Но сопротивление бандам возрастало. Так, рабочие нефтепромысла Чимион совместно с гарнизоном красноармейцев отразили нападение басмачей. 22 ноября 1919 г. объединенные силы Мадамин-бека и Хал-ходжи численностью в 1400 человек двинулись на город Джалал-Абад и прилегающие к нему русские поселки. Первый удар басмачей приняли местные жители. Отбив его, они вместе с подоспевшим небольшим отрядом красноармейцев перешли в контратаку. 80 басмачей остались на поле боя.
Однако, как уже отмечалось, силы Красной Армии в Фергане в это время были незначительны. Лишь после разгрома белогвардейских частей Колчака и прорыва блокады создались условия для реальной поддержки трудящихся Средней Азии в борьбе с басмачеством. Реввоенсовет Ферганской области, Коммунистическая партия, правительство и Реввоенсовет Туркестана приступили к разработке и осуществлению мер по ликвидации басмачества в Ферганской долине.
Обстоятельно была изучена обстановка, сложившаяся в Фергане. 28 ноября 1919 г. она рассматривалась на объединенном заседании Туркестанской комиссии и Краевого Комитета Коммунистической партии Туркестана.
Для борьбы с басмачеством намечалась целая система экономических, политических и военных мер. Важное место отводилось политической работе среди населения: разъяснению сущности и реакционных замыслов басмачества, целей и задач Советской власти.
Большое внимание было обращено на исправление ошибок, допущенных местными властями, не всегда учитывавшими особенности хозяйственного уклада и быта народов Средней Азии. Партийные органы усилили контроль за строгим соблюдением ленинских принципов национальной политики, ориентировали местные власти па уважительное отношение к религиозным чувствам населения и т. д.
Активная работа развернулась среди молодежи. Быстро росла численность комсомола. К январю 1920 г. в рядах комсомола состояло 6 тыс. человек, преимущественно юношей. Важно отметить то обстоятельство, что 25 % комсомольцев составляла молодежь коренных национальностей.
Поскольку главари басмачества действовали в основном в сельской местности, был взят курс на создание прочной опоры в среде дехканства. Для защиты населенных пунктов организовывались вооруженные отряды из коммунистов и комсомольцев, бедняков и батраков.
Изменилась тактика военной борьбы с басмачеством. Советские войска, переходя от обороны к наступлению, должны были не ограничиваться нанесением одного удара, а продолжать преследование противника, перекрывать пути его отхода, добиваясь полного разгрома врага. С этой целью в Ферганской долине сосредоточивались более крупные воинские силы. К началу 1920 г. в Фергане находилась 2-я стрелковая дивизия численностью 12 340 человек при 52 пулеметах. Готовясь к активным действиям против басмачей, партийные и советские органы провели большую работу по формированию национальных частей Красной Армии. В результате на Ферганском направлении находилось три национальных кавалерийских полка и несколько других формирований общей численностью 4,5 тыс. человек. В составе Красной Армии на Ферганском фронте участвовала в борьбе с басмачеством и Интернациональная бригада, сформированная из военнопленных на добровольной основе. Бригадой командовал Э. Ф. Кужелло. Она наносила удары по басмачам в районах Коканда, Намангана, Андижана, Оша.
Было решено не распылять силы на всем широком фронте, а сосредоточить войска для нанесения ударов по основным опорным базам басмачей.
Боевые действия против басмачества возглавил М. В. Фрунзе. Для непосредственной организации борьбы с бандами в феврале 1920 г. в Фергану прибыл В. В. Куйбышев.
В течение первых месяцев 1920 г. (с января по март) было успешно проведено несколько операций, завершившихся разгромом ряда крупных банд.
В начале января 1920 г. главные силы Красной Армии и добровольческие отряды были сосредоточены на ликвидации банды Иргаша, которая укрепилась в своей базовой крепости Бачкир в 38 км от Коканда. Но древние стены не спасли басмачей. Части Красной Армии и отряды добровольцев штурмом овладели крепостью.
Одновременно был нанесен удар по шайкам Курширмата, которые разбойничали на гульчинско-иркиштамском направлении. Курширмат понес большие потери, но с остатками банды сумел уйти в высокогорную Алайскую долину, имевшую выходы к границе.
Разгром банд Иргаша и Курширмата внес в ряды басмачей Ферганской долины замешательство. Некоторые банды, зажатые наступающими частями Красной Армии и добровольческими отрядами, предпочитали плен полному разгрому. Вместе с главарями сдались банды Хамдама — 500 басмачей, Махкам-ходжи — 450 басмачей, Акбарали — 600 басмачей.