Прибыв в конце февраля в Пекин и подробно ознакомившись с положением дел, комиссия пришла к выводу, что вопрос о Северном походе практически уже решен. В армии только о нем и говорили: и рядовой и командный состав — все были убеждены в его необходимости. Некоторые разногласия возникли лишь при определении сроков похода.
Комиссия предложила начать организацию похода с обучения Национально-революционной армии Китая действиям в полевых условиях, так как без этого на просторах Среднего Китая она не могла рассчитывать на успех. Интенсивно проведенная подготовка позволила начать знаменитый Северный поход НРА уже в июле 1926 года.
Важным вопросом было изучение перспектив всего национально-революционного движения в Китае. Хотя революция, по его мнению, вступила в фазу относительного затишья, А. С. Бубнов предположил скорую возможность следующего подъема. А потому, считал он, надо начать заблаговременную подготовку к нему. Для этого необходимо глубже проанализировать поведение купечества, буржуазной верхушки, учитывать объективную возможность классового расслоения национального движения. Кроме того, подчеркивал он, очередной революционный подъем может привести к прямому военному вмешательству международного империализма во внутренние дела Китая, и пособниками интервентов при этом могут выступить замаскировавшиеся силы китайской реакции.
Элементы расслоения национально-революционного движения, наличие которых предположил А. С. Бубнов, начали проявляться уже во время работы комиссии. 20 марта 1926 года командир 1-го армейского корпуса НРА Чан Кайши предпринял попытку военного переворота в Гуанчжоу (Кантон), выступив против Коммунистической партии Китая и левой части гоминьдана. Он изгнал коммунистов из частей 1-го корпуса и из военной школы в Вампу (Хампу), которая также находилась под его командованием. Чанкайшисты блокировали помещение, где жили русские советники и комиссия А. С. Бубнова, фактически взяв представителей СССР под домашний арест. Выступление контрреволюции хотя и предполагалось советскими специалистами, но все же было неожиданным. Тем более что накануне комиссия посетила школу в Вампу, осмотрела ее учебную базу, побывала на занятиях, Андрей Сергеевич беседовал с курсантами, командованием, с работавшими в школе советскими военными специалистами.
Попытка переворота, однако, не получила широкой поддержки у армейского руководства, и уже вечером 20 марта Чан Кайши начал отступление. Встретившись с А. С. Бубновым, он лицемерно заявил, что события произошли против его воли, принес свои извинения Андрею Сергеевичу и обещал на следующий день извиниться перед всеми советниками. Блокада с помещений советских специалистов была снята, но Чан Кайши высказал пожелание, чтобы комиссия во главе с А. С. Бубновым и ряд советников покинули Кантон.
24 марта 1926 года комиссия ЦК ВКП(б) на пароходе «Память Ленина» отбыла на Родину.
А. С. Бубнов буквально по горячим следам вскрыл социальные корни событий 20 марта. Назвав их маленьким полувосстанием, он увидел в них отражение противоречий между централизованной государственной властью и милитаризмом, между мелкой городской буржуазией и пролетариатом, между левым и правым крылом гоминьдана. А. С. Бубнов считал, что левое крыло гоминьдана выражает интересы мелкой городской буржуазии и очень условно — крестьянства, а правое — интересы буржуазных верхов, которые являются политическими компрадорами Гонконга. Реакционному выступлению Чан Кайши, отмечал А. С. Бубнов, способствовали крупные ошибки в военной работе и политическом руководстве. Возникший внутри национального правительства кризис нашел отражение и в армии. Высший и старший офицерский состав НРА был недоволен централизацией военного руководства, проводимой к тому же очень быстро, без учета психологии и навыков китайского генералитета, привыкшего больше повелевать, чем подчиняться. Централизация власти поставила генералов под чрезмерный контроль, из-под которого они стремились вырваться. По образному выражению А. С. Бубнова, на китайского генерала было надето пять ошейников: Главный штаб, Управление снабжения, Политуправление НРА, комиссар и советник. Это совершенно не соответствовало бытовавшим в китайской армии традициям и нравам.
Андрей Сергеевич считал, что сдерживающим фактором для подобных контрреволюционных выступлений может стать Северный поход Национально-революционной армии.
— Национальная революция, — говорил он, — не может окопаться на Юге Китая. Северный поход нельзя рассматривать как чисто военное мероприятие. Поход неизбежно затронет крестьянские массы и самые широкие слои китайского населения.