Некоторое время Ниен спорил за торговое главенство в регионе с Выборгом – соперничество это окончилось, когда 28 сентября 1638 года одиннадцатилетняя королева Кристина (по совету все тех же де ла Гарди и Браге) подписала указ, в частности, гласивший: «Мы, Кристина, сим объявляем, что поскольку славный родитель Наш, блаженной памяти Государь, повелел к украшению и довольству Нашей провинции Ингерманландии устроить новый город на Неве, Мы нашли нужным продолжать дело сие, предоставляя пользоваться ему шведским городовым правом и общими привилегиями. Предоставляем городскому сословию в сказанном Ниене двенадцатилетнюю свободу от малой пошлины, от печных денег, от взимания налогов с пивоварения и винокурения, а также свободу от обыкновенных гражданских повинностей. Сим повелеваем, чтобы всем желающим селиться и строиться там дано было определенное место и земля; и приказываем защищать поселенцев согласно с ныне данными Нами привилегиями и преимуществами… Запрещаем всем причинять им препятствия, вред и ущерб каким бы то ни было образом».
Указ королевы Кристины привел к быстрому росту населения Ниена и расширению его торговых связей – с 1640 по 1642 год оно выросло более чем в полтора раза, а к началу пятидесятых годов по приблизительным оценкам достигало 20 000–20 500 человек. С 1640 по 1645 год Ниен ежегодно посещали от 92 до 112 кораблей. В основном это были суда из Швеции и ее балтийских владений, русские ладьи, корабли из городов Северной Германии, Голландии, Дании и Англии; но иногда Ниен посещали и корабли из католических стран: Польши, Франции. Кристина специальным указом велела заботиться об охране этих судов и о свободной торговле в пределах ее владений.
20 сентября 1642 года новым указом королева расширила эти права и привилегии, а также даровала Ниену герб – лев, стоящий между двумя реками и держащий в правой лапе меч. А вскоре, 31 августа 1646 года, город получил от королевы дополнительные торговые привилегии и право устраивать ежегодно трехнедельные ярмарки, в которых участвовали многие балтийские и европейские страны, Новгород, Москва и другие города России. Магистрат Ниена с этих пор возглавлялся тремя бургомистрами, в помощь которым придавались синдики и нотариусы. Проведенные реформы и предоставленные городу права позволили Ниену не только догнать Выборг по числу совершаемых сделок и авторитету среди прочих балтийских городов, но и стать крупнейшим торговым центром в пределах Ингерманландии, а вышеупомянутая ежегодная ярмарка обрела известность как самая богатая во всей Восточной Балтии. Его жители имели свыше ста торговых судов, как сказали бы теперь, приписанных к Ниену. Вокруг раскинулось до сорока деревень. С расположенным на левом берегу – там, где сейчас находится Смольный (Воскресенский) собор и монастырь, – русским селом Спасское (самым крупным, откуда дорога вела к Большому Новгородскому тракту) город соединялся регулярной паромной переправой.
В 1656 году царь Алексей Михайлович Тишайший в попытке завладеть Балтийским побережьем развязал войну со Швецией. Третьего июня русская армия окружила и блокировала шведскую крепость Нотебург (русский Орешек), а тысячный отряд под командованием воеводы Петра Потемкина направился к Ниену.
Город не был готов к войне и длительной осаде. Услышав о приближении русских, находившиеся в городе генерал-губернатор Ингерманландии Густав Горн и дерптский президент Карл Мернер покинули Ниен и уплыли в Нарву. Перед отъездом они приказали коменданту Ниеншанца шотландцу Томасу Кинемонду сжечь соляные и хлебные склады, чтобы они не достались противнику. 30 июня 1656 года Ниеншанц был захвачен русскими войсками и подвергся страшному разграблению. В городе было сожжено около 500 домов, захвачено 8 пушек и значительные запасы хлеба. Как сообщают шведские документы, все дома были разграблены, а жители, не успевшие скрыться, убиты, причем не щадили даже женщин и детей.
Однако отряд Потемкина не мог долго находиться в разоренном Ниене, где не осталось ни крова, ни продовольствия, так что русские оставили город и отошли к Нотебургу-Орешку.