Обострение международной обстановки и резкое усиление угрозы нападения империалистических государств на Советский Союз вынудило ЦК ВКП(б) и правительство страны принять меры к значительному увеличению численности вооруженных сил. Также было принято решение отказаться от практики смешанной организации войск – территориальной и кадровой и полностью перейти на кадровую основу комплектования армии и флота.
Быстрый рост численности армии и флота в связи с развертыванием вооруженных сил привел к значительному уменьшению численности коммунистов, особенно среди командного состава вновь формируемых частей. Это объяснялось чисткой партии, а также прекращением приема, вызванным вначале чисткой партии, а затем обменом партийных документов. Кроме того, при ежегодной демобилизации из Красной Армии и Флота уходило большое число коммунистов и кандидатов в члены партии.
10 мая 1937 г. ЦИК и СНК СССР приняли постановление о введении института военных комиссаров в частях, соединениях и учреждениях, в ротах – политруков. Такой шаг не означал отказа от единоначалия. Эта временная мера вызывалась конкретной исторической обстановкой, необходимостью усилить партийное руководство в вооруженных силах в связи с их техническим перевооружением, улучшить воспитательную работу среди личного состава. Приказом народного комиссара обороны от 7 июня 1937 г. командиры-комиссары были освобождены от функций комиссаров, а их помощники по политической части были назначены военными комиссарами.
Постановлением ЦИК и СНК СССР от 15 августа 1937 г. было утверждено Положение о военных комиссарах Рабоче-крестьянской Красной Армии. В Положении отмечалось, что военный комиссар наравне с командиром (начальником) отвечает за политико-моральное состояние части, за выполнение воинского долга и проведение военной дисциплины всем личным составом снизу доверху, за боевую, мобилизационную, оперативную и мобилизационную готовность, за состояние вооружения и войскового хозяйства части (соединения, управления, учреждения).
По существу, в частях, на кораблях и в соединениях временно вводилась неполная форма единоначалия – с разделением руководства и ответственности на военное и политическое: за командиром оставались военно-административные функции, комиссар отвечал за политическую сторону руководства.
Однако была еще одна важная особенность этого периода строительства вооруженных сил. В конце 1936 г. и с начала 1937 г. в стране начинаются массированные репрессии против так называемых «врагов народа», которые с середины 1937 г. обрушились на армию и флот. С мая 1937 г. по сентябрь 1938 г. были репрессированы около половины командиров полков, почти все командиры бригад и дивизий, все командиры корпусов и командующие войсками военных округов. За небольшим исключением, были арестованы все начальники управлений и другие ответственные работники Наркомата обороны и Генерального штаба, все начальники военных академий и институтов, все руководители Военно-морского флота и командующие флотами и флотилиями.
Количество репрессированных представителей высшего комначсостава РККА составило: маршалов – 60 %, командармов и флагманов флота 1-го и 2-го ранга – 100 %, комкоров – 100 %, комдивов – 76 %, комбригов – 52 %; в целом по высшему комначсоставу из 767 чел. – 66 %. Лишь в августе 1938 г., когда последствия массовых репрессий командного и начальствующего состава стали угрожать потерей управляемости РККА, была создана специальная комиссия для разбора жалоб уволенных командиров. Она рассмотрела около 30 тысяч заявлений, были возвращены в Красную Армию около 12,5 тыс. командиров и политработников.
Особенностью 1938–1940 гг. в жизнедеятельности Красной Армии является ее участие в боевых действиях в нескольких локальных вооруженных конфликтах с Японией (Хасанские события лета 1938 г. и советско-японский конфликт у реки Халхин-Гол с 11 мая по 15 сентября 1939 г.) и Финляндией в период с 30 ноября 1939 г. по 12 марта 1940 г. (советско-финляндская война). С учетом боевых действий РККА в указанных вооруженных конфликтах в 1940–1941 гг. были внесены существенные изменения практически во все сферы жизнедеятельности вооруженных сил. Изменялась организационная структура войск, были переработаны боевые уставы, наставления, были внесены изменения в программы обучения в военно-учебных заведениях и боевую и политическую подготовку.
Верховным Советом СССР 1 сентября 1939 г. был принят Закон о всеобщей воинской обязанности, который завершал перевод вооруженных сил на кадровое положение. Этим законом устанавливались новые сроки прохождения военной службы, нахождения в запасе, порядок призыва, начальной и допризывной подготовки. Сроки действительной военной службы рядового и сержантского состава в Сухопутных войсках и авиации были увеличены до трех лет, на флоте – до пяти лет. В армию призывались лица, которым исполнилось 19 лет, окончившие среднюю школу – в 18 лет.