Место находки озадачило Дюбуа. Рассматривая карту Нидерландской Индии, на которой без труда удалось отыскать Бенгаван, Лаву и Вилис, он вновь подумал о том, что пещеры в тропиках все же не совсем подходящее место для поисков. Может быть, не случайно, что первая, во многом пока загадочная находка сделана на Яве, а не на Суматре? И, наконец, неожиданно смелая мысль: что если обратиться в Рудное бюро Батавии с просьбой о «палеонтологических исследованиях» на Яве? Конечно, подобное обращение может вызвать неудовольствие администрации бюро. Оно и так много сделало для него, согласившись финансировать раскопки пещер Суматры, которые до сих пор не принесли ожидаемых результатов. Но что он, в сущности, теряет, вновь обращаясь в Рудное бюро столицы? Продолжать в будущем работы на Суматре вряд ли удастся, а возможный успех исследований на Яве сразу же поправит дела и поднимет его престиж, что, как известно, заставляет раскошелиться даже самых осторожных и скаредных обладателей денег. Одним словом, следует рискнуть!
Не откладывая дела в долгий ящик, Дюбуа сел за стол и написал два письма. В первом он поблагодарил В. Д. ван Ритшотена за интересные сведения об открытии в Вадьяке черепа человека и выразил надежду, что он рано или поздно побывает на Яве и осмотрит эту находку и место ее открытия. Второе письмо было адресовано администрации Рудного бюро Батавии. В нем желание изменить место исследований он мотивировал надеждами на более обильные сборы костных остатков в долинах рек и обращал внимание бюро на открытие В. Д. ван Ритшотена.
Дюбуа не ожидал быстрого ответа, и действительно прошло несколько месяцев, а перспективы путешествия на Яву оставались неопределенными. Постепенно он терял надежду на благоприятный исход. Вероятно, Рудное бюро Батавии не решилось способствовать расширению его деятельности и потому ничего определенного не сообщало, В ноябре 1889 года исполнилось ровно два года со времени прибытия Дюбуа на Суматру, но, когда он думал о том, чего достиг, у него портилось настроение: в ящиках с находками лежали все те же зубы орангутанга, а также незначительное число маловыразительных обломков костей носорогов и слонов. Он использовал каждый перерыв между сезонами тропических ливней, однако раскопки пещер в окрестностях Паданга так ничего и не принесли. Наступил 1890 год, а затем прошло еще три месяца — никаких изменений! В такой ситуации в уныние мог впасть даже самый упрямый и беспредельно преданный делу человек. Но Дюбуа с отчаянием обреченного продолжал колесить по джунглям.
Упорство в жизни вознаграждается, но, к сожалению, далеко не всегда. Пещеры Суматры так и не дали желанного результата. Поэтому как нельзя кстати пришло письмо из Батавии, в котором Рудное бюро официально разрешило продолжить исследования на Яве. Дюбуа поспешил им воспользоваться. Так начался второй акт затянувшейся драмы поиска предков человека.
На Яве Дюбуа первым делом купил череп, найденный В. Д. ван Ритшотеном, реставрировал его, обработал и подклеил раздавленные части. Вне всякого сомнения череп принадлежал ископаемому человеку, и это радовало: кости полностью потеряли органическую субстанцию, окаменели, или, как говорят в таких случаях палеонтологи, — минерализовались. Несмотря на массивность костей черепа и некоторые примитивные детали его строения, он бесспорно принадлежал человеку современного типа: Homo sapiens, человеку разумному. Достаточно сказать, что объем мозга, заключенного в черепной коробке из Вадьяка, превышал средний объем мозга современного человека на 200 кубических сантиметров. Поэтому ни о каком открытии в Тулунг-Агунге черепа обезьяночеловека не могло быть и речи. Впрочем, Дюбуа, наученный горьким опытом двух лет бесполезных трудов на Суматре и смирившийся с мыслью о сложности и длительности предстоящих поисков на Яве, не надеялся на столь легкое решение проблемы. Он лишь с удивлением отметил про себя, что череп из Вадьяка по типу не принадлежал к черепам малайской расы, представители которой заселяли теперь Яву и Суматру. Если бы не на удивление большой объем мозга, то можно было бы утверждать, что В. Д. ван Ритшотен нашел остатки захоронения предка коренных жителей Австралии или, может быть, папуасов Гвинеи.