Два года спустя он выпустил следующий альбом, столь же рискованный, но более доступный The Thunderthief, на котором он играл практически на всем, кроме ударных. Также он — что в некотором роде примечательно — включал его дебют в качестве соло-вокалиста в остроумной ‘Angry Angry’ с панковскими корнями и более традиционной фолк-песенке ‘Freedom Song’. Но в основном альбом состоял из неистовых ритмов треков вроде впечатляющего ‘Down the River to Pray’. Воодушевившись, он собрал собственную гастрольную группу и выступил с концертами, основанными на его сольном материале, дома, а также в Америке и Японии. Но без песен Zeppelin, «разве что одной-двух по случаю, для смеха». В 2004 году в составе группы Mutual Admiration Society он гастролировал вместе с Гленом Филлипсом (в прошлом известным как вокалист Toad the Wet Sprocket) и разными участниками группы Nickel Creek.
В последнее время он, кажется, снова вернулся к своей привычке просто появляться на альбомах других людей, как, например, в случае с In Your Honor группы Foo Fighters, где он принял участие в записи двух треков (играя на мандолине в ‘Another Round’ и на пианино — в ‘Miracle’). Впоследствии фронтмен Foo описал работу с Джонсом как «вторую лучшую вещь, которая случалась с ним в жизни». Джонс также запоздало вернулся к продюсированию современных записей вроде «олдскульного [альбома] тяжелого рока» Outta Sight, Outta Mind группы The Datsuns в 2004 году и критически принятого собрания нео-кантри She Waits For Night группы Uncle Earl годом позже. Он много работал и саундтреками, включая главную тему «Тайных приключений Тома Тамба». Думал ли он по-прежнему о том, чтобы взять свою старую бас-гитару Fender, сдуть пыль с меллотрона и поднять планку под знаменем Led Zeppelin? Конечно, да. Как он сказал мне в 2003 году, когда я собирал заметки для конверта DVD: «Определенно, с группой осталось чувство незавершенности. Даже хотя, с одной стороны, невозможно себе и представить попробовать выступать без Бонзо, мы надеялись в восьмидесятых сыграть ту же роль, что и в семидесятых. Я до сих пор очень сожалею, что нам не выпало шанса сделать это». Но он не сказал мне, что, как выяснилось позже, недавно Плант извинился перед ним — по словам Дэйва Льюиса, в буквальном смысле упав на колени, — не только за исключение его из союза Пейджа и Планта, но и за все ехидные замечания, которые они в то время позволяли себе, в том числе и за заявление о том, что «он просто паркует машину», сделанное на первой пресс-конференции, когда кто-то спросил, где Джонси.
И все же, когда в 2006 году ни Плант, ни Джонс не присоединились к Пейджу на трибуне во время снимавшейся телекамерами церемонии введения группы в британский Зал Славы, казалось, что единственным участником Led Zeppelin, все еще желавшим некоего воссоединения, каким бы краткосрочным или беспокойным оно ни было, оставался создатель группы. Или, по крайней мере, так казалось вплоть до объявления всего через полгода о том, что Led Zeppelin снова выйдут на сцену — а место своего отца за ударными опять займет Джейсон Бонэм, — по официальной версии, чтобы почтить память Ахмета Эртегуна, скончавшегося предыдущей зимой в возрасте восьмидесяти трех лет за кулисами концерта Rolling Stones в Нью-Йорке, неофициально же — как часть бесконечного стремления Джимми Пейджа снова собрать группу.
Какими бы ни были причины, вряд ли стало совпадением то, что представление, которое должно было состояться на лондонской O2 Arena в ноябре 2007 года, сопровождалось выходом нового сборного диска Zeppelin Mothership — неудовлетворительной и неровной коллекции «хитов» со всего одним акустическим номером ‘Babe I’m Gonna Leave You’ — и, что более интересно, его DVD-версии, включавшей также обычные «дополнения»: удаленные сцены, свежие интервью и подобные материалы, относившиеся к их некогда раскритикованному, а теперь признанному историческим «домашним кино» The Song Remains The Same, а также новые аранжировки оцифрованной версии живого альбома со своими собственными «дополнениями» в виде нескольких «бонус»-треков.
В один из последних наших разговоров с Джимми о воссоединении Zeppelin он сказал мне: «Возможно, была пара моментов, когда мы могли снова собраться. Думаю, у нас в головах остался по крайней мере еще один хороший альбом, если так выразиться. Но я просто представлял ему один сценарий за другим… но Роберт не был заинтересован. Он просто не желал знать об этом. Он сказал, что не хочет петь песни Led Zeppelin. Но я люблю играть музыку Led Zeppelin. На мой взгляд, они были одной их лучших групп мира и играли лучшую музыку, и мы должны исполнять ее теперь. Но мне не кажется, что это когда-либо снова случится. Не сейчас…»