Эти теоретические поиски пришлось ускорить в связи с возросшей опасностью наступления германских войск. Н. И. Подвойский организует одно совещание за другим, некоторые с участием В. И. Ленина, где уточняются принципы, формы и методы военного строительства. Наконец, 26 декабря на заседании Военной организации Николай Ильич изложил план создания 300-тысячной добровольческой армии, которая должна была послужить костяком новой социалистической армии. Предложения Н. И. Подвойского были одобрены. Он доложил об этом В. И. Ленину и попросил издать соответствующий манифест и обращение к населению. Однако В. И. Ленин предложил провести решение о создании новой армии не сверху, а снизу — через представителей измученных войной масс. Н. И. Подвойский выступил с докладами на Всеармейском съезде по демобилизации, на Исполкоме, а потом и на пленуме Петроградского Совета, и, наконец, на заседании солдатской секции 3-го Всероссийского съезда Советов. Все его инициативы были поддержаны.
Между тем создание новой армии уже началось. Почин положил пролетарский Питер. 1 января В. И. Ленин и Н. И. Подвойский провожали первые эшелоны на фронт. «…Эта армия, — сказал В. И. Ленин в своем выступлении на митинге, — призывается оберегать завоевания революции, нашу народную власть, Советы солдатских, рабочих и крестьянских депутатов, весь новый, истинно демократический строй от всех врагов народа…»
Вопрос о рождении новой армии, таким образом, прошел обсуждение на всех уровнях. По поручению В. И. Ленина 15 января Н. И. Подвойский изложил на заседании СНК проект декрета о создании добровольческой Красной Армии из рабочих и крестьян. Тут же выправленный В. И. Лениным проект был принят. СНК образовал Всероссийскую коллегию по формированию Красной Армии и поставил во главе ее Н. И. Подвойского. 17 января Н. И. Подвойский и Н. В. Крыленко подписали и телеграфно разослали приказ о повсеместной немедленной организации Красной Армии.
Трудный период первых поисков заканчивался, начиналось интенсивное строительство новой армии.
Набравшие силу народные комиссариаты позволили в начале декабря ликвидировать Военно-революционный комитет как чрезвычайный орган власти. Но Н. И. Подвойский не получил передышки. Молодая республика к этому времени, как оспой, покрылась очагами антисоветских выступлений — Каледин, Дутов, Центральная рада… «Самый причудливый фронт, — писал Н. И. Подвойский, — самая причудливая дислокация контрреволюционных сил, контрреволюционных вспышек, отсутствие налаженных аппаратов… заставляли создавать из ничего целые полки, дивизии… Все это пришлось нам делать на лету, в самых неблагоприятных условиях, буквально в дни и часы, а не в месяцы».
Выдающуюся роль в преодолении всех возникавших трудностей играла возглавляемая Н. И. Подвойским Всероссийская коллегия по формированию Красной Армии, членами которой были Н. В. Крыленко, К. А. Мехоношин, В. А. Трифонов и К. А. Юренев. Она с первого же дня работала под пристальным вниманием В. И. Ленина. «Руководство В. И. Ленина было настолько всесторонним, — писал Н. И. Подвойский, — что Всероссийская коллегия фактически являлась военным аппаратом председателя СНК».
Для оказания помощи местным органам власти в привлечении добровольцев в Красную Армию Всероссийская коллегия создавала курсы, подготовившие к началу апреля 398 агитаторов-организаторов.
Новая армия требовала новых командиров. Еще в декабре 1917 года по инициативе Н. И. Подвойского и Е. М. Ярославского была сформирована 1-я Московская революционная пулеметная школа (ныне МВОКУ имени Верховного Совета РСФСР). 14 февраля 1918 года Николай Ильич подписал приказ об открытии 13 командных курсов в Москве, Петрограде, Твери и других городах. Н. И. Подвойский участвовал в формировании органов управления авиацией, создании Совета Броневых частей, Автотранспортного отдела Красной Армии.
В. И. Ленин считал, что для строительства Красной Армии нужен мир или хотя бы мирная передышка. Главными противниками заключения мира были выступавшие за «революционную войну» «левые коммунисты», а также Троцкий, который, возглавляя советскую делегацию на переговорах в Бресте, вопреки директивам ЦК и СНК сорвал подписание мира. Германские войска по всему фронту, простиравшемуся от Риги до Дуная, перешли в наступление. Основной удар направлялся на Петроград. Остатки частей старой армии, бросая военное имущество, покатились в глубь страны. В первые же два дня были сданы Двинск, Минск, Луцк, Ровно… 21 февраля СНК объявил: «Социалистическое отечество в опасности!» Был создан комитет революционной обороны Петрограда во главе с Я. М. Свердловым. В руководящее бюро комитета вошел Н. И. Подвойский.