На подальші запитання Кундта відповів: «Я віддав наказ, будучи головою ОУН, тобто як провідник українських націоналістів, оскільки ця організація знаходиться у проводі українського народу. Я говорю тут від імени ОУН, як провідник українського народу. ОУН — єдина організація, що вела боротьбу, і вона має право, на підставі тієї боротьби, творити уряд».
Кундт: «Це право належить німецькому вермахту і фюреру, який завоював цю країну. Тільки він має право назначати український уряд».
Бандера: «Я хотів би ще раз ствердити й вияснити, що стосовно всіх наказів, які я видавав, я не покликався на жоден наказ, ані на жодне порозуміння з будь-якою німецькою службовою інстанцією. Даючи усі розпорядження, я не спирався на жодний наказ, ні на жодну згоду німецьких чинників, а лише на мандат, що його я отримав від українців. Будівництво й організація українського життя можуть бути зреалізовані в першу чергу лише українцями на замешкалій ними території...»
Щоб схилити Степана Бандеру до співпраці та відкликати Акт 30 червня, 5.07.1941 р. ґестапо арештували його біля Белза і через Люблін відіслали до Кракова. Наступного дня його викликав на розмову шеф уряду Генеральної Губернії Бюглер та вимагав припинити діяльність УНК і відмовитися від проголошеного Акту. Після негативних відповідей взято під домашній арешт й разом із жінкою Ярославою й дочкою Наталкою відправлено 9 липня в Берлін, де помістили в тюрму ґестапо на Ліхтерфельде-Ост.
У столиці ІІІ Райху із С. Бандерою постійно працювали полковник Абверу Ервін Штольце, СС-штурмбанфюрер Вайнман та проф. Маркерт з ОКВ. 25 липня його перевели під домашній арешт у Берліні на вул. Дальманштрасе № 8. У колишньому польському посольстві професори Ганс Кох і Герхард фон Менде проводили з Бандерою, Стецьком, Стахівим консультації. Бандері й Стецькові запропонували створити підконтрольну Крайову раду, згодом Дорадчу раду при Райхскомісаріаті. У цей час відбулися численні розмови Бандери й Стецька з військовиками та партійними чиновниками багатьох відомств. Вони вільно пересувалися в межах Великого Берліна, але під постійним наглядом. Також Бандера й Стецько написали різноманітні послання, пояснення, комунікати, декларації й меморандуми на ім’я Гітлера, Ріббентропа, Розенберга та інших діячів нацистської Німеччини.
За дорученням керівництва ОУН літом 1941 р. в Берліні було сформовано спеціальну групу для зібрання коштів й продуктів для С. Бандери, Я. Стецька, В. Стахіва, Осипа Тюшки, Івана Ґабрусевича, Юліана Химинця, Романа Ільницького та інших в’язнів. На ці потреби від Проводу ОУН було передано зв’язковими в Берлін 30 тис. марок, а також на початку серпня продукти передали через Романа Шухевича від старшин ДУН. Ця група допомагала Я. Бандері і її дочці, яка у свою чергу постійно з іншими дружинами Марією Ґабрусевич, Марією Врецьоною і Марією Химинець носили передачі в’язням та передавали ґрипси. Ярослава Бандера два рази на тиждень отримала побачення з чоловіком від ґестапо. Дозволялося при таких зустрічах говорити тільки по-німецьки. Вона передавала їжу, білизну, усе, що було потрібно з речей побутового характеру. Також Іван Равлик за фальшивими документами приїжджав до Берліна і передавав в’язням передачі та дані.
14 серпня 1941 р. С. Бандера, після висловлених вимог проф. Ганса Коха, написав відкритий лист райхсміністрові Розенбергу з неприйнятністю відкликання УДП й призупинення діяльності ОУН. 11—12 вересня проф. Маркерт, проф. Г. Кох, проф. Герхард фон Менде проводили бесіди із С. Бандерою, Я. Стецьком, В. Стахівим і Ріко Ярим, щоб ОУН «віддала долю України в руки Німеччини, конкретно її Фюрера з терпеливим очікуванням на остаточну перемогу», інакше всіх очікують арешти й концтабори.
Після успіхів Вермахту на початку вересня 1941 р. на Східному фронті, коли стало очевидним, що Червону армію буде оточено й доля Києва уже вирішена, у Берліні почали діяти рішучіше щодо українських націоналістів. 15 вересня 1941 р. Бандера був відправлений у центральну тюрму ґестапо в камеру № 29 на Прінцрегентштрасе. Одночасно з тим було проведено масові арешти членів ОУН на всіх окупованих німцями територіях в Україні і Європі й в ув’язненні опинилися півтори тисячі оунівців.
За спогадами члена Проводу ОУН Петра Дужого — «Дорожа», за долю С. Бандери та інших націоналістів дуже переживали, хоч про це ніхто не говрив. Щоб не нашкодити ув’язненому, керівництво ОУН не пов’язувало з іменем Провідника свою антинімецьку діяльність, але його задуми й плани ще тривалий час активно нуртували в націоналістичному середовищі.