Начался пересмотр главных задач в работе за рубежом и внутри страны. Берия взял инициативу в свои руки.
Судоплатов был в числе тех, кому он поручил подготовить докладные записки с детальным перечнем и анализом ошибок, допущенных партийными организациями и органами госбезопасности в борьбе с националистическим подпольем в Литве и на Украине. Берия считал необходимым выдвигать местные кадры на руководящие посты, а на должности заместителей назначать людей славянских национальностей.
26 июня, возвращаясь с работы на дачу, Павел с удивлением увидел движущуюся колонну танков, заполнившую всё шоссе, он подумал, что это обычные учения, неудачно скоординированные с ГАИ. Когда же следующим утром приехал на службу, сразу понял: произошло нечто чрезвычайное.
Портрет Берии, висевший у него в приёмной на седьмом этаже, отсутствовал. Дежурный офицер доложил, что его унёс один из работников комендатуры, без объяснения причин. В министерстве обстановка оставалась спокойной. Спустя час Судоплатова вызвали в малый конференц-зал, где уже собрались все руководители самостоятельных отделов и управлений и заместители министра.
Круглов с Серовым сидели на председательских местах. Круглов сообщил, что за провокационные антигосударственные действия, предпринятые в последние дни, по распоряжению правительства Берия арестован и содержится под стражей, а министром внутренних дел назначен он, Круглов. Далее обратился к присутствующим с просьбой продолжать спокойно работать и выполнять его приказы.
После того как об аресте Берии объявили в прессе официально, он был исключен из партии и назван врагом народа. Состоялся партийный актив руководящего состава Министерства внутренних дел. Выступления Маленкова и куратора из ЦК Шаталина с объяснением причин ареста Берии для профессионалов, собравшихся в конференц-зале, прозвучали наивно и по-детски беспомощно. Аудитория молча выслушала откровения Шаталина о том, что для усыпления бдительности Берии Центральный Комитет сознательно пошёл на обман, принимая заведомо ложные решения и отдавая соответствующие распоряжения. Это было беспрецедентно. Все верили, что руководство страны ни при каких обстоятельствах не примет директивы для обмана членов партии даже ради самой благородной цели.
Сразу после Шаталина слово взял заместитель министра по кадрам Обручников, назвав Эйтингона с Райхманом и Судоплатова лицами, не заслуживающими доверия. При этом заявил, что последний окружил себя одиозными и подозрительными личностями вроде Серебрянского и Василевского, ранее арестовывавшимся и отстраненными от работы в разведке. Все попытки Павла ответить на обвинения пресекались председательствовавшим Серовым.
Хотя партактив и выбил Павла из душевного равновесия, он всё ещё надеялся, что жизнь в министерстве вскоре снова войдет в нормальную колею. Аккуратно являлся на работу, но никаких существенных дел ему больше не поручали.
В начале августа Судоплатова вызвали в кабинет к Круглову и приказали принести агентурное дело Стаменова — болгарского посла в Москве в 40-х годах, агента НКВД, которого он курировал. Без всякого объяснения новый министр сообщил, что их ждут в Кремле. Проехали через Спасские ворота и повернули направо к знакомому зданию Совета Министров. Там прошли тем же коридором, что и зимой, когда Судоплатов последний раз видел Сталина.
Приняли весьма своеобразно. Вместо того чтобы пригласить министра и его подчиненного в кабинет, начальник секретариата Маленкова попросил Круглова остаться в приёмной (такого не случалось при Сталине), а Судоплатова пригласил пройти в бывший кабинет Сталина.
Там за столом заседаний Президиума ЦК сидели Хрущев, Молотов, Маленков, Булганин, Микоян и Ворошилов. Хотя Председатель Совета Министров являлся главой коллективного руководства, приветствовал Судоплатова и предложил сесть не он, а Хрущев. По сложившейся практике на встречах такого рода было принято официальное обращение по фамилии с добавлением слова «товарищ». Однако Хрущев обратился к приглашенному иначе.
— Добрый день, товарищ генерал. Вы выглядите прямо как на картинке (Павел был в военной форме). Садитесь.
Далее, надув щеки, Никита Сергеевич продолжал уже в обычной официальной манере партийного руководителя.
— Товарищ Судоплатов, вы знаете, что мы арестовали Берию за предательскую деятельность. Вы работали с ним многие годы. Берия пишет, что хочет с нами объясниться. Но мы не желаем с ним разговаривать. Мы пригласили вас, чтобы выяснить некоторые его предательские действия. Думаем, вы будете откровенны в своих ответах перед партией.