Партийные и советские органы совместно с командованием и Реввоенсоветом Туркестанского фронта принимали дополнительные меры по организации отпора басмачеству. В августе 1919 г. был образован Реввоенсовет Ферганского фронта (председатель — большевик Д. И. Спасибов), который за короткий срок осуществил ряд важных мероприятий. Прежде всего разрозненные мелкие отряды он свел в один ударный кулак, сформировав два полка (кавалерийский и пехотный) и артиллерийскую батарею.
Однако Реввоенсовет Ферганского фронта не располагал временем для создания крупных соединений. В городе Оше, по которому противник намечал нанести первый концентрированный удар, находился гарнизон в 300 штыков и небольшой Памирский пограничный отряд.
Располагая огромным превосходством, банды окружили город и предъявили его защитникам ультиматум. Отклонив ультиматум, гарнизон в непрерывных боях двое суток сдерживал басмачей. Вместе с бойцами Красной Армии город защищали и жители. На третьи сутки начальник гарнизона Ситняковский и бывший офицер царской армии Плотников сдали город. Однако начальник политотдела гарнизона Н. Чеботарев отказался капитулировать. С группой красноармейцев он пошел на прорыв. Кольцо окружения было прорвано, и группа Чеботарева пробилась в город Андижан.
Падение Ошской крепости вдохновило басмаческих курбаши. Через несколько дней басмачам удалось взять Джалал-Абад. Падение Оша и Джалал-Абада значитсльпо усложнило обстановку в Ферганской долине. Басмачи развернули наступательные действия на Андижан. Их силы в четыре раза превосходили андижанский красноармейский гарнизон. 17 сентября 1919 г. басмачи начали штурм города. Они довольно быстро захватили старую часть Андижана. Однако гарнизон продолжал стойко держаться. Обороной города руководила партийная организация во главе с председателем Андижанского уездно-городского комитета партии, бывшим рабочим Наманганского механического завода Георгием Михайловичем Бильдиным. Вместе с красноармейцами храбро дрались отряди, сформированные из горожан. На самых трудных участках находились бойцы коммунистической дружины. Горожане, не имевшие оружия, выносили раненых, доставляли боеприпасы и продовольствие. В одной из схваток пал смертью героя Г. М. Бильдин.
Шесть суток гарнизон Андижана и жители города сдерживали натиск противника. Их мужество и стойкость были вознаграждены. 22 сентября басмаческие дозоры за Андижаном заметались в панике. По дороге, ведущей в город, форсированным маршем двигались красноармейские части. На помощь осажденному Андижану подошли Казанский полк под командованием А. П. Соколова, отряд М. В. Сафонова и Интернациональный отряд чешского коммуниста Эрнста Францевича Кужелло. Прибывшее подкрепление с хода атаковало басмачей. Разгоревшийся с новой силой бой не затихал двое суток. На третьи сутки сопротивление басмачей было сломлено. Их поредевшие банды беспорядочно отходили от Андижана. Части Красной Армии и добровольческие отряды организовали преследование отступающего противника. В одном из боев 24 сентября погиб председатель РВС Ферганского фронта Дмитрий Ильич Спасибов. 26 сентября басмачи оставили Ош, а 30 сентября — Джалал-Абад. Мадамин-бек и Монстров с остатками банд укрылись в горах Гульчинского уезда.
Организаторы басмаческой контрреволюции приняли срочные меры, направленные на то, чтобы поддержать антисоветские силы. В октябре 1919 г. из Кашгара на советскую территорию прибыл англо-американский ставленник, бывший царский консул в Китае Успенский. 22 октября в пограничном местечке Иркештам состоялось совещание басмаческих курбаши и белогвардейцев, которое в целях объединения контрреволюционных сил образовало Временное правительство Ферганы. В этой инсценировке ведущая роль отводилась Мадамин-беку. Он назначался главой правительства. Главнокомандующим стал белогвардеец Монстров, а его заместителем — активный участник антисоветской борьбы Муханов.
Английская разведка оказывала всемерную поддержку марионеточному «ферганскому правительству». Через полковника Эссертона из Кашгара в Фергану направляли оружие и боеприпасы. К советской границе подтягивались китайские и афганские войска.
Объединившись, басмачи вновь начали нападать на города Ош, Джалал-Абад, прилегающие к ним кишлаки и русские поселения, грабить и терроризировать дехкан. В конце ноября 1919 г. около 5 тыс. басмачей окружили отряд Казанского полка, насчитывавший всего лишь 122 красноармейца. В ожесточенном бою часть бойцов погибла, а над оставшимися в живых басмачи учинили зверскую расправу. Изуродованные трупы они бросили в реку Карадарья.