После войны Томас служил в штабе 4-й пехотной дивизии в Дрездене. В 1928 году он получил назначение в штаб артиллерийско-технического снабжения. 1 февраля 1929 года Томас получил чин майора и 1930 году стал начальником штаба артиллерийско-технического снабжения. За время пребывания в этом ведомстве (1928–1938 гг.) высоко одаренный Томас тщательно изучил экономические аспекты подготовки к войне (а также ее ведения). Добавив к полученным знаниям уроки, полученные им на фронтах первой мировой войны, он пришел к выводу, что экономическая сторона военного дела является не менее важной, чем непосредственно вооружение и обучение солдат.[30]
Томас утверждал, что экономические ресурсы нации при подготовке к войне должны подвергаться регулярному учету и инвентаризации для наиболее эффективного их использования в военное время, неоднократно подчеркивая, что это является одним из наиболее важных факторов успеха в войне. Руководствуясь этим, он написал несколько записок начальству, в которых выдвинул идею создания централизованного агентства по надзору за «оборонной экономикой», что позволило бы Германии наиболее эффективно использовать имевшиеся у нее ресурсы. Особенно это касалось производства вооружения.
Хотя предложение Томаса и носило несколько амбициозный характер, его идея не была воспринята всерьез исключительно из-за упрямства командующих вермахта, Кригсмарине и Люфтваффе, каждый из которых тянул одеяло в свою сторону. В результате Томаса воспринимали исключительно как советчика. «У штаба Томаса нет никакой возможности влиять на важные решения, принимаемые относительно вооружения», написал позже Вильгельм Деист.[31] Не сдававшийся Томас, тем не менее, продолжал заниматься программой экономической подготовки к войне. Его способности и знания получили, наконец, должную оценку. 1 января 1938 года он стал генерал-майором, а 1 января 1940 года — генерал-лейтенантом.
Относясь скептически к нацизму, Томас испытал большое разочарование после дела Фрича в 1938 году. Суть его состояла в том, что Гитлер снял генерал-оберста барона Вернера фон Фрича с поста главнокомандующего вермахтом на основании сфабрикованного обвинения в гомосексуальных связях. Несмотря на то, что впоследствии все ложные обвинения были сняты, в должности барон фон Фрич так и не был восстановлен. После этого случая Томас уже не мог воспринимать нацизм. Позже свое решение он описал как «мой полный внутренний разрыв с этой системой».[32] В результате он начал переговоры с двумя заговорщиками — генералом Людвигом Веком (который в августе 1938 года сложил с себя полномочия начальника Генштаба) и Карлом Герделером (бургомистром Лейпцига), но пока исключительно для того, чтобы прощупать пути предотвращения пожара, перенести который Германия не сможет.
В конце лета 1939 года Томас представил на рассмотрение шефа ОКВ генерал-оберста Вильгельма Кейтеля записку с предупреждением о том, что нападение на Польшу приведет к началу мировой войны, к которой Рейх экономически совершенно не готов. Это замечание Кейтель высмеял и не предпринял никаких действий. Но одержимый Томас не сдавался. Он подготовил подробный доклад с таблицами и графиками, иллюстрировавшими экономическую подготовленность к войне Рейха и других великих держав, на фоне которых «отсталость Германии не вызывала никакого сомнения».[33] На этот раз Кейтель с изумлением вгляделся в представленный анализ и показал его Гитлеру. Фюрер отреагировал беспечно. Он сказал Кейтелю, что Советский Союз (указанный Томасом в качестве одной из великих держав) будет союзником рейха. Для Кейтеля инцидент сразу был исчерпан. Что касается Томаса, то для него все только начиналось.
Томас по-прежнему считал, что военный конфликт, начало которому положил Гитлер, 1 сентября 1939 года напав на Польшу, приведет к гибели Германии. Поэтому он вступил в тесную связь с заговорщиками, предпринимавшими попытку разработать план, который позволил бы им лишить Гитлера и нацистскую верхушку власти. В ноябре 1939 года Томас попытался убедить генерала Франца Гальдера, начальника Генерального штаба, и генерала Вальтера фон Браухича, главнокомандующего армией, арестовать Гитлера. Но те наотрез отказались, при этом Гальдер процитировал строчку о том, что долг солдата подчиняться приказам Верховного главнокомандующего (Гитлера). Браухич пошел еще дальше: он предложил адмиралу Вильгельму Канарису, шефу абвера, арестовать Томаса. Но полный неразрешимых загадок Кана рис, сам участник антигитлеровского заговора, замял дело. Озабоченный мыслью, что гитлеровские армии могут вторгнуться на территорию нейтральных стран, Томас снова попытался убедить Гальдера предпринять хоть какие-нибудь действия, Томас показал Гальдер сообщение доктора Йозефа Мюллера, баварского адвоката, бьющего в хороших отношениях с папой Пием XI, в котором говорилось, что, если Гитлер и министр иностранных дел Иоахим фон Риббентроп будут устранены, то вмешается Ватикан и будет хлопотать о мире. Но Гальдер снова отверг мольбы Томаса.