Гетьмана Полуботка було викликано до Петербургу і замкнено до Петро-Павловської в'язниці, де він помер 27 грудня 1724 р. В Петро-Павловській в'язниці померли також Дмитро Володковський та полковник Карпенко. Перед своїм ув'язненням Полуботок сказав російському цареві: «Заступаючись за отчизну, я не боюся ні кайданів, ні тюрми, і для мене ліпше найгіршою смертю вмерти, як дивитись на загальну загибель моїх земляків».[6] Разом з Полуботком заарештовано і ув'язнено в Петро-Павловський фортеці таких українських старшин: Савича, Чернаша, Данила Апостола, генерального бунчужного Лизогуба, генерального осавула Жураковського та інших.
Вельямінов розперезувазся щодалі, то гірше. До Стародубського полка полковником призначив майора-москаля Кокошкіна, в Чернігівський — Богданова, а все московське військо в Україні утримувалось коштом українців вже другий десяток років. На утримання війська 1722 р. стягнено з українського народу 45 000 карбованців та 17 000 мір (3 400 тонн) муки, а 1724 р. вже 140 000 карбованців та 8 000 тонн муки. 1723 року Москва заслала на примусові роботи з України до Каспійського моря 10 000 козаків, де будовано кріпость св. Хреста на річці Судак, а 1724 року заслано ще додатково 18 000 козаків.
Цариця Росії, курляндська герцоґиня (німка з походження) Анна, повела супроти України ще гіршу політику, доручивши наказом правити нею князеві Шаховському і провадити ту свою політику «секретно». Першою жертвою Шаховського став київський митрополит Ванатович, якого не тільки самовільно позбавив духовного стану, але ще й заслав до Архангельської губернії за те, що він не відправив молебень в «царський день». Українських старшин обшукували, забирали в них різні листи та реквірували майно.
В Москві в ті часи вся урядова влада перейшла до рук курляндського камергера фон Бірона. Смертні кари та заслання, що їх запровадив фон Бірон, не минали ані знатних, ані пересічних людей, а доноси, наклепи, аґентури (таємне співробітництво) набрали навіть спеціяльного вислову: «слово і дєло государєво». Досить було донощикові лише сказати царському урядовцеві або жандармові «слово і дєло государєво» та вказати на винну чи невинну людину, то зразу ж її негайно схоплювали, замикали до в'язниці, а потім допитували на слідстві за допомогою тортурів. Біроновці схопили і покарали на смерть князів Долгоруких, Голіциних та Юсупових, хоч вони, як стверджує російська історія, «нічого злого не замишляли проти Росії та її уряду». 1740 року страчено на смерть кабінет-міністра А. Волинського за те, що він просив царицю не потурати фон Бірону та його біроновщині. Бешкетування та розперезаність російської цариці Анни набрало такого розмаху, що напр., вона наказала влаштувати навіть придворне весілля блазнів, для чого на р. Неві збудували спеціяльно крижаний двірець. З України для тієї цілі привезли молодих дівчат, яких поставили нагих довкола двора, обливали зимною водою, щоб вони замерзали і в такий спосіб «живими» фігурами «прикрасили» крижаний двірець.
Пізніші згадки українців говорять про дуже тяжке життя в Україні за біроновщини, і українці дуже зраділи, коли 1740 року, на місце московських правителів, призначено англійського генерала Кейта. «Цей суворий вояк лишив по собі добру пам'ять в Україні, — згадували українці Кейта, — бо він неохоче застосовував тортури і різні муки під час слідства, був обережний у визначенні кари, поводився з людьми привітно і ласкаво. І це все було вдивовижу».
Московський міністер, переїхавши всю Україну, писав до Бірона: «До самого в'їзду мого в Україну, не думав я, що така вона порожня і таке множество тутешнього народу пропало, а й тепер стільки вигнано на війну, що не зосталося й стільки хліборобів, щоб їм самим для себе збіжжя посіяти. І хоч те вважають за їх упертість, що багато поля лишилося без засіву, але як по совісті розсудити, то й робити немає кому і немає чим, бо весь робочий скот з України забрано на війну».
