По настоянию отца В. О. Ковалевский поступил не в университет, о котором мечтал, а в училище правоведения. Однако он вскоре оставил открывшуюся перед ним блестящую карьеру чиновника в сенате, занялся самостоятельной научной работой и за несколько лет из робкого ученика превратился в зрелого исследователя. Чарлз Дарвин, близко знавший В. О. Ковалевского (в посвящении он назвал Ч. Дарвина «лучшим учителем и самым добрым другом»), пророчил ему большое будущее. Первые научные труды В. О. Ковалевского явились триумфом новой эволюционной палеонтологии и в корне изменили существовавшие тогда представления ученых. В чем же секрет долгой жизни работ Ковалевского? Дело в том, что он впервые разработал подлинно научную методику — ископаемое животное рассматривал не как набор отдельных костей, а как живой организм, где изменения различных костей взаимообусловлены и связаны с эволюцией окружающей среды, Только в наши дни современная биология, применяя теорию систем, дает научное обоснование необходимости и плодотворности такого подхода. Сами виды животных рассматривались не изолированно, а в связи друг с другом, когда выделялась предковая форма и ряд ей родственных. Они располагались цепочкой, постепенно подводя исследователя к современным видам лошадей.
Лучше всего об этом писал сам В. Ковалевский: «Исходя от трехпалых палеотериев, рядом постепенных перемен мы доходим до однопалой лошади, от форм, опирающихся на землю тремя почти плотными, насквозь костяными цилиндрами, мы переходим к формам, у которых... эти три тонкие плотные цилиндра заменяются одной полою внутри трубкою, то есть самым выгодным приспособлением, сочетавшим легкость и дешевизну питания с большою крепостью» [91, II]. В связи с изменением характера пищи (от листьев к траве) происходит изменение зубного аппарата от низкокоронкового к высококоронковому. В процессе эволюции меняются и сами животные — от небольших, ростом с некрупную собаку, до современных лошадей. Причем своеобразие эволюции заключается в том, что увеличение размеров должно происходить при сохранении той же резвости, поскольку последняя — специфическая черта лошадей, основа сохранения этого семейства в борьбе за существование с другими видами. В. О. Ковалевский в письме брату, знаменитому эмбриологу академику А. Ковалевскому, сообщал: «Когда трехпалые анхитерии пошли на большие сухие луга древнего миоцена, то нужны были ноги только для опоры на сухой, твердой, невязкой почве: пошло развитие лошади и преобладание одного пальца и приспособление... озубления к травоядению» [91, I, 351]. Конечно, со времени написания ставших теперь классическими работ В. О. Ковалевского получено много новых данных, и мы можем внести ряд фактических поправок. Однако для современного читателя останется непревзойдённой ярко нарисованная ученым картина эволюции лошадей, когда впервые на страницах научного исследования мы видим не скучное, подробное описание костей, бугорков и сочленений, а историю живых быстроногих лошадей, облик которых вставал перед нашим взглядом на основании реконструкции разрозненных костей скелета, найденных В. О. Ковалевским в различных провинциальных музеях многочисленных городов Европы.
В настоящее время большинство исследователей считают, что развитие лошадей происходило на территории Америки. Каждый новый вид, возникнув там, мигрировал в Азию и Европу в те периоды, когда Азия и Америка были связаны перешейком. К сожалению, в своем распоряжении В. О. Ковалевский имел не основные звенья цепи, а побочные, но, несмотря на это, правильно определил последовательность эволюции предков лошадей.
История лошади начинается шестьдесят миллионов лет назад с маленького, похожего на небольшую собаку эохиппуса или хиракотерия (Eohippus, Hyracotheriит) с гибким, аркообразно изогнутым позвоночником и длинным хвостом. Этот зверек опирался на всю ступню, а не на концы пальцев, которых было по четыре на передних и по три на задних лапах. Зубы у него были приспособлены для щипания и перетирания листьев и молодых побегов. Анхитерии (Anchiterium) — это небольшие трехпалые лошади, достигавшие размеров пони. Родом они из Америки, оттуда мигрировали в Евразию.
В миоцене (около двадцати пяти миллионов лет назад) предки лошадей стали на новый путь развития — они приспособились к жизни на открытых пространствах и к питанию травой. В среднем по размерам они приближались к пони, череп у них стал уже как у лошади, зубы близки к современным. Наибольшие изменения произошли в строении конечностей именно в это время. Лапа заменяется ногой с опорой на копыто, приспособленной к прыжкам и быстрым передвижениям.