Николай Ильич на всех этапах гражданской войны делал все возможное для активизации армейских партийных организаций. Крестьянство, особенно бывшие солдаты, писал Н. И. Подвойский, влившись в Красную Армию, принесли «болезни» старой армии, в том числе «ненависть к командному составу, к дисциплине, к планомерной учебе». Вести наиболее эффективную борьбу с этими «болезнями», по мнению Н. И. Подвойского, могли только партийные организации, особенно ротные ячейки.
Неоценимой заслугой ВВИ и ее председателя является то, что во время борьбы с белочехами на Северо-Урало-Сибирском фронте был создан первый в Советских Вооруженных Силах Политотдел. Политотделы и до сегодняшнего дня являются руководящими органами КПСС в Советских Вооруженных Силах.
Николай Ильич с первых дней Советской власти по поручению В. И. Ленина и ЦК вместе с руководителями партии занимался подбором и расстановкой политических комиссаров. Он внес значительный вклад в налаживание агитационно-пропагандистской работы в Красной Армии. При этом он неизменно руководствовался указаниями В. И. Ленина, который требовал не считаться ни с какими затратами для пропаганды и агитации. Н. И. Подвойский приравнивал пропаганду и агитацию к оружию. Особенно настойчиво он организовывал ее на фронте. «Что надо знать солдату… когда он направляется на поле битвы? — писал Николай Ильич. — Прежде всего ему необходимо знать, что делается во всем мире и, во-вторых, из-за чего происходит настоящая война, в-третьих, что будет в результате этой войны». Летом 1918 года, приехав на Южный фронт и ознакомившись с положением дел, он прежде всего запросил 400 агитаторов у ЦК и 300 коммунистов у петроградской партийной организации.
Н. И. Подвойский широко применял разнообразные формы работы: собрания, листовки, торжественно-траурные митинги при похоронах павших бойцов, посещение раненых в госпиталях и другие. Николай Ильич был чрезвычайно находчив в применении форм агитации. В 1919 году в Киеве под влиянием левых эсеров взбунтовался красноармейский полк, заявивший, что руководители Советской власти морят их голодом, а сами питаются, как буржуи. Николай Ильич тут же взял девятилетнего сына Льва и приехал в полк. Он поднялся на возвышение и молча встал перед взбудораженной толпой — высокий, до чрезвычайности худой, с изможденным лицом. Рядом поставил бледненького, худенького босоногого сына. Появление безоружного и без охраны наркома сразу ошарашило толпу.
— Вот я, нарком, — обратился к красноармейцам Н. И. Подвойский. — Вот мой сын. Разве похоже, что мы питаемся лучше вас?
Красноармейцы притихли. Николай Ильич произнес страстную речь, после которой красноармейцы сами скрутили провокаторов.
Документы свидетельствуют, что в годы гражданской войны не было ни одного крупного решения партии и правительства, с разъяснением которых не выступал бы Николай Ильич. «Нужна личная агитация», — считал он и выступал ежедневно, а если требовалось, и по несколько раз в день. Он мастерски владел словом как устным, так и печатным.
Н. И. Подвойский настойчиво, как призывала партия, добивался укрепления дисциплины в Красной Армии. Осенью 1918 года ЦК РКП(б) в циркулярном письме к членам партии писал: «Ни одно преступление против дисциплины… не должно оставаться безнаказанным». СНК требовал «предавать революционному суду всех дезорганизаторов, смутьянов и шкурников». Еще резче поставил вопрос В. И. Ленин. В «Письме к рабочим и крестьянам по поводу победы над Колчаком» он писал: «Кто не помогает всецело и беззаветно Красной Армии, не поддерживает изо всех сил порядка и дисциплины в ней, тот предатель и изменник, тот сторонник колчаковщины, того надо истреблять беспощадно».