Накануне Ялтинской конференции (проходила с 4 по 11 февраля 1945 года) под председательством вначале Голикова, а затем Берии, состоялось самое длительное за всю войну совещание руководителей разведки Наркомата обороны, Военно-Морского Флота и НКВД — НКГБ. Главный вопрос — оценка потенциальных возможностей германских вооруженных сил к дальнейшему сопротивлению союзникам был рассмотрен в течение двух дней. Прогноз разведки о том, что война в Европе продлится не более трёх месяцев ввиду нехватки у немцев топлива и боеприпасов, оказался верным. Последний, третий день работы совещания был посвящен сопоставлению имевшихся материалов о политических целях и намерениях американцев и англичан на Ялтинской конференции. Все пришли к общему мнению, что Рузвельт с Черчиллем не смогут противодействовать линии советской делегации на укрепление позиций СССР в Восточной Европе. Участники совещания исходили из достоверной информации о том, что американцы и англичане займут гибкую позицию и пойдут на уступки ввиду заинтересованности быстрейшего вступления Советского Союза в войну с Японией.
Прогноз НКВД и военной разведки о низкой способности японцев противостоять мощным ударам советских подвижных соединений в обход укрепленных районов, построенных японцами вдоль советской границы, подтвердился в августе 1945 года.
Однако спецслужбы не предвидели, несмотря на подробные данные о завершении работ по атомной бомбе, что американцы применят ядерное оружие против Японии.
Накануне Потсдамской конференции их оценки были ещё более оптимистичны. Берия и Голиков вообще не упоминали о перспективах социалистического развития Польши, Чехословакии, Венгрии, Румынии. Социалистический выбор как реальность для СССР в странах Европы был более или менее ясен только в части Югославии. Разведка исходила из того, что Тито как руководитель государства и компартии опирался на реальную военную силу. В других же странах обстановка была иной.
Вместе с тем разведорганы сходились в том, что советское военное присутствие и симпатии к Советскому Союзу широких масс населения обеспечат стабильное пребывание у власти в Польше, Чехословакии и Венгрии правительств, которые будут ориентироваться на тесный союз и сотрудничество с СССР. Военно-политические рекомендации по Германии также были далеки от установок на строительство социализма в оккупированной советскими войсками зоне. Речь скорее шла о том, чтобы в будущей нейтральной, разоруженной навсегда Германии создать мощную, стабильную, ориентирующуюся на Россию прогрессивную группу в немецком руководстве.
Практическим результатом решений этого совещания в свете секретных протоколов, подписанных на Ялтинской конференции 11 февраля 1945 года Молотовым, Хэллом и Иденом, было также поручение заместителю начальника 1-го (разведывательного) управления НКГБ Короткову договориться с представителями разведслужб США и Англии о выдаче СССР командного состава власовской армии, в частности Жиленкова, в обмен на передачу англичанам и американцам интересовавших их немецких генералов и адмиралов.
Была ещё одна тема, которой Судоплатов занимался в годы войны, связанная с созданием в СССР атомного оружия.
Осенью 1939 года Лубянка получила сведения, что ведущие немецкие ученые-физики под руководством профессора Шумана были объединены в «Урановое общество» при управлении армейских вооружений. Научным центром атомных исследований стал Берлинский физический институт, а его ректором назначили профессора Гейзенберга.
К участию в научных разработках были подключены физико-химические институты Гамбургского, Лейпцигского, Грейфсвальдского, Гейдельбергского и Ростокского университетов. Начались теоретические исследования возможности создания атомного реактора с использованием урана и тяжелой воды. Аналогичные работы, по данным советских резидентур, начались в Великобритании и США, имея своей конечной целью создание атомного оружия.
Полученная информация тут же была доведена Сталину, поручившему Академии наук СССР изучить эту проблему и высказать своё суждение.
Специально созданная комиссия под председательством академика Хлопонина пришла к заключению, что создание такого оружия возможно теоретически, но вряд ли осуществимо на практике в ближайшем будущем. Тем не менее она рекомендовала Совнаркому и научным учреждениям отслеживать научные публикации западных специалистов по этой проблеме.