Братів Бандери — Василя (21 липня 1942 р.) та Олександра (кінець липня 1942 р.) було закатовано в концтаборі Авшвіц (Освенцім). У Херсоні ґестапо розстріляло брата Богдана в 1942 р., а у львівській в’язниці також брата дружини. Одночасно з нацистами НКВД розстріляло 10 липня 1941 р. в Києві батька Бандери о. Андрія, а двох сестер Володимиру і Оксану вивезли в сибірські концтабори. Через відмову С. Бандери від співпраці з нацистами його близькі родичі загинули мученицькою смертю, а він сам опинився у концтаборі. У свою чергу український народ розпочав збройну боротьбу проти нових окупантів. Цей рух Опору переріс у справжню повстанську війну не тільки проти нацистського режиму, а й проти радянської тоталітарної системи, розтягнувшись на довгі роки.
На початку січня 1942 р. (в деяких спогадах подається початок 1943 р.) Степана Бандеру розмістили у камері-одиночці № 73 концтабору Саксенгаузен. У ньому був спеціальний блок № 9 (Камерний дім ^еІІепЬаи), українські в’язні його називали «Бункер»). Головний наглядач за блоком Курт Еккаріус підпорядковувався начальникові табору штандартенфюрерові СС Антону Кайндлю. Серед в’язнів блоку були комуністичні лідери з усієї Європи (напр. Ернст Тельман), колишній канцлер Німеччини Ганс Лютер, радянські генерали, німецькі єпископи, українські, польські й румунські націоналісти (генерал Армії Крайової Стефан Ровецький, керівник Румунської «Залізної гвардії» Хоріа Сіма), французькі міністри (Леон Блюм, Фріц Тіссен, Пауль Рейно, Едуард Даладьє), міністр оборони Латвії генерал Дамбітіс, австрійський канцлер Курт Шушніг, офіцери розвідки і пілоти англійських літаків, сини Сталіна, Нансена та маршала Італії П’єтро Бадольйо, представники аристократичних родин Європи (напр. італійська принцеса Мафальда). Усього в ув’язненні перебувало 80—90 осіб. Переважна більшість із них отримувала допомогу від Міжнародного Червоного Хреста власних країн чи від родин.
Згідно з даними німецького розвідника й згодом агента Штазі Отто Зайделя, С. Бандера був у дуже дружніх стосунках із письменником, архітектором та художником Оддом Нансеном (6.12.1901 — 27.06.1973). Цей норвезький велетень взяв його під свою опіку й допомагав усім, чим мав, особливо продуктами. Він, переважно, малював портрети ув’язнених, зокрема Бандери, із гострими й суворими рисами енергійного обличчя. За його спогадами, С. Бандері був відомий досвід його батька Фрітьофа щодо мирного відстоювання незалежності Норвегії від Швеції. На його думку, тюремний досвід показав Бандері, що фізично можна перебувати у неволі, але духовне самовдосконалення й творчість роблять людину вільною навіть у в’язниці.
За спогадами отамана Тараса Боровця — “Бульби концтабір Саксенхаузен був: «окреме царство есесів у царстві Гітлера. Там, у лісі, побудоване ціле місто з власними бараками, бункерами, великими будовами, військовими фабриками, шпиталями, крематоріями та газовими камерами. Там були великі бараки для спеціально ізольованих груп в’язнів і навіть домики для різних високопоставлених осіб з-посеред німців та інших націй Европи». Він зазначає, що завдяки С. Бандері й доктору Лапічакові діяла своєрідна пошта, яку називали «кібель-поштою»: під час прогульок в’язні залишали записки у квітнику або закидали в камеру до зазначених осіб. Найбільшим враженням для в’язнів було постійне бомбардування недалеко від них військових заводів авіацією США і Англії.
За свідченнями чільного діяча ОУН-р, теренового провідника Німеччини (1941—42) Василя Безхлібника — «Беркута» й в’язня Саксенгаузену, блок № 10 Степана Бандери в умовах суворого режиму концтабору проявляв чудеса конспірації та був неперевершеним організатором обміну інформації, газет і харчових пайків. Із ним Бандера зустрічався у лікарні блоку № 9, де проходив приписані процедури. Безхлібник інформував Провідника про становище членів ОУН в німецьких концтаборах, ситуацію в Україні та міжнародні події.
Інший в’язень, чільний діяч ОУН-м Євген Онацький, описує режим перебування в даному концтаборі у камері № 70: ніяких розмов з іншими ув’язненими під час прогульок по подвір’ю, підйом уранці о 5.00, застеляння ліжка та прибирання камери, вихід до умивальника. Опісля сніданок, о 12.00 обід, вечеря о 18.00, які завжди приносили у камеру. Якість їжі була дуже поганою, кожен в’язень мав помити свій посуд. Для в’язнів було три категорії харчування, й оунівцям приділялася остання. День завершувався о 20.00 ляганням спати. Онацький із захопленням згадує символічні Різдвяні подарунки 1944 р.: від Я. Стецька та маленьку передачу солодкого печива від С. Бандери. За спогадами провідного члена ОУН-м Дмитра Андрієвського, Степан Бандера, виявляв під час ув’язнення товариськість, допомагав продуктами тим, хто був у скруті. Дізнавшись про смерть Олега Ольжича, він запропонував уночі після другого дзвінка вшанувати його пам’ять хвилиною мовчання.