Много раз потом встречались Бубнов и Кубяк на партийных съездах и конференциях, совместно выполняли ответственные и сложные поручения.
После съезда А. С. Бубнов много ездит по иваново-вознесенскому промышленному району: разъясняет принятые решения, занимается организацией всеобщей стачки пролетариата, укреплением партийных организаций Кохмы, Шуи, Родников, Тейкова. Осенью 1907 года подвергается очередному аресту.
После выхода из Владимирской тюрьмы переводится на нелегальную работу в Москву, где избирается членом Московского комитета партии. Ведет партийную работу в Рогожском и Сокольническом районах, одновременно являясь агентом ЦК РСДРП по Центральной промышленной области.
В годы реакции и в период нового революционного подъема А. С. Бубнов вместе с другими большевиками-ленинцами ведет борьбу против ликвидаторов и отзовистов, за восстановление разгромленных охранкой нелегальных партийных организаций и их укрепление, за максимальное использование легальных форм революционной работы. Он способствует налаживанию связи партийных комитетов России с заграничным ленинским Большевистским центром, участвует в подготовке материалов для социал-демократической фракции Государственной думы, деятельно сотрудничает в «Правде», является редактором газеты «Поволжская быль» в Самаре. В 1908 году А. С. Бубнова избирают делегатом на V Общероссийскую партийную конференцию, а на VI (Пражской) конференции РСДРП выдвигают кандидатом для кооптации в состав Центрального Комитета партии на случай ареста кого-либо из членов ЦК.
С началом первой мировой войны Андрей Сергеевич активно разоблачает ее хищнический империалистический характер, клеймит предательскую позицию меньшевиков-оборонцев и эсеров.
Все эти годы царская охранка старается пресечь революционную деятельность А. С. Бубнова. Иногда ей это удавалось. Так, арест в 1908 году не позволил Андрею Сергеевичу выехать в Париж для участия в работе V Общероссийской партийной конференции. Потом был арест в 1910 году, опять годичное тюремное заключение, двухлетняя ссылка в Нижний Новгород, арест в Иваново-Вознесенске во время похорон матери, тюрьма, ссылки в Харьков, Полтаву, Самару… Но каждый раз, едва выйдя на свободу, А. С. Бубнов снова включался в активную революционную деятельность. Впрочем, он не прекращал ее и в тюрьме, и на этапе, и, уж конечно, в ссылке.
…1917 год он встречал в тюрьме. Позади тринадцать арестов. А что впереди? Что его ждет? Ну, на ближайшее будущее ясно — этап и четыре года ссылки в Туруханский край. Самое неприятное, конечно, — этап. Основную его часть они проделывают пешком, под усиленным конвоем, в кандалах. Не повезло им с Валерианом Куйбышевым: сговаривались бежать, да выдал провокатор, оказавшийся в камере. Теперь поведут в кандалах, сковав по двое.
25 февраля ссыльные добрались до Красноярска. После кратковременного «отдыха» в местной тюрьме заснеженным Енисейским трактом погнали дальше. Весть о свержении царя настигла их 6 марта в селе Бобровка. Всеобщее возбуждение, крики, смех, слезы. Некоторые не верили:
— Не может быть, чтоб так сразу!
Другие не ведали никаких сомнений:
— Да здравствует всеобщая свобода!
Несмотря на окрики конвоя, начали митинг. Недостатка в выступавших не было. Бубнов говорил минуты три. Его горячая, взволнованная речь усилила и без того непреодолимое стремление каждого к действию. Решили немедленно возвращаться в Красноярск. Но начальник конвоя рассудил по-своему:
Республика республикой, а служба службой! Потому господам ссыльным надлежит следовать, как предписано, а там ждать распоряжений.
Освободились через двое суток в селе Казачинском. Здесь их встретила колонна демонстрантов с красными флагами и транспарантами. «Мы свободны, — писал об этом позднее В. В. Куйбышев. — Публика узнала, что среди нас есть Бубнов и Куйбышев, и собрала большой крестьянский митинг. Было тысячи три народу. Мы с Бубновым выступали, причем, что особенно поразило ссыльных, мы выступали против войны. До этого никто там не решался об этом говорить». Уже через несколько дней они произносили антивоенные речи на митинге в Красноярске.
17 марта прибыли в Самару. Отсюда Андрея Сергеевича вскоре отозвали в Москву. С первых же дней пребывания в Москве А. С. Бубнов включается в пропаганду и разъяснение знаменитых ленинских Апрельских тезисов. Он становится членом Московского областного бюро ЦК РСДРП(б) — партийного центра, объединявшего большевистские организации 13 губерний Центрального промышленного района. Часто выступает на фабриках, заводах, в воинских частях.