Главкомом УПА после реорганизации в 1944 году стал знаменитый Роман Шухевич («Тарас Чупринка»). Начальником Главного военного штаба был назначен Дмитрий Грицай («Перебейнос»), его заместителем — Олекса Гасин («Лыцарь»), военный референт центрального провода ОУН. Штаб состоял из его начальника, который был одновременно заместителем главнокомандующего УПА, и семи отделов: оперативного, разведывательного, хозяйственного, кадрового, боевой подготовки, политвоспитания и военных инспекторов.
Грицай недолго оставался на посту начальника штаба. В конце 1945 года он пытался пробраться через Чехословакию на территорию Западной Германии, однако в результате совместных оперативных действий сотрудников НКГБ и чехословацкого министерства госбезопасности был схвачен и покончил с собой в пражской тюрьме в декабре 1945 года. Гасин сменил его на посту начальника штаба31 . Долгое время считалось, что он был убит 31 января 1949 года во Львове недалеко от здания главпочтамта во время перестрелки с чекистами. Недавно опубликованные архивные документы (донесение министра внутренних дел УССР генерал-лейтенанта Т. А. Строкача 1-му секретарю ЦК КП Украины Хрущеву) свидетельствуют, что он был убит 20 января 1947 около села Ланы-Соколивски Стрыйского района Дрогобычской области, труп его был доставлен в Львовское УМВД, где был опознан бывшим членом центрального провода ОУН М. Степаняком (есть версия, что Степаняк специально признал в одном из убитых Гасина, чтобы убедить чекистов в его гибели). Вместе с Гасиным при аресте было убито 7 человек, арестовано 4, в том числе отец Гасина. Впрочем, это отрицают выжившие соратники Гасина, утверждающие, что он погиб все-таки в 1949 года.
Подавляющее большинство комсостава УПА (Шухевич, Грицай, Гасин, Кук, Сидор, Луцкий и некоторые другие) входили в элиту оуновского подполья. Все они еще в 1920-е годы сдружились между собой, вместе руководили ученическими, студенческими, спортивными, националистическими организациями, вместе организовывали террористические акты, сидели в тюрьмах. В то же время выдвинулась и группа «периферийных» националистов, которые в ходе боевых операций сумели продвинуться в руководящий слой ОУН-УПА. Такими, к примеру, были Дмитро Клячковский и Микола Твердохлеб.
В 1944 году в составе УПА действовало 11 военных округов: 2 в УПА-Юг, ими командовали Остап Качан («Саблюк», 1943— 1944 гг.) и Омельян Грабец («Батько», 1943-1944 гг.), 3 в УПАСевер и 6 в УПА-Запад. В августе 1944 года УПА-Север было переформировано на 2 военных округа — «Завихост», командующие Юрко Стельмащук («Рудый», 1944—1945 гг.), Иван Литвинчук («Дубовый», 1945—1946 гг.) и «444», командующий Федор Воробец («Верещака», 1944—1946 гг.), а УПА-Запад в феврале 1945 года — на 4 округа. УПА-Юг после 1944 года фактически не существовало.
Каждым военным округом руководили командир и его штаб, дублирующий структуру главного штаба. Округ в свою очередь делился на тактические участки. Основной боевой единицей УПА являлась «сотня» (рота). 3—4 сотни могли объединяться в «курень» (батальон). Куреня, в свою очередь, составляли «загон» (полк). Все военные подразделения, находившиеся на территории одного округа, образовывали «группу» (дивизию). Формально в УПА, таким образом, насчитывалось 11 дивизий, составлявшие 3 корпуса. По данным МВД УССР, к апрелю 1946 года численность ОУН-УПА составляла 3735 бойцов.
Стандартная организация сотни была следующая: «рой» (отделение) — 10—12 бойцов, три роя составляли «чету» (взвод), три-четыре «четы» — непосредственно сотню. Впрочем, комбинации были различные, в зависимости от местности. В состав сотни входил также рой войсковой полевой жандармерии, политвоспитатель, санитар, связники и разведчики. Командир первой четы являлся заместителем командира сотни.
