Большой вклад внес А. С. Бубнов в осуществление партийных решений о введении единоначалия в Вооруженных Силах, что являлось одним из основных мероприятий военной реформы. По поручению Центрального Комитета партии он в феврале 1924 года глубоко изучает этот важнейший вопрос военного строительства, приходит к выводу, что к введению единоначалия Красная Армия вполне готова, что вводить единоначалие надо постепенно, по мере подготовки командиров и политработников в каждой части.
Эти адресованные Центральному Комитету партии предложения были разосланы для ознакомления многим видным военным и политическим деятелям, а в дальнейшем послужили основой для ряда руководящих документов. В тоне 1924 года А. С. Бубнов назначается председателем комиссии Оргбюро ЦК РКП(б) по военным вопросам, на которую в числе других важнейших задач военной реформы возлагалось введение единоначалия.
2 марта 1925 года пленум Реввоенсовета СССР заслушал его доклад о подготовке к намечаемой реорганизации. Обсудив сообщение, Реввоенсовет издал приказ о введении единоначалия, в который вошли основные положения разработанной при участии Бубнова в декабре 1924 года инструкции по этому вопросу. Введение единоначалия продолжалось до конца 1928 года. Одним из завершающих его моментов стало утверждение Реввоенсоветом СССР подписанного А. С. Бубновым «Положения о военных комиссарах, командирах-единоначальниках и помполитчасти».
Единоначалие значительно укрепило Вооруженные Силы, повысило авторитет, активизировало инициативу командиров и политработников в обучении и воспитании советских воинов.
Под непосредственным руководством А. С. Бубнова Политуправление РККА ставило и решало многие другие вопросы военной реформы. Только за полтора года между XIII и XIV съездами партии по просьбе и предложению Политуправления Центральный Комитет РКП(б) рассмотрел более 90 принципиальных вопросов советского военного строительства.
Большое внимание Андрей Сергеевич уделял армейскому комсомолу.
— Вопрос о молодежи, о партийном обучении и политическом воспитании ее в духе большевизма, — подчеркивал он, — должен быть поставлен партией в сотни раз резче, серьезнее и шире, чем это было до сих пор. Для этого потребуются и силы, и средства, и люди.
А. С. Бубнов считал, что комсомол в середине 20-х годов начинает в жизни армии новую историю и что его роль будет постоянно возрастать.
Бывая в войсках, начальник Политуправления РККА всегда интересовался, чем живут комсомольцы, какие трудности испытывают, какое влияние оказывают на несоюзную молодежь. Он не мог не видеть, что в некоторых частях и соединениях комсомольцев приравнивают к членам партии, в других, наоборот, к беспартийной массе, что уровень политической подготовки комсомольцев зачастую еще низок и часть членов РЛКСМ по причине малого стажа и отсутствия серьезной воспитательной работы практически не отличается от красноармейцев, не состоящих в комсомоле. Политорганы, не имея четких руководящих установок, порой упускали из виду особенности работы с комсомольцами. Нужно было срочно организовывать и налаживать систематическую и планомерную работу с воинами-комсомольцами.
В октябре 1925 года при участии А. С. Бубнова было подготовлено «Положение о работе среди членов РЛКСМ в Красной Армии и Красном Флоте». Политуправление в этом Положении называло работу среди комсомольцев неотъемлемой частью партийной работы и требовало проводить ее под непосредственным руководством политорганов и партийных организаций воинских частей. Андрей Сергеевич подчеркивал особую важность крепкого организационного «привязывания» армейского комсомола к партии. Он считал, что руководящая роль партии по отношению к военному комсомолу должна проявляться уже в воспитательной работе с комсомольцами-допризывниками. Еще летом 1924 года Бубнов и секретарь ЦК комсомола Васютин направили комитетам РЛКСМ циркуляр о работе с допризывной молодежью. Циркуляр закладывал организационное начало комсомольской работы с допризывниками, укреплял связи местных комсомольских организаций с армейскими политорганами.
Начавшаяся планомерная работа способствовала как количественному, так и качественному росту военного комсомола. Отмечая большие воспитательные возможности армейского комсомола, Андрей Сергеевич подчеркивал, что по численности комсомольцев в армии в два раза больше, чем коммунистов, и рост их рядов будет продолжаться. В связи с этим он требовал шире использовать комсомол как проводника, как форму связи и влияния партии на беспартийную массу. «Комсомольцев ни в коем случае не надо смешивать с беспартийной массой, — подчеркивал Андрей Сергеевич. — В отношении членов РЛКСМ надо руководствоваться лозунгом: «Не политграмота, а ленинская большевистская учеба и выучка».