Дело не ограничивалось предупреждением. Партийная организация Москвы проводила большую военно-оборонную работу, настойчиво занималась патриотическим воспитанием трудящихся.
На одном из партийных активов города, призывая настойчиво и серьезно изучать марксизм-ленинизм, он говорил: «Марксистско-ленинская теория является могучим оружием нашей партии и нашего народа. Знание теории… дает нашим кадрам понимание политики партии и Советского государства, вооружает их уменьем правильно ориентироваться в обстановке, сознательно и с успехом выполнять свою работу». Много внимания уделял Александр Сергеевич воспитанию молодежи, беспокоился о ее культурном и нравственном облике.
В предвоенные годы Москва и Московская область по развитию народного хозяйства занимали ведущее положение в стране. Промышленность, сельское хозяйство успешно выполняли и перевыполняли государственные задания. За развитие сельского хозяйства и животноводства области, за выполнение заданий правительства в 1940 году второй раз награжден орденом Ленина.
К этому времени Александр Сергеевич завоевал большой авторитет среди советских людей как пламенный пропагандист ленинских идей, прекрасный оратор, державший постоянно аудиторию во внимании.
Его выступления на пленумах МК и МГК, на партийных активах города, перед общественностью страны всегда производили большое впечатление. Он анализировал внутреннее и международное положение страны, убедительно раскрывал роль ленинской партии в строительстве социалистического общества и неизбежность торжества коммунистических идей.
А. С. Щербаков выступал на страницах журналов «Большевик» (членом редколлегии которого он был), «Московский большевик», «Партийное строительство» и в других органах печати. Его статьи помогали коммунистам ориентироваться в важнейших вопросах политики партии, воспитывали молодежь.
По-новому прозвучало выступление А. С. Щербакова на XVIII съезде ВКП(б). Он выдвинул задачу: добиться резкого перелома в производстве картофеля и овощей, повысить удельный вес подмосковных колхозов и совхозов в снабжении городского населения продовольствием, создать вокруг столицы самое продуктивное сельское хозяйство. Активно поддержал Александр Сергеевич инициативу одного из московских заводов: организовать подсобное хозяйство для снабжения рабочих столовых и детских садов овощами и молочными продуктами.
Восемнадцатый съезд Коммунистической партии избрал товарища А. С. Щербакова членом Центрального Комитета. На первом Пленуме он был избран членом Оргбюро ЦК ВКП(б), в феврале 1941 года — кандидатом в члены Политбюро, а через три месяца одновременно с другими обязанностями — секретарем Центрального Комитета Всесоюзной Коммунистической партии (большевиков). Ему поручается возглавить идеологический участок деятельности ЦК ВКП(б) в то сложное для страны и партии время.
22 июня 1941 года немецкие фашисты, имея в своем тылу почти всю поверженную Европу, вероломно напали на нашу Родину. В годы Отечественной войны с особой силой проявился талант А. С. Щербакова как великолепного организатора.
Под руководством МГК в считанные дни было сформировано и отправлено на фронт 12 ополченческих дивизий. На фронт ушло 400 тысяч квалифицированных рабочих и специалистов и чуть позднее еще 45 тысяч. К началу войны в Московской городской и областной партийных организациях было 330 тысяч коммунистов, в 1942 году их осталось 94,4 тысячи, количество первичных партийных организаций сократилось в два раза. На фронт ушел почти весь партийный актив. Надо было позаботиться о выдвижении и воспитании новых кадров секретарей горкомов, райкомов, первичных организаций, инструкторов партийных органов. И Московский городской и областной комитеты партии под руководством А. С. Щербакова успешно справлялись с этой задачей. В кратчайший срок были перестроены на военный лад промышленность, сельское хозяйство, транспорт.
Еще в июле 1941 года Московский комитет партии создал областной штаб по руководству подпольем и партизанским движением в Московской области. И когда враг вступил на ее территорию, против него развернули — активную борьбу 41 партизанский отряд, 317 специальных боевых групп. В ходе боев они уничтожили 17 тысяч гитлеровских солдат и офицеров, значительное количество боевой техники врага, снабжали военный совет Западного фронта ценной информацией о противнике.
Осенью 1941 года обстановка под Москвой крайне осложнилась. Городской комитет партии собрал 13 октября партийный актив. А. С. Щербаков в своем докладе говорил: «Враг… не останавливаясь ни перед какими трудностями, поставил себе целью до наступления зимы… какой угодно ценой добиться успехов… Нависла опасность над родной Москвой. Перед лицом этой опасности большевики московской организации обязаны сплотиться как никогда, встать стальной стеной, организовать и повести за собой трудящихся — превратить Москву в неприступную крепость… Как бы тяжело нам ни было… мы твердо знаем, мы твердо уверены — победим».