Командир куреня имел свой штаб, политвоспитателя, капеллана, врача и референта службы безопасности (СБ). Самый авторитетный из командиров сотен являлся заместителем командира куреня.
Каждое подразделение УПА имело свое особое название. В целях конспирации эти названия дублировались. Например, сотня могла называться по имени ее командира, имела собственное самоназвание и порядковый номер. Причем все они неоднократно менялись. В период 1943—1944 годов в УПА было несколько подразделений кавалерии, артиллерия, а по некоторым данным — даже танки и самолеты.
В УПА имелась своя система воинских званий. Рядовые — стрелец, старший стрелец; сержанты — вестун, старший вестун, булавный, старший булавный; офицерские — хорунжий, поручник, сотник, майор, подполковник, полковник, генерал-хорунжий. Звания присваивались в соответствии с занимаемой должностью. Так, во главе сотни, как правило, стоял поручник, куреня — сотник, загона — майор, военного округа — подполковник, главного военного округа — полковник. Генерал-хорунжим в УПА был только один Шухевич.
С января 1944 года была введена система наград, включавшая в себя, кроме прочего, золотой, серебряный и бронзовый «Кресты боевой заслуги».
В 1944 году были введены боевой устав пехоты и «Инструкция по разведывательной и контрразведывательной службе», но фактически разведка была поглощена СБ. Также действовала военно-полевая жандармерия.
Мобилизация в УПА часто проводилась насильственным путем. Вот данные, приведенные в недавней публикации: «Федор Купчишин Филиппович, житель с. Городец Владимирского района Ровенской области:
"…Насильно мобилизован в августе 1943 года вместе с другими 30 односельчанами и назначен в 3-ю сотню батальона имени Коновальца. Добровольцев всего лишь 30 процентов, остальные насильно мобилизованы… Все находящиеся в отряде не имеют права называть друг друга по имени и фамилии, а только по присвоенной кличке".
Василий Носик:
"…Насильно уведен бандеровцами в сентябре 1943 года. Работал врачом группы УПА «Восток». 50 процентов личного состава мобилизованы насильно, а некоторые уведены ночью под силой оружия. Воевать против Красной Армии не хотят, но боятся, что их строго накажут или расстреляют. Националисты широко пропагандируют, что всех захваченных бандеровцев Красная Армия расстреливает…"
Часто в оуновские банды шли из-за того, что боялись расправы с родственниками. Например, жители села Белашув Здолбуновского района Ровенской области братья Леонид и Александр Охримчук оказались в УПА "ввиду того, что бандиты предупредили их: если они не вступят в банду, их мать будет повешена".
Жестким наказаниям подвергались и дезертиры из УПА. Тот, кто совершал побег дважды, — уничтожался. В целях экономии патронов казнь совершалась с помощью удавки. Политреферент по кличке Архип после инспекции бандформирований в Тернопольской и Станиславской областях писал: "Если разобраться в обстоятельствах, при которых попали наши стрельцы в ряды УПА, мы вынуждены сказать, что лишь незначительная часть пошла идейно, а остальные пошли по приказу"»32.
Вот как бандеровцы грабили и убивали мирное население (по архивам Львовской области):
«В ночь на 3 января 1945 год в с. Добростаны Яновского района бандеровцы ограбили две семьи — увели свиней, коров и т.д.;
14 января 1945 года в с. Дубровицы бандеровцы забрали у крестьян 14 коров;
12 марта 1945 года в с. Корчин Радеховского района бандиты забрали у населения свиней 5 голов, овец — 20, коров — 2, птицы — 50 голов».
Для того чтобы восстановить местное население против Красной Армии, боевики УПА прибегали к различным провокациям. Нередко они под видом красноармейцев, военнослужащих внутренних войск или пограничников нападали на мирных жителей, издевались над ними, подвергая мучениям. Так, в начале апреля 1944 года в село Пукляки Тернопольской области ворвалась группа бандеровцев, переодетых в красноармейскую форму. По наводке агентуры службы безопасности они убили на глазах у многих селян двух местных жителей Екима Петриченко и Степана Паначука. Вся вина этих крестьян состояла в том, что они высказывались за прекращение братоубийственной войны между самими украинцами.