Капитулянтскую позицию по отношению к ультиматуму Викжеля заняли Каменев и его сторонники. В. И. Ленину и большинству членов Центрального Комитета партии — Бубнову, Дзержинскому, Свердлову, Сталину, Урицкому пришлось вести с ними ожесточенную борьбу. Первый бой капитулянтам был дан 29 октября на заседании Центрального Комитета. В. И. Ленин, поглощенный организацией обороны Петрограда, на заседании не присутствовал. ЦК отверг предложения о вхождении в Совнарком меньшевиков, правых эсеров и других контрреволюционных партий. Вместе с Берзиньш, Дзержинским, Иоффе, Коллонтай, Свердловым, Урицким Бубнов голосовал за линию ленинского ЦК.
Чтобы выбить почву из-под ног Викжеля и стоявших за ним партий эсеров и меньшевиков, а также остановить продвижение войск Краснова к Питеру, нужно было немедленно установить на железных дорогах власть советской администрации.
Утром 29 октября Андрей Сергеевич получил тревожную весть: Краснов занял Балтийский, Финляндский и Варшавский вокзалы. Однако, побывав на всех вокзалах, Бубнов установил, что слухи ложные. В Смольный он сообщил: «Сведения провокационные, но положение на вокзалах сложное. Служащие в основном настроены антисоветски, портят железнодорожные стрелки, не подчиняются советским комиссарам, ждут подхода Краснова».
Нужны были безотлагательные и решительные меры. На Балтийском и Финляндском вокзалах Андрей Сергеевич установил красногвардейскую охрану, отстранил саботажников-телеграфистов и назначил вместо них специалистов-солдат, заявив, что арестует любого, кто будет бойкотировать распоряжения новой власти. На Варшавском, где обстановка была спокойней, он избрал иную тактику. Собрав служащих, рассказал им о политике Советского правительства, об опасности со стороны Краснова и контрреволюционности лидеров Викжеля. Железнодорожники согласились сотрудничать с Советской властью и отказались от намерения начать забастовку. За попытки склонить железнодорожников к саботажу и забастовке А. С. Бубнов взял под стражу членов исполкома Викжеля Николаевской дороги, наложил домашний арест на бывшего товарища (заместителя) министра путей сообщения Тахтамышева. К 3 ноября все вокзалы столицы были в подчинении Советской власти. Это позволило своевременно отправить воинские эшелоны на отпор Краснову, на помощь революционной Москве, освободить вокзалы от лишних грузов и сомнительных элементов…
В середине ноября А, С. Бубнова по предложению В. И. Ленина направляют на Украину для оказания помощи украинским коммунистам в становлении и укреплении власти трудящихся. Перед отъездом состоялась беседа с Владимиром Ильичем. Украина, по словам В. И. Ленина, была тогда в числе наименее большевистских районов.
Несколько дней А. С. Бубнов работал в Харькове. Потом ЦК РСДРП(б) срочно посылает его на Дон. Положение там оказалось еще сложнее, чем на Украине. В Новочеркасске — ставке атамана Каледина — готовился «крестовый поход» на Москву и Петроград. Вокруг Каледина, как указывал В. И. Ленин, группировались собравшиеся со всех концов России контрреволюционные элементы из помещиков и буржуазии.
ЦК РСДРП(б) и Советское правительство разработали план разгрома Каледина. Прежде всего требовалось отстоять Ростов, чтобы не позволить противнику отрезать Центральную Россию от сырьевых ресурсов Юга. В Ростове А. С. Бубнов сразу же включился в руководство боевыми действиями наших войск. 28 ноября он телеграфировал В. И. Ленину: «Нападение юнкеров на Совет, организованное гетманом Потоцким, в ночь на 26-е явилось началом революционной борьбы в Ростове… В настоящее время идет борьба за станцию Ростов, где засели юнкера… Казаки в массе держатся нейтрально, заявляя, что с солдатами и рабочими драться не будут… Настроение наших частей твердое, бодрое. Бубнов».
Ожесточенные бои красногвардейских отрядов с войсками Каледина продолжались семь дней. Ростовский железнодорожный узел неоднократно переходил из рук в руки. Но революционным силам удалось отбить лишь первый натиск контрреволюции.