Мировая война застала Коллонтай с Мишей в Германии. Они вместе отдыхали в это лето в курортном городке Кольгруб в австрийском Тироле. 31 июля они вернулись в Берлин, а на следующий день, 1 августа, Германия объявила войну России. Их арестовали как российских подданных, но через два дня ее выпустили, так как она была врагом того режима, с которым Германия вступила в войну. С трудом удалось вызволить Мишу, мотивируя это тем, что он не достиг еще призывного возраста и не подлежал интернированию. Помог Карл Либкнехт как депутат рейхстага, убедивший полицейских, что русская социал-демократка не может быть царским шпионом. Они выехали в Данию. Еще из Берлина Шура дала знать Щепкиной-Куперник: "Только что вырвалась из немецкого плена. Пришлось пережить много ужасов и тяжелого. Даже не верю, не верю, что вырвалась…" Перед тем как отправиться на вокзал, Коллонтай записала в дневнике: "Солнечное, но уже осеннее утро. Желтеют мои любимые каштаны под окном. А небо высокое, осенне-чистой синевы <…>. Через два часа поезд увезет нас из Берлина, из Германии. Гляжу из окна. Прощаюсь не только с целой законченной полосой собственной жизни, но с чем-то большим, много большим. Более важным <…>. С отрезком истории, с эпохой, которая отошла навеки в область летописи <…>.
После войны мир будет иным. Каким?.. Глаза мои отрываются от прошлого без слез. Гляжу вперед. В будущее…"
Тогда же она написала Зое, признаваясь, что датская столица ее совсем не радует: "Как странно, мы оба попали сейчас в города, которые больше всего не любим: ты — в Париж, я — в Копенгаген. <…> Я не люблю Копенгаген, его мокрую, нудную, тоскливую погоду, гаденькие, грязненькие дешевые пансионы <…>". Однако отсюда ей удалось отправить сына пароходом в Россию и установить письменный контакт с Лениным. Мысль о раскате русской демократии в такой критический момент угнетала ее. Она все еще призывала Ленина к объединению, но "пролетарский вождь" оставался верен себе.
А Ленин писал Коллонтай в середине декабря 1914 года: "Бесполезно выставлять добренькую программу благочестивых пожеланий о мире, если не выставлять в то же время и на первом месте проповедь нелегальной организации и гражданской войны пролетариата против буржуазии… Европейская война принесла ту великую пользу международному социализму, что наглядно вскрыла всю степень гнилости, подлости и низости оппортунизма, дав тем великолепный толчок к очищению рабочего движения от накопленного десятилетиями мирной эпохи навоза".
Шура отправила сына в Россию, а сама уехала в Швецию, где был в то время Шляпников. Но когда он был рядом, то быстро надоедал, зато, когда его не было, Александра чувствовала себя тоскливо и одиноко. Даже очень скромный стокгольмский Hotel de Poste, в котором она сначала остановилась, оказался теперь не по карману. Денежные переводы из России перестали поступать, что вынудило ее перейти в более дешевый пансион "Карлссон". Приходилось зарабатывать на жизнь литературным трудом.
В одной из статей, опубликованных в Швеции, она писала, объясняя, почему правительствам воюющих стран удается вести за собой массы: "Национальные чувства, которые искусственно подогреваются капиталистами <…> во всех странах мира при помощи церкви и печати, а также проповедуются в школах, в семье и в обществе, имеют, по-видимому, более глубокие корни среди народа, чем представляли себе интернационалисты. <…> Получается, что правительства буржуазных государств лучше знали психологию народа, чем сами представители демократических и рабочих масс".
Но из Швеции в ноябре 1914 года ее выслали за революционную агитацию без права возвращения когда-либо. "Вломились утром, в восемь часов, — записала она в дневнике про свой неожиданный арест. — Формально за статьи, за выступления на собраниях и за то, что у меня с утра до вечера толкался народ — русские и шведы. Обвиняюсь в нарушении шведского нейтралитета и злоупотреблении гостеприимством <…>". Ее хотели выслать в Финляндию, то есть фактически в Россию, прямо в объятия полиции, но после протеста влиятельных шведских друзей отправили обратно в Копенгаген.
28 ноября Коллонтай писала Ленину: "Мой арест и высылка вызваны были формально статьей о войне и наших задачах в антимилитаристском шведском журнале, но, кажется, настоящим поводом послужила моя речь на эту же тему на закрытом партийном шведском собрании. Говорила я в понедельник, а в пятницу меня уже арестовали, таскали по тюрьмам (Стокгольм, Мальмё) и препроводили с полицией в Копенгаген…