В. Кочубей, не отримавши з Москви жодного повідомлення про реакцію царя, вирішив повторно послати від себе посланця. Це був наближений колишнього полтавського полковника Івана Іскри Петро Яценко.
У січні 1708 року він так передав царевичу Олексію головні пункти звинувачення В. Кочубея: а) Мазепа має зносини з польським королем Лещинським про відрив України від Росії і про підданство Польщі; б) якось Мазепа очікував приїзду до Батурина царя Петра і сподівався арешту, тому наказав своїм сердюкам: якщо зчиниться колотнеча в його покоях, стріляти в будь-кого; коли ж приїхав не цар, а урядовець Кікін, то Мазепа розпустив сердюків; в) він залякує запорожців царським наміром викоренити їх, чим підбурює проти царя. Інші ж подробиці зради генеральний суддя, за свідченням Яценка, мав передати сам.
Розрахунок В. Кочубея на те, що його сигнал стане приводом для розкручування спільно з московськими урядовцями маховика імпічменту гетьмана не виправдався.
Петру І було не до цього. Карл ХІІ у кінці 1707 року вже розпочав свій похід на Московію. 6 січня наступного року цар виїхав у Гродно, куди наближалися шведи. Неспокійно було і на Дону, півдні України, де розгорталося Булавінське повстання. Ці події, а також хвороба Петра І (лихоманка) не сприяли опозиції гетьмана. Цар сповіщав 10 березня гетьмана, що з цих причин він «сие дело отложил было до свободного времени». Це по-перше.
По-друге, і повторні малоконкретні повідомлення від наближених В. Кочубея не несли переконливих аргументів про зраду. Звинувачення загального характеру лише упевнили царя, що генеральний суддя інтригує проти гетьмана. Визначення Петром І доносу як наклепницького відразу зорієнтувало слідство у відповідному дусі ставитися до 33 доносних пунктів, які виклав письмово і подав В. Кочубей у Вітебську. Розслідування по них фактично не проводилися. І. Мазепа теж посприяв цьому. Ще перед прибуттям генерального судді до царських урядовців 24 лютого 1708 року з Фастова було направлене до царя гетьманське посольство у складі тільки-но призначеного стародубського полковника Івана Скоропадського, полкових суддів Івана Романовського, Івана Карла, канцеляриста Данила Болбота. Довірені люди Мазепи їхали не з порожніми руками. Як повідомлялося на Бендерській комісії, гетьман «у справі Кочубея дав цареві 2000, Головкінові 1000, Долгорукову 600, Шафірову 500 дукатів».
Матеріальне заохочення Петра І та його наближених, схоже, суттєво вплинуло на орієнтири слідства. Так, Василь Чуйкевич, який інформував свого свата В. Кочубея про таємні зносини І. Мазепи у Києві з поляками, підозрілі розмови останнього з ними, навіть не викликався (як Д. Апостол) у Вітебськ.
Зрозумівши, що слідчі гнуть свою лінію, фактично стали на захист гетьмана, генеральний суддя взяв вину на себе.
Не знаючи про перебіг розслідування, побоюючись викриття і арешту, І. Мазепа вживав додаткових заходів для утримання своєї влади. У лютому-березні 1708 року, аби сплутати плани опозиції, він заохочує ряд старшин призначеннями на відповідальні уряди. Реєнти Генеральної військової канцелярії Пилип Орлик та Василь Чуйкевич стають відповідно генеральним писарем і генеральним суддею. Київським полковником він призначає Федора Коровченка, а стародубським — Івана Скоропадського.
Орієнтовно у кінці квітня або на початку травня генеральний обозний І. Ломиковський, полковники Д. Апостол, Д. Горленко, Д. Зеленський після отримання від царя депеші, що донощикам «никакая вера не подастся», звернулися до гетьмана з проханням, «чтоб и о своей и о общой всіх цілости промышлял, обіщая, при его достоинстві и при обороні прав и волностей войсковых до крове стоять, и в наиболшом нещастю не отступать его, яко вожда и рейментара своего». Старшинами була складена присяга, яку гетьман особисто відредагував. У Білій Церкві вони присягнули йому «с цілованием креста и Евангелия святаго», а потім він їм. Ми бачимо, що генералітет, змирившись з реаліями, вирішив продовжити розпочату справу з Мазепою, підбурюючи його діяти активніше, наступальніше.
Гетьман, якого вони підозрювали у страхопутстві, непростимій нерішучості, у переломний момент вибору, в жовтні 1708 року, в гніві показав їм універсал С. Лещинського, листи канцлера Яблоновського, підканцлера Великого Князівства Литовського Щуки, засвідчуючи цим, що вів таємні зносини про майбутнє України задовго до приходу шведів.