Выполнив всю необходимую работу, инспекция покидала город. Работники инспекции отсыпались и штопали потертые гимнастерки только во время переезда из одного города в другой. Почти не давали себе отдыха лишь комендант поезда балтийский матрос И. Приходько, отвечавший за его охрану, да председатель ВВП. Николай Ильич анализировал и обобщал ход военного строительства, писал статьи, составлял доклады В. И. Ленину, ЦК, ВЦИК, Совнаркому. Подвойский обрисовал в них все как есть, без прикрас, предлагал, настаивал, требовал принять те или другие меры.
В конце мая, когда ВВИ работала в районе Саратова — Сызрани, вспыхнул мятеж белочехов, к которому примкнула внутренняя контрреволюция. Н. И. Подвойский со всем составом ВВИ сразу же выехал в район мятежа. С разрешения Советского правительства Николай Ильич взял на себя функции командующего фронтом, штабом которого стал аппарат ВВИ. Около месяца, до конца июня, спешно формируемые красноармейские части под руководством Подвойского сдерживали врага в районе Челябинска — Златоуста — Уфы.
13 июня 1918 года В. И. Ленин подписал приказ об образовании РВС Восточного фронта, взявшего на себя управление войсками, ведущими борьбу против белочехов. Н. И. Подвойский с ВВИ был отозван в Москву, где V Всероссийский съезд Советов должен был рассмотреть принципиальные вопросы дальнейшего военного строительства.
Прибыв из Уфы в Москву, Н. И. Подвойский попал, как говорится, из огня да в полымя. Во время работы V Всероссийского съезда Советов, 6 июля, в столице вспыхнул мятеж левых эсеров, рассчитывавших одним ударом обезглавить Советскую власть. Им удалось арестовать Ф. Э. Дзержинского, захватить Центральный телеграф.
Общее руководство борьбой с мятежниками сразу же взяли в свои руки В. И. Ленин и Я. М. Свердлов. Организация военного подавления мятежа была поручена Н. И. Подвойскому. Действия Н. И. Подвойского и помогавшего ему командира латышской дивизии Н. И. Вацетиса были решительными и четкими. Ночью логово мятежников было окружено, а утром 7 июля взято штурмом.
Съезд продолжил работу. Он принял важные решения по строительству централизованной дисциплинированной армии. В них, по сути, была одобрена многогранная и многотрудная деятельность ВВИ и ее председателя. «Период случайных формирований, произвольных отрядов… должен быть оставлен позади», — говорилось в резолюции съезда о Красной Армии.
Сразу после съезда по заданию В. И. Ленина Н. И. Подвойский с пополненным аппаратом ВВИ выехал на Западный и Южный фронты, где вновь в полной мере проявился его организаторский талант и поразительная работоспособность. Летом на Южном фронте, под Поворином, когда создалась угроза прорыва белоказачьих частей к Волге, ему снова пришлось выполнять функции командующего, а аппарату ВВИ — функции боевого штаба.
Николай Ильич проявлял себя не только как умелый и энергичный организатор, но и как аналитик. Работа с ВВИ в самой гуще событий давала ему обширный материал, в результате анализа которого он внес в ЦК, СНК и Наркомвоен много ценных предложений по совершенствованию военной организации Советского государства. Так, он был одним из инициаторов создания единого органа руководства оперативной деятельностью войск — Реввоенсовета республики; создания службы тыла и снабжения Красной Армии; организации глубокой политической и военной разведки в тылу противника; объединения многочисленных воинских частей, находившихся в подчинении разных ведомств, в ведении Народного комиссариата по военным делам и т. д.
Но комиссарский характер, комиссарская душа Н. И. Подвойского ярче всего проявились в налаживании в Красной Армии партийно-политической, воспитательной работы. Для него, бойца ленинской гвардии, было характерно сочетание, слияние качеств организатора и страстного агитатора, воспитателя масс.
Успешное решение вопросов строительства Красной Армии, считал В. И. Ленин, возможно лишь при условии руководства вооруженными силами Коммунистической партией. В непосредственную работу по созданию армейского партполитаппарата Н. И. Подвойский включился в январе 1918 года, когда в составе Всероссийской коллегии по формированию Красной Армии был образован организационно-агитационный отдел. Его принято считать первым политическим органом в Советских Вооруженных Силах. В Высшей Военной Инспекции Николай Ильич сформировал политическую секцию, в которой трудились известные работники Коммунистической партии В. Ф. Горин-Галкин, С. С. Данилов и другие. Секция не только инспектировала, но и организовывала партийно-политическую работу в частях и среди местного населения. В Рязани, Орле, Брянске, Курске, Тамбове и других городах, где побывала ВВИ, по приказу Н. И. Подвойского были созданы солдатские клубы и библиотеки. Были введены обязательные ежедневные политические занятия с солдатами. Отрывая время от своего короткого отдыха, Николай Ильич разработал программу политзанятий и написал учебник, получивший одобрение ВЦИК.