По всей вероятности, два египетских государства в течение многих веков процветали рядом друг с другом, часто сталкиваясь в вооруженных конфликтах. Наконец Северное царство утвердило свое господство над южным соседом, и они объединились в одно государство. Гелиополь (библейский Он), «город солнца», находившийся в окрестностях современного Каира, являлся религиозной, а возможно, и политической столицей объединенного Египетского царства.
Как долго продолжалось это политическое единство, установить невозможно. В любом случае спустя некоторое время Южное царство опять обрело свою независимость, и два политических объединения, соответствующие двум землям древнейшего периода, возникли снова. Однако это новое политическое развитие сопровождалось выбором новой столицы в каждом из двух государств. Резиденцией северного царя стала «двойная» столица Пе и Деп (Буто), тогда как соответствующую роль в Верхнем Египте играли Нехен и Нехеб, расположенные на противоположных берегах Нила в районе современного города Эль-Каба. Между двумя землями вновь начались войны. Они увенчались победой Юга и долговременным объединением Верхнего и Нижнего Египта.
Возможно, создателем нового объединенного царства был Менес, ибо его имя стоит в начале традиционного списка египетских правителей. Именно с него начинается настоящая история Египта. Он также является первым правителем, о котором сами египтяне располагали определенными сведениями. Например, согласно им, Менес считался создателем «Белой Стены» — города, позднее известного как Мемфис. О древнейших правителях двух государств помнили мало. Египтяне думали, что это были сверхъестественные существа или духи, занимавшие промежуточное место между людьми и богами. В древних столицах их душам поклонялись как полубогам: в Буто они приняли форму соколов, а в Нехебе их изображали в виде шакалов.
Материальная культура этого раннего периода обладала чертами, характерными для позднего каменного века (неолита). На окраине дельты, где начинается пустыня, были обнаружены несколько нижнеегипетских поселений (например, Меримда, Бени-Салами, Омари), где процветала культура позднего каменного века. Там жили земледельцы, имевшие огромное количество керамики, но не знавшие меди. В Верхнем Египте от того времени сохранилось множество кладбищ. В настоящее время современные названия некоторых из них являются привычными обозначениями разных стадий первобытного периода египетской культуры. Первая из них, обнаруженная в конце XIX века, имела две фазы, известные как Накада I и Накада II. Через тридцать лет после этого Брантон открыл в Бадари культуру, которая существовала примерно в то же время, что и Накада I. Третья, обнаруженная в Амре и относящаяся приблизительно к тому же периоду, что и две другие, дала свое название — «амратская культура» — всей группе Накада I. (Питри проводил раскопки в Накаде в 1895 г. — Пер.)
Носители амратской культуры, вероятно, являлись пастухами и охотниками, ведущими полукочевой образ жизни, и принадлежали к восточнохамитским народам. В их культуре важную роль играли оружие, слоны, гиппопотамы и охотничьи собаки. Наиболее характерными для их керамики являются монохромные краснолощеные сосуды, красные сосуды с черным верхом, а также сосуды, расписанные геометрическими узорами и узорами, имитирующими плетеную корзину. Эти люди хоронили умерших на кладбищах, изолированных от поселений, в отличие от земледельцев Нижнего Египта, проживавших в Меримде и Омари и устраивавших могилы внутри поселений. Последние принадлежали к северо-западной ветви хамитских народов.