Лазарев также «наградил» Баранова доктором Шеффером, с которым он не ладил в продолжении всего пути от Кронштадта до Новоархангельска. Доктор Шеффер был списан с корабля на берег, причем Лазарев записал в корабельном журнале, что списан он, «как лицо нетерпимое на судне». К удивлению всех, Баранову чем-то понравился Шеффер, и прошло не так много времени, как он вошел в полное доверие к стареющему правителю, и это доверие в будущем обошлось компании во много тысяч рублей. Ловкий, проворный доктор Шеффер показался Баранову идеальным человеком для дипломатических связей, благодаря его прекрасному знанию языков. Такой человек, решил Баранов, настоящая находка для него.
Корабль «Суворов» с капитаном Лазаревым простоял в бездействии на якоре в гавани Новоархангельска всю зиму. В планы Лазарева входило загрузить судно мехами и отправиться в обратный путь, а не ходить по островам, исполняя поручения Баранова. Всю зиму в ответ на приказания правителя совершить поход на тот или другой остров, Лазарев отвечал отказами или попросту игнорировал его. Баранов намеревался послать «Суворова» на Сандвичевы острова и принудить короля Тамори вернуть компанейские грузы и освободить людей, в случае необходимости даже силой.
Только на следующее лето 1815 года Лазарев решил, наконец, выполнить волю Баранова и пойти за мехами на Прибыловы острова, и то потому, что меха были нужны капитану, а он знал, что ни одной шкурки в Новоархангельске он не получит.
В августе, после его возвращения, произошел их полный и окончательный разрыв.
Баранов послал предписание Лазареву идти на Сандвичевы острова для спасения находившихся там людей и груза, на что капитан ответил категорическим отказом и заявил, что трюмы его корабля полны шкурами, и он намерен незамедлительно вернуться в Петербург.
— Судьба людей и груза на Сандвичевых островах — ваша забота, — заявил он Баранову, — а я не собираюсь впутываться в ваши авантюры.
Разъяренный Баранов, с трудом сдерживая гнев, заявил:
— Ваш корабль, Михаил Петрович, в этих американских колониях подчиняется мне, и если вы отказываетесь исполнять приказания правителя колонии, то мне ничего не останется, как сменить вас с поста и передать командование кораблем «Суворов» другому офицеру.
Лазарев вскочил со стула, как ужаленный, взял шляпу и с оскорбленным видом покинул кабинет правителя, сказав напоследок:
— Это мы еще увидим!
— Рекомендую вам, лейтенант, не пытаться уходить из гавани. Я сейчас прикажу своим бомбардирам изготовить крепостные и редутные пушки к бою… Если попытаетесь сниматься с якоря, мои пушки откроют огонь!
Уже в шлюпке, на пути на свой корабль, Лазарев заметил, что дула крепостных пушек были повернуты и взяли прицел на «Суворова». То же самое произошло на редутах, охраняющих вход в гавань.
Перед рассветом следующего утра, 6 августа 1815 года, на «Суворове» тихо подняли якорь, распустили паруса и корабль быстрым ходом направился к выходу в океан. Не ожидавшие такого поворота событий полусонные крепостные канониры произвели несколько беспорядочных выстрелов по быстро удаляющемуся кораблю. Все это было безрезультатно. «Суворов» стремительно проскочил пролив и вышел в открытый океан.
Обратное путешествие в Кронштадт тоже заняло около года, и «Суворов» пришвартовался у пристани в Кронштадте 15 июля 1816 года. Лейтенанту Лазареву пришлось объяснить специально созданной комиссии причины его самовольного решения оставить Русскую Америку. Объяснения Лазарева, видимо, были приняты, и, мало того, в результате этого расследования правление компании пришло к решению сменить Баранова на его посту. Директорам компании надоели постоянные столкновения морских офицеров с правителем. Они понимали, что эти столкновения будут продолжаться до тех пор, пока там сидит «купец» Баранов. Очевидно, пришло время назначить нового правителя, и, возможно, по совету Лазарева было решено, что следующим правителем будет морской офицер, возможно, один из тех, кто уже побывал в Новоархангельске.
Выбор пал на начальника намечавшейся новой кругосветной экспедиции капитан-лейтенанта Гагемейстера. Правление не стало настаивать на немедленной отставке Баранова. Вопрос о замене оставили на усмотрение самого Гагемейстера, который, прибыв в Новоархангельск, должен был изучить и оценить обстановку и только тогда принять должность правителя, «если он найдет это полезным».