Предполагалось, что в конкурсе будут участвовать только предприятия, подчиненные Роскосмосу - "Энергия" и Центр им. Хруничева; однако НПО "Молния" получило согласие от Федерального агентства по промышленности и тем самым смогло добиться своего участия в конкурсе, так что тот стал межведомственным, и это всем спутало карты. Возникли трения между руководством РКК "Энергия" и Роскосмосом, наметилось сближение руководства Роскосмоса с руководством ГКНПЦ им. Хруничева в итоге Роскосмос информационным письмом поменял на ходу условия конкурса, а затем и вовсе объявил его несостоявшимся. Всем участникам конкурса было заявлено, что их проекты технически нереализуемы. И экономически - тоже.
"Клипер" должен был представлять собой частично-многоразовый корабль, по форме и характеристикам же - нечто среднее между американскими шаттлами и "Союзами". Такая конфигурация, получившая название "несущий корпус", была придумана ведущим специалистом по аэродинамике РКК "Энергия" А.Г. Решетиным. Предполагалось создание аппарата, который можно будет запускать в космос многократно, без необходимости строить весь корабль целиком для каждого полёта, обладающий гиперзвуковым аэродинамическим качеством, равным единице, что позволило бы совершать боковой манёвр на этапе посадке и, в конечном счёте, снизить размеры района посадки до 5х5 км. (Аэродинамическим качеством называется отношение подъёмной силы к аэродинамическому сопротивлению летательного аппарата; в данном случае речь идёт об этих характеристиках при гиперзвуковой скорости. У спускаемой капсулы "Союза" гиперзвуковое аэродинамическое качество составляет около 0,3, у "Бурана" - 1,3).
В 1994 года была подана патентная заявка на возвращаемую маневрирующую капсулу, обладающую биконическим (веретенообразным) несущим теплоизолированным корпусом с затуплённой носовой частью. Нижняя часть, обращённая к воздушному потоку при посадке, должна была закрываться донным экраном и снабжаться кормовым щитком. Щиток, состоящий из двух независимых секций, позволял бы управлять аппаратом при спуске в атмосфере по каналам тангажа и крена. Приземлять аппарат предполагалось на "брюхо" - с использованием парашюта.
Впоследствии, впрочем, варианты внешнего облика будущего корабля многократно пересматривались, от прежнего варианта осталось немного; спускаемая капсула будущего корабля приобрела очертания, более напоминающие носовую часть "Бурана". Именно в таком виде и проводились уже испытания в аэродинамической трубе ЦНИИмаш в 2003 году.
Разработчики проекта пришли в итоге к концепции частично многоразового корабля, состоявшего из многоразовой части и одноразового служебно-агрегатного отсека, сбрасываемого после отработки тормозного импульса для схода с орбиты. "Союз" сбрасывает перед тормозным импульсом бытовой, а перед входом в атмосферу - и служебно-агрегатный отсек.
Стартовая масса корабля "Клипер" должна была составлять 13-14,5 тонн, масса возвращаемой части (а возвращалось опять-таки не всё) - 7,1-9,8 тонн. В отличие от "Союза", способного уволочь на орбиту не более 200 кг полезного груза, "Клипер" мог бы увозить 700 кг, а возвращать 500 кг - во многом благодаря собственным габаритам. Вдобавок, в отличие от трёхместного "Союза", "Клипер" мог бы увозить на орбиту и возвращать до шести человек.
Хотя изначально предполагалось, что это будет просто капсула, в 2003-2004 году был предложен и крылатый вариант, так что "Клипер" окончательно стал напоминать внешней "Буран", но только в сильно укороченном виде. Естественно, от варианта с парашютной посадкой решили отказаться: "крылатая" форма позволяла бы даже осуществлять манёвры при прохождении через плотные слои атмосферы (хотя, учитывая маленькие размеры крыльев, неспециалистам в это поверить непросто).
До 2003 года все разработки этого проекта в РКК "Энергия" велись в "инициативном" порядке, по принципу "нам не всё равно". В 2003-2004 году, однако, появились некоторые надежды. Интерес к "Клиперу" проявило Европейское космическое агентство. Дошло до того даже, что в мае 2005 года ЕКА объявило, что готово вложиться крупными средствами в приведение "Клипера" в лётный вид. Речь шла о 100 млн фунтов стерлингов в год в течение ближайшего десятилетия - как на разработки, так и непосредственно на производство. В итоге, как ни печально, в том же 2005 году Европа от поддержки проекта всё же отказалась. Не получал "Клипер" нужного финансирования и дома: для РКК "Энергия" этот проект никогда не был приоритетным, государственная поддержка проекта Роскосмосу казалась также недостаточной.