Из первоначально выдвинутых осталось три:
Первое — тайный сговор с Берией для достижения сепаратного мира с гитлеровской Германией в 1941 году и свержения советского правительства; второе — как человек Берии и начальник Особой группы, созданной до войны, осуществлял тайные убийства враждебно настроенных к наркому людей с помощью яда, выдавая их смерть за несчастные случаи; третье — с 1942 по 1946 года наблюдал за работой «Лаборатории-Х», где проверялось действие ядов на приговоренных к смерти заключенных.
В обвинении не указывалось ни одного конкретного случая умерщвления людей. Зато упоминался его заместитель Эйтингон, арестованный в октябре 1951 года, «ошибочно и преступно» выпущенный Берией на свободу после смерти Сталина спустя два года и вновь осужденный за измену Родине.
Обвинительное заключение заканчивалось предложением о слушании дела Судоплатова в закрытом порядке Военной коллегией Верховного суда без участия прокурора и защиты.
В этой связи он вспомнил, как Эмма во время свидания в «Крестах» говорила о Райхмане, упомянув, что практика закрытых судов без участия защиты, введенная после убийства Кирова, запрещена законом с 1956 года. Райх-ман сумел избежать тайного судилища и был поэтому амнистирован. Перед Павлом стояла непростая задача: как сказать Преображенскому, что ему известно о законе, запрещающем рассматривать дела без защитника? Ведь он находился тогда в коматозном состоянии.
Обратился к помощнику Генерального с письменным ходатайством — мотивировать, почему тот вносит предложение слушать дело без участия защитника. Преображенский ответил, в обвинительном заключении нет необходимости вдаваться в столь мелкие подробности, и объявил под расписку решение об отказе в предоставлении адвоката. Тогда Павел потребовал Уголовно-процессуальный кодекс, чтобы можно было реализовать конституционное право на защиту, но и это ходатайство было отвергнуто под расписку. Для Судоплатова было важно зафиксировать в письменной форме сознательное нарушение в отношении него закона.
После этого он обратился к заместителю начальника тюрьмы, своему бывшему подчиненному в годы войны, с ходатайством предоставить Уголовно-процессуальный кодекс. Надзиратель сообщил, что ходатайство отклонено, но заместитель готов его принять и выслушать жалобы, касавшиеся условий содержания в тюрьме.
Когда Судоплатова привели в его кабинет, который, конечно же, прослушивался, оба ничем не выдали, что знают друг друга. Подполковник подтвердил, что ходатайство отклонено, но сказал, что подследственный может ознакомиться с инструкцией об условиях содержания подследственных в тюрьме, прежде чем писать официальную жалобу. Павел уловил в этой фразе особый смысл фразе смысл. На столе рядом с инструкцией лежало приложение, в котором было как раз то, что его интересовало — Указ Президиума Верховного Совета СССР от 30 апреля 1956 года об отмене особого порядка закрытого судебного разбирательства по делам о государственной измене без участия защиты.
Тем не менее его официальное заявление о предоставлении адвоката проигнорировали, скорее всего, по распоряжению «инстанций», то есть самого Хрущева, который к этому времени стал главой и партии, и правительства. Павел решил выждать время и повторить требование о защитнике уже в ходе самого судебного разбирательства.
Тридцать три — таким было число его заявлений, направленных Хрущеву, Руденко, секретарю Президиума Верховного Совета СССР Гор-кину, Серову, ставшему председателем КГБ, и другим с требованием предоставить защитника и протестом по поводу грубых фальсификаций, содержащихся в выдвинутых против Судоплатова обвинениях. Ни на одно из них он не получил ответа.
Обычно, когда следствие на высшем уровне по особо важным делам завершалось, дело незамедлительно передавалось в Верховный суд. По истечении недели или, в крайнем случае, месяца Павел должен был получить уведомление о том, когда состоится слушание дела. Но прошло три месяца — и ни слова. И только осенью 1958 года его официально известили, что дело будет рассматриваться Военной коллегией Верховного суда 12 сентября без участия прокурора и защиты.
Судоплатова перевели во внутреннюю тюрьму Лубянки, а затем в Лефортово. Через много лет он узнал, что генерал-майор Борисоглебский, председатель Военной коллегии, трижды отсылал его дело в Генеральную прокуратуру для проведения дополнительного расследования. И трижды оно возвращалось с отказом.