведка, но он от разговора с ее представителем уклонился. Прессинг в отношении него стал нарастать. Он получил письмо из Парижа от консьержа дома, где снимал квартиру, которую оставил за собой. Гестапо произвело обыск, все имущество конфисковали и отправили в Германию. Жильцов допрашивали о связях Богомольца во Франции. Было сказано, что квартирант является английским агентом, выехавшим в Португалию, и очень опасен. В германской газете «Националь цайтунг» была помещена информация лиссабонского корреспондента, в которой сообщалось, что в городке Эшторил проживает русский с английским паспортом, являющийся крупным шпионом.