Здесь же содержались Эйтингон, прибывший во Владимир в марте 1957 года с двенадцатилетним сроком, Мамулов, начальник секретариата Берии и заместитель министра внутренних дел, отвечавший за золотодобычу.
Сидели во Владимирской тюрьме Дарья Гусяк и Мария Дидык, нелегальные курьеры бандеровского подполья, захваченные в 1950-м году. Они разносили еду заключенным, но, сталкиваясь с Судоплатовым, не признавали в нём высокопоставленного сотрудника МГБ, допрашивавшего обеих в Львовской тюрьме.
Через три месяца после прибытия Павла во Владимирскую тюрьму на свидание с ним Эмма привезла сыновей, мудро решив не показывать им отца, пока тот был не в лучшей физической форме. У Павла задрожали руки, и он едва владел собой, когда они вошли.
Начальник тюрьмы полковник Козик разрешил два дополнительных свидания с женой кроме положенного одного в месяц. За год до своей отставки в 59-м он устроил Павлу свидание у себя в кабинете с Александром, мужем свояченицы. Тот сообщил об изменениях, происходящих в МВД и КГБ. Информация о том, кто находится у власти, а кого отправили в отставку, инициативы нового председателя КГБ Шелепина по расширению операций советской разведки за рубежом дали Судоплатову надежду, что он мог бы быть полезен новому руководству благодаря своему немалому опыту, и поэтому мог быть амнистирован, как это произошло с генералами и офицерами, выпущенными Сталиным и Берией в 1939-м и 1941-м годах.
В результате Судоплатов начал бомбардировать Верховный суд и прокуратуру прошениями о пересмотре дела. От жены знал, что она дважды обращалась к Хрущеву и в Верховный суд с просьбой допустить адвоката при рассмотрении его дела. Но в этой просьбе ей было отказано. Эмма показала Павлу копии своих ходатайств, и он послал в Москву протест, заявляя, что приговор не имеет юридической силы, поскольку ему было отказано в праве на защиту, а также в ознакомлении с протоколом судебного заседания, который он так и не подписал.
На него был получен ответ, подписанный заместителем председателя Верховного суда Смирновым, где говорилось, что оснований для пересмотра дела нет. На следующие сорок прошений ответа Павел не получил.
В 1960-м году его неожиданно вызвали к начальнику тюрьмы, в дверях столкнулся с Эйтингоном. За столом вместо начальника сидел представительный, лет пятидесяти мужчина в модном костюме, представившийся следователем по особо важным делам Комитета партийного контроля Германом Климовым. Он сообщил, что ЦК партии поручил ему изучить следственное и рабочее дело Судоплатова из Особого архива КГБ СССР. ЦК интересуют данные об участии Молотова в тайных разведывательных операциях Берии за рубежом, а также, что особенно важно, имена людей, похищение и убийство которых было им организовано внутри страны. Климов предъявил справку для Комитета партийного контроля, подписанную заместителем Руденко — Салиным. Она содержала перечень тайных убийств и похищений, совершенных по приказу Берии. В частности, прокуратура, расследуя его дело, установила, что в 1940–1941 годах Берия отдал приказы о ликвидации бывшего советского посла в Китае Луганца и его жены, а также Симонич-Кулик, жены расстрелянного в 1950-м году по приказу Сталина маршала артиллерии Кулика.
«Прокуратура располагает, — говорилось в документе, — заслуживающими доверия сведениями о других тайных убийствах по приказу Берии как внутри страны, так и за её пределами, однако имена жертв установить не удалось, потому что Судоплатов с Эйтингоном скрыли все следы». В документе также отмечалось, что в течение длительного времени состояние здоровья указанных лиц не позволяло прокуратуре провести полное расследование этих дел.
От имени ЦК партии Климов потребовал рассказать правду об операциях, в которых Судоплатов принимал участие, так как в прокуратуре не имелось письменных документов, подтверждавших устные обвинения его в организации убийства Михоэлса, — это, видимо, смущало следователя. Он был весьма удивлён, когда Павел заявил о непричастности к убийству Михоэлса и доказал это. Климову надо было прояснить тёмные страницы недавней советской истории до начала работы очередного партийного съезда, который должен был состояться в 1961 году. Кроме того Судоплатову показалось, что он проявлял и чисто человеческий интерес и сочувственно относился к его делу.
Беседовали больше двух часов, перелистывая страницу за страницей следственное дело. Павел не отрицал своего участия в специальных акциях, но отметил, что они рассматривались правительством как совершенно секретные боевые операции против известных врагов советского государства и осуществлялись по приказу руководителей, и ныне находящихся у власти. Поэтому прокуроры отказались письменно зафиксировать обстоятельства каждого дела.