Коли ж на російський престіл «сіла» цариця Катерина II (1762 р.), то вона започаткувала загальну централізацію держави і тому вирішила цілком скасувати автономію України. В інструкції для сенату Катерина II писала: «Малоросія, Ліфляндія та Фінляндія — це провінції, що правляться дарованими привілеями; порушити ці привілеї відразу було б незручно; але не можна вважати ці провінції за чужі і поводитися з ними, як з чужими землями, це був би явний нерозум. Ці провінції, так само, як і Смоленщину, треба легким способом призвести до того, щоб вони зрусифікувались і перестали дивитись, як вовки в ліс». Правління над Україною Катерина віддала Малоросійській Колегії під проводом генерал-губернатора Рум'янцева. В інструкції наказала йому усувати всякі окремішності українського устрою, протидіяти автономним стремлінням старшини, а пересічне населення приєднувати до Росії, кращою підступною організацією адміністрації та судівництва. 1767 року, коли Катерина II задумала перевести вибори до т. зв. Комісії укладення законів, козаки, старшина, міщанство і духовенство у своїх наказах домагались відновлення давніх прав України та гетьманського устрою. Одначе російська централістична політика продовжувалась в Україні й надалі. Рум'янцев започаткував свої реформи від статистичного опису та перепису населення, що став основою нової системи оподаткування грішми, — спочатку від двору, пізніше від душі. Указом Катерини з 1783 року в Україні заведено для селянства загальне кріпацтво, одночасно скасовано автономні установи, а 1784 року Україну поділено на 3 губернії з загально-російською адміністрацією.
Участь у війні проти Москви дала причину ще цареві Петрові І започаткувати руйнування Запорізької Січі. Частина запорізьких козаків змушена була податись на еміґрацію до татарських земель, а частина залишилась і стала виконувати обов'язки сторожового війська та розвинула своє степове господарство. Однак, не зважаючи на льояльність запорожців, російський уряд ставився до них недовірливо і рішив відібрати у них рештки давніх вольностей. За наказом Катерини II 1775 р… моск. війська зруйнували Запорізьку Січ, а козаків запроторили для будування каналів від р. Неви (через Ладозьке, Онезьке та Біле озера), до річки Шексни, щоб сполучити Балтійське море з річкою Волгою, а тим самим із Каспійським морем. Частина козаків подалася, після зруйнування Січі, на еміґрацію до Туреччини, а інші осіли в Банаті під австрійською владою. Гетьмана Січі Кальнишевського вивезли до Соловецького манастиря, де він 1803 року на засланні і помер; інших старшин заслали до Тобольська, тисячі десятин запорізьких земель роздали московським поміщикам. 200.000 вільного українського населення, за указом цариці, стали російськими кріпаками, а на Україну привезено для колонізації численну кількість чужинців: сербів, болгарів, німців. Про працю на Ладозькому каналі український полковник Черняк писав таке: «При Ладозі у канальної роботи многоє число козаків хорих і померших знаходиться і щораз, то більше умножається тяжкі хороби; найбільше вкорінилася гарячка і опух ніг, і мруть з того. Одначе приставні офіцери, не вважаючи на таку нужду бідних козаків, за повелінням господина бригадира Леонтьева, без жодного бачення, немилостиво б'ють при роботі палками, хоч і так вони її не тільки в день і в ночі, а навіть і в дні недільні і празничні одправляють — без спочинку до неї приганяють. Боюся я отже, щоб козаків тут не погубити, як торік — що їх хіба третя частина в минулому році до дому вернулась. Тому попереджаю сенат сим покірнішим моїм писаннєм, рабськи прошу: благоволіть не допустити моєї команди погинути до кінця при канальній роботі і аби не була переведена на інші місця для зачинання іншої роботи. Сам Бог видить, нема ким її робити, бо всі козаки в силі своїй дуже ослабіли і ледви живі».