Большевики призвали трудящиеся массы Азербайджана к защите от врага. Выполняя указания Советского правительства, С. Шаумян, М. Азизбеков, А. Джапаридзе, Д. Буниатзаде, Г. Султанов, И. Фиолетов возглавили революционную оборону советского Баку. Была объявлена мобилизация боеспособного населения. Выступая перед красноармейцами, М. Азизбеков говорил: «Товарищи, не забывайте, что только Советская Россия может оказать помощь бакинским рабочим. Вы сами знаете, что молодая Советская Республика находится в крайней опасности. Но она посылает азербайджанским трудящимся оружие, продукты, деньги. В июне из Царицына в Баку было послано 380 тонн зерна, а с Северного Кавказа — 260 тонн. Для помощи Баку на днях из Москвы прибудет отряд бронемашин, и с Украины посланы войска».
Пользовавшийся большой популярностью среди крестьян, Мешади-бек призывал их объединиться с рабочими и единым фронтом выступить на защиту Советской власти. Он часто ездил в поселки Маштаги, Хурдалан, в деревни, вооружал сочувствующих большевикам крестьян и создавал отряды, получившие название «дружины партии».
Газета «Правда» 28 июня 1918 года писала: «Рабоче-крестьянская Россия с горячей любовью, самыми наилучшими пожеланиями следит за борьбой бакинцев и для облегчения их победы предпримет все возможные меры. Товарищи бакинцы, будьте бесстрашны. Советская Россия с вами!»
И все же несмотря на это, к лету 1918 года положение Баку осложнилось. Враги с двух сторон подступили к городу. Пользуясь продовольственными трудностями, контрреволюционеры усилили свою враждебную деятельность. Ведя антисоветскую пропаганду, мусаватисты, эсеры, дашнаки стремились к тому, чтобы интервенты быстрее вошли в Баку. На расширенном заседании Бакинского Совета 16 июля 1918 года контрреволюционный блок попытался протолкнуть резолюцию о приглашении англичан, якобы для защиты города от наступавших турок. М. Азизбеков, С. Шаумян, А. Джапаридзе и другие большевики отвергли это предложение как противоречащее интересам революции.
26 июля 1918 года организация «Гуммет» во многих местах города, в том числе в поселках Балаханы, Бюльбюля, Биби-Эйбат, Бинагады, Шубаны, провела митинги. Выступая на этих митингах, Мешади Азизбеков, Буниат Сардаров и другие большевики призывали рабочих к стойкости. Перед рабочими Балаханы с докладом выступил М. Азизбеков. В резолюции, принятой по его докладу, говорилось: «Считая Бакинский район неотъемлемой частью Российской Федеративной Республики и принимая во внимание связанность нашей судьбы с судьбою российского пролетариата, мы, рабочие, отвергаем любое коалиционное правительство, желающее прервать нашу связь с Россией, и готовы защищать Бакинский Совет».
Но, несмотря на все меры большевиков, в результате давления германо-турецких и английских интервентов и предательской деятельности мусаватистов, эсеров, меньшевиков, дашнаков 31 июля 1918 года Бакинская коммуна пала, власть перешла в руки контрреволюционной «Диктатуры Центрокаспия» — организации, являющейся прямым агентом английского империализма.
Видные деятели Бакинского Совета Народных Комиссаров: С. Шаумян, М. Азизбеков, Я. Зевпн, Г. Корганов, И. Фиолетов и другие — до самой последней минуты оставались верными знамени большевистской партии, категорически отказывались от всякого рода соглашений с врагами революции. В те опасные дни М. Азизбекову, а также другим комиссарам товарищи по партии предложили покинуть город. На что Мешади-бек ответил: «Рабочие мне вручили власть, и я не могу покинуть свой пост». О том, как М. Азизбеков мужественно вел себя, свидетельствуют записи ветерана партии Г. Мусабекова:
«Я помню, после падения Советской власти в Баку некоторые товарищи собрались у Алеши Джапаридзе. Здесь были Гамид Султанов, Дадаш Буниатзаде, Баба Алиев и другие товарищи.
Это было на пятый день после падения Советской власти. Во взглядах товарища Джапаридзе прочитал немой вопрос: «Как быть? Что делать?» И ответил:
— Я не могу уйти, оставить город. Вы уходите. Настанет время, вы все будете нужны.
Когда Азизбеков услышал эти слова, он ответил гневно, со слезами на глазах:
— Я преданный солдат революции! Я должен остаться здесь!»
Но все же положение было таково, что комиссарам пришлось оставить Баку. Вместе с женами и детьми они погрузились на пароход «Иван Колесников» и двинулись в Астрахань. Только успели дойти до острова Жилого, как военные корабли «Диктатуры Центрокаспия» настигли их и открыли огонь. Снаряды, попав в машинное отделение, пробили подводную часть парохода. Теперь он уже не мог дойти до Астрахани и потому вынужден был повернуть обратно. И как только пароход пришвартовался в Баку, «Диктатура Центрокаспия» арестовала 35 советских работников, в том числе М. Азизбекова, А. Джапаридзе, И. Фиолетова, Г. Корганова, И. Малыгина, М. Везирова и других руководителей Бакинского Совета Народных Комиссаров. Заключенных разместили в тюрьмах на Баилове и на Шемахинке.