Анализируя поступавшую из самых надежных источников информацию, Судоплатов всё больше убеждался (и около половины сообщений это подтверждали!) — война неизбежна. Но материалы также показывали, что столкновение с Советским Союзом зависело от того, урегулирует ли Германия свои отношения с Англией. Например, тот же Филби сообщал, что британский кабинет министров разрабатывает планы нагнетания напряженности и военных конфликтов между Германией и СССР с тем, чтобы спровоцировать Германию. Папка с этими материалами день ото дня становилась всё более пухлой. В Иностранный отдел поступали всё новые данные о том, как британская сторона нагнетает страх среди немецких высших руководителей в связи с подготовкой Советов к войне. Поступали и материалы об усилившихся контактах зондажного характера британских представителей с германскими в поисках мирного разрешения европейского военного конфликта.
Между тем, по словам Берии, Сталин с Молотовым решили, по крайней мере, оттянуть военный конфликт и постараться улучшить положение, применив план, от которого отказались два года назад. Он предусматривал свержение югославского правительства, подписавшего договор о сотрудничестве с Гитлером. В результате в марте 41-го военная разведка и НКВД через свои загранрезидентуры активно поддержали заговор против прогерманского правительства в Белграде. Тем самым советское руководство надеялось укрепить стратегические позиции СССР на Балканах. Новое антигерманское правительство, по его мнению, могло бы затянуть итальянскую и германскую операции в Греции.
Генерал-майор Мильштейн, заместитель начальника военной разведки, был послан в Белград для оказания помощи в военном свержении прогерманского правительства. Со стороны НКВД в этой акции участвовал Алахвердов. К этому моменту с помощью МИДа в Москве удалось завербовать югославского посла в Советском Союзе Гавриловича. Его совместно разрабатывали Федотов, начальник контрразведки, и Судоплатов. У обоих, однако, сложилось впечатление, что он вел двойную игру, так как каждую неделю связывался с представителями Великобритании в Москве.
Через неделю после переворота СССР подписал пакт о взаимопомощи с новым правительством в Белграде. Реакция Гитлера на этот переворот была быстрой и эффективной. Шестого апреля, через день после подписания пакта, он вторгся в Югославию, и уже через две недели её армия оказалась разбитой. Более того, Болгария, через которую прошли немецкие войска, хотя была в зоне советских интересов, поддержала немцев.
Во время всех этих событий, 18 апреля 1941 года Судоплатов подписал специальную директиву, в которой всем советским резидентурам в Европе предписывалось всемерно активизировать работу агентурной сети и линий связи, приведя их в соответствие с условиями военного времени. Аналогичное указание по своей линии направила и военная разведка. Планировалось также послать в Швейцарию группу опытных оперативников. Им надлежало быть связными надежных источников с использованием своего прикрытия в нейтральной Швейцарии. С этой страной не существовало прямой связи, и агенты НКВД должны были ехать поездом через Германию, с пересадкой в Берлине. В этой связи решили усилить резидентуры в Германии и Польше. Некоторых сотрудников направили в Берлин, перебросив из Италии и Франции.
К тому времени Бельгия была уже оккупирована. Советская разведка не всегда успевала за столь стремительным развитием событий; своим немецким агентам не всегда удавалось оперативно доставлять радиооборудование, батареи, запасные части, и, хуже того, они не были достаточно подготовлены ни с точки зрения основ разведработы, ни в плане владения искусством радиосвязи.
Постепенно стало больше уделяться внимания политическим беженцам, прибывавшим в Москву из стран, оккупированных немцами. До своего бегства в Великобританию Бенеш приказал сформировать чешский легион, направленный в Польшу под командованием молодого подполковника Свободы. После предварительных контактов с советской резидентурой в Варшаве Свобода перешел со своей частью в Западную Украину. Фактически после разоружения его легиона, получив статус неофициального посланника, он жил на явочной квартире и на даче Судоплатова в пригороде Москвы, находясь в резерве. В мае с подполковником начали обсуждаться план формирования чешских частей на территории СССР — в целях заброски их в немецкий тыл для ведения партизанских операций в Чехословакии.