С начала 1950-х гг. писал прозу. Многие произведения распространялись в самиздате, в частности повесть «Одна абсолютно счастливая деревня» (1965). В официальной печати при жизни опубликовал только три рассказа (в альманахе «Молодой Ленинград» и журнале «Аврора»).
В 1964 г. стал одним из основателей группы «Горожане» (вместе с В. Марамзиным, И. Ефимовым и В. Губиным), которая выступала за обновление литературного языка и свободу творческого самовыражения. Написал несколько социально-исторических и философских трактатов, в том числе книгу «Этот спорный русский опыт» (1978), главы из которой были опубликованы (под псевдонимом Василий Акимов) в журнале «Эхо». С 1988 г. произведения Б. Вахтина печатаются в России. В 2000 г. спектакль по повести «Одна абсолютно счастливая деревня» поставлен Московским театром-студией П. Фоменко.