— Расправы, — говорил он, — могут вызвать недовольство и злобу даже у лояльно настроенных казаков и горцев.
При выборе форм и способов борьбы с мятежниками он требовал учитывать их классовую неоднородность, веками складывавшиеся особенности быта местного населения, националистические пережитки и религиозные предрассудки.
— Даже среди бандитов, — подчеркивал член реввоенсовета, — есть заблуждающиеся и обманутые люди, которых следует отделять от действительных врагов Советской власти и нейтрализовывать.
Как член Юго-Восточного бюро ЦК РКП(б) и Донецкого обкома партии, представитель военного округа в Экономическом совете Юго-Востока России, А. С. Бубнов внес определенный вклад в борьбу с голодом, в ликвидацию холерной эпидемии, в решение многих народнохозяйственных и социальных вопросов данного региона.
В мае 1922 года А. С. Бубнов назначается на ответственную должность заведующего Агитационно-пропагандистским отделом Центрального Комитета РКП(б). Это назначение совпало с резким обострением идеологической борьбы внутри страны, вызванной условиями нэпа.
…В субботу с утра повалил мягкий густой снег, но затем поднялся злой ветер, и вскоре по всей Москве яростно заплясала и вызывающе завыла метель. Остановились трамваи. Дворники, бросив расчищать заносы, ибо дело это было безнадежное, разбрелись по домам. На службу Андрей Сергеевич пошел пешком. Он любил такую погоду. После нее всегда, как после боя, наступает ясность. Либо ты, либо тебя. Он верил в свои силы и испытывал почти удовольствие, ввергая себя в круговорот страстей и событий. Боялся он только за друзей и близких. Ведь именно сейчас, как никогда, осложнилась обстановка внутри партии. Ильич тяжело болен. Советское государство переживает большие экономические и политические трудности. Воспользовавшись этим, вновь подняли голову троцкисты. Считают: настало удобное время, чтобы изменить ленинский курс РКП(б), протащить в руководящие партийные, советские и военные органы своих людей. Красную Армию пытаются вывести из-под влияния партии, хотят перетянуть на свою сторону как можно больше авторитетных, зарекомендовавших себя истинными революционерами людей. Даже Владимир Александрович Антонов-Овсеенко запутался в их сетях… Нет, отсиживаться преступно, надо идти непогоде наперекор, не отдавать ей друзей, крепить ряды единомышленников.
22 января 1924 года газета «Красная звезда» сообщила: «Приказом Союзного Реввоенсовета начальник ПУРа тов. Антонов-Овсеенко освобожден от занимаемой должности. Вновь назначенный на эту должность тов. Бубнов вчера приступил к исполнению своих обязанностей».
Вместе с М. В. Фрунзе, К. Е. Ворошиловым, М. Н. Тухачевским, П. И. Барановым и другими виднейшими военными деятелями А. С. Бубнов возглавил борьбу армейских коммунистов с фракционерами. «Для меня единство партии — это не пустой звук, — заявлял он в письме XIII съезду РКП(б), — для меня всякая оппозиция представляется делом вредным, а всякие попытки организованной оппозиции делом, безусловно, антипартийным, то есть преступным».
С большим вниманием в партийных кругах встретили это письмо А. С. Бубнова, а также его статьи «Как тов. Преображенский опровергает тов. Преображенского» и «Фракционная перепутаница», опубликованные в «Правде». В них автор резко отмежевывался от всевозможных фракций, выступал за единство партии, показывал несостоятельность взглядов лидеров оппозиции.
А. С. Бубнов активно боролся против попыток троцкистов исказить и принизить роль В. И. Ленина в создании Коммунистической партии, Советского государства и Вооруженных Сил. Большое значение для пропаганды ленинизма, отпора троцкистским выпадам имела работа комиссии Реввоенсовета СССР по увековечению памяти В. И. Ленина под председательством А. С. Бубнова.
Разоблачению троцкизма способствовали также многочисленные доклады, научные труды Андрея Сергеевича, написанные им в 1924–1925 годах. 27 марта 1924 года он выступил против фракционности на собрании партийных ячеек Военной академии РККА, в мае подверг резкой критике сторонников Троцкого в докладе на IX Всекрымской областной партийной конференции, в августе разоблачал троцкизм в докладе на партконференции Ленинградского военного округа…
Решительный бой троцкизму в свете требований XIII съезда РКП(б) армейские коммунисты дали на совещании начальников политорганов, проходившем 17–22 ноября 1924 года под председательством А. С. Бубнова. Заслушав и обсудив доклад Андрея Сергеевича, совещание определило, что троцкисты стремятся свести на нет роль партии в военном строительстве. Троцкизм был квалифицирован как разновидность меньшевизма. Совещание обратилось в Центральный Комитет партии с просьбой рассмотреть на ближайшем пленуме ЦК вопрос о троцкизме и пребывании Троцкого на высших военных должностях. Предложения совещания совпали с мнением Московского комитета партии, их поддержали парторганизации Киева, Минска, Баку, Тифлиса и многих других городов.