Тодішній провідник КЕ ОУН Лев Ребет у споминах писав, що оточенню полк. Андрія Мельника Бандера був небажаний, тому припускалося, що це може бути польською провокацією, щоб його вбити під час втечі.
Після цих подій Степана Бандеру було переправлено в тюрму м. Берестя (тепер Брест, Білорусія), де він сидів у камері-одиночці в суворій ізоляції. Дев’ятого травня 1939 р. він отримав 10 злотих від отця Леонтія Куницького зі Львова (вул. Руська 3, пом. 2). У цій тюрмі Бандера провів голодування проти свавілля польської в’язничної адміністрації.
Із початком Другої світової війни, 13 вересня 1939, у воєнному хаосі Степан Бандера втікає разом з іншими в’язнями з польської тюрми з м. Брест через Волинь і Сокальщину. У Сокалі він зустрівся з провідними членами ОУН того терену: Дмитром Маївським — «Тарасом», Іваном Климівим — «Легендою», Василем Вавруком — «Ватюгою» та іншими. Згодом разом із Д. Маївським відправляється до Львова, куди прибув 27 вересня та мешкав в будинках собору св. Юра. Протягом двох тижнів він налагоджує підпільну діяльність ОУН, зустрічається з українськими суспільно-політичними діячами, зокрема, із митрополитом УГКЦ Андреєм Шептицьким.
Про цей період свого життя С. Бандера згадував: «Спільно з членами Крайової Екзекутиви й іншими провідними членами, які були в той час у Львові, ми устійнили пляни дальшої діяльности ОУН на українських землях і її протибольшевицької боротьби. На першому місці поставлено: розбудову мережі й дії ОУН на всіх теренах України, що опинилися під большевиками; плян широкої революційної боротьби при поширенню війни на території України й незалежно від розвитку війни; протиакцію на випадок масового знищування большевиками національного активу на ЗУЗ. Я зразу мав плян залишитися в Україні й працювати в безпосередній революційно-визвольній дії ОУН. Але інші члени Організації настоювали на тому, щоб я вийшов за кордон большевицької окупації і там вів організаційну працю. Остаточно перерішив цю справу прихід кур’єра від Проводу з-за кордону з такою самою вимогою. У другій половині жовтня 1939 р. я покинув Львів і разом із братом Василем, який повернувся до Львова з польського концтабору в Березі Картузькій, та з 4-ма іншими членами перейшов совєтсько-німецьку демаркаційну лінію окружними дорогами».
У Кракові у місцевій греко-католицькій церкві, парохом якої був о. П. Хрущ, 3.УІ.1940 Бандера одружується з Ярославою Опарівською, дочкою священика УГКЦ о. Василя і Юлії Ганківської. Їх весілля було дуже скромне, з участю не більш як десяти осіб. Вони деякий час мешкали в одному з таборів на вул. Лютеранській. Після цього в 1940 році, із вимог конспірації, вони виїхали на два тижні до Варшави на винайняту М. Лебедем квартиру під прізвищем Гуцул.
Про цей період згадує М. Климишин: «Після одруження Степана Бандери, якихось особливих змін у його життю не зауважувалося. Жив він дуже скромно. Мав дуже скромну кімнату. Там часто відбувалися наради Проводу, зустрічався він із людьми. Бував я також часто в цій хаті, де жила його сім’я. Одно можна сказати, що в него кімната й вся ця хатня обстановка була просто бідна, скромніша, ніж у кого-небудь іншого. Треба мати на увазі, що ніхто не трактував оті свої помешкання, як щось постійне. Це було просто тимчасове, що він повинен тут деякий час побути й може кождого дня відійти в Україну, і тому те помешкання якось обставляти не було ніякого змісту. Ну, і не було за що, бо всі жили бідно. Із таких різних конспіративних причин і тому, що все-таки аґентура большевицька дуже слідкувала за всіма, і Бандера вже був досить розконспірований, і щоби на нього не виконали атентату, не вбили, Провід порекомендував йому виїхати з Кракова. І він виїхав з Кракова до Варшави».
В 1939—40 рр. Степан Бандера здійснив ряд поїздок в організаційних справах у Піщане (Словаччина), Відень, Рим. У одному з міст північної Італії відбулась зустріч з Андрієм Мельником, на якій обговорювалися концепції подальшого розвитку ОУН. Розбіжності між двома поколіннями в Організації призвели до створення 10 лютого 1940 р. в м. Кракові Революційного проводу (далі — РП) на чолі з С. Бандерою. У його склад увійшли провідні крайові члени ОУН: Р. Шухевич, Я. Стецько, Володимир Тимчій, С. Ленкавський, М. Лебедь, Д. Мирон, О. Гасин, Дмитро Грицай, І. Ґабрусевич, М. Климишин, Василь Турковський, Василь Кук, Іван Равлик, Володимир Гринів. Для полагодження конфлікту в ОУН була створена «Окрема комісія», до складу якої входили Ріко Ярий, Омелян Сеник (від ПУНу) та Р. Шухевич, І. Ґабрусевич та С. Ленкавський (від РП ОУН). Але у червні 1940 р. А. Мельник категорично відхилив її пропозиції, і конфлікт переріс у відкриту конфронтацію.