В бандах, продолжавших сопротивление, началось разложение. Многие обманутые дехкане не хотели убивать своих собратьев. Они покидали шайки и сдавались советским властям. Только за 12 дней, с 20 января по 2 февраля 1920 г., с повинной пришло более 900 человек, многие из них вступили в добровольческие отряды. Мадамин-бек, пытаясь поправить положение, снова перешел к активным действиям, но был разбит татарской бригадой под командованием Ю. И. Ибрагимова. Потеряв 200 всадников, он бежал за Сырдарью.
Главарь ферганского басмачества начал переговоры с Советской властью. Одновременно он пытался, пользуясь затишьем, переправить оставшиеся банды в горы. Реввоенсовет Ферганской области, приступая к переговорам с Мадамин-беком, не прекращал преследования его банды. Мадамин-бек вынужден был капитулировать. 6 марта 1920 г. он подписал соглашение, в котором признал свое полное подчинение Советской власти. 12 марта 1920 г. 1200 всадников Мадамин-бека прекратили борьбу.
Однако прочный мир в Ферганской долине не наступил. Несколько басмаческих банд не сложили оружия. Предпринятые попытки склонить курбаши оставшихся шаек к добровольной сдаче успеха не имели. В них сконцентрировались наиболее реакционно настроенные элементы и преступники, у которых за плечами было немало убийств и грабежей. И тем не менее Советская власть продолжала прилагать усилия для прекращения кровопролития. В мае 1920 г. с помощью Мадамин-бека и добровольно сдавшегося Хал-ходжи удалось добиться явки парламентера из стана Курширмата на мирные переговоры. Одновременно к Курширмату направилась делегация в составе комиссара полка Сухова и Мадамин-бека. Но Курширмат отказался от переговоров, а Сухова и Мадамин-бека отдал на расправу своим приспешникам. 14 мая 1920 г. в урочище Тамаша их обезглавили. В этот же день в кишлаке Караул был схвачен и зарезан Хал-ходжа.
Басмачи опять активизировали свои действия. На их сторону перешел бывший басмач, сдавшийся в 1919 г., Ахунджан. Он получил возможность искупить свою вину, его назначили командиром полка, расквартированного в Андижане, и вот теперь Ахунджан снова вместе с бывшим курбаши Парпи оказался в стане врага.
К середине лета 1920 г. на территории Ферганы опять сосредоточилось 30 тыс. басмачей. Среди них вновь было немало дехкан, обманутых или загнанных в банды угрозами. Эта категория басмачей при первой возможности стремилась уйти из шайки. И тем не менее басмачи имели достаточно внушительные силы. 23 мая 1920 г. М. В. Фрунзе писал командующему Заволжским военным округом: «В Фергане у нас вновь возродился басмаческий фронт». На этот раз наибольшую опасность представляла банда Курширмата. Английская разведка руками басмачей намеревалась уничтожить каменноугольные копи Кызыл-Кия и Сулюкты, нефтяные промыслы и хлопковые плантации в Ферганской долине.
Весной 1920 г. к Курширмату присоединились остатки банды Хал-ходжи. Для поднятия боевого духа Курширмат стал именовать свое воинство «армией ислама». В этой «армии» находилось около 2 тыс. человек под командованием 27 курбаши.
Контрреволюция постоянно стремилась объединить басмаческие силы под руководством одного вожака. Как только кто-нибудь из главарей выдвигался в «лидеры», ему немедленно предоставлялась всемерная поддержка. Так произошло и на этот раз. Курширмат получил финансовую помощь, а для поднятия «авторитета» — пышный титул. На совещании курбаши Ферганы в июле 1920 г. он был наречен «амир-ал-Муслимином».
К началу боевых действий к Курширмату присоединилось еще несколько банд. Их общая численность теперь составила 6450 человек.
Пытаясь «произвести эффект» на население, Курширмат одел 200 басмачей в военную форму английского образца и разъезжал с ними по кишлакам и аулам. Тем самым он убедительно продемонстрировал свою связь с английскими империалистами.
Широкий размах действий басмачей в Ферганской долине вновь сделал этот район ареной ожесточенной классовой борьбы. После зверской расправы Курширмата с Суховым и Мадамин-беком переговоры с ним, естественно, уже не велись. Ферганский фронт объявлялся наиболее опасным. Как сообщал В. И. Ленину М. В. Фрунзе, в Фергану были направлены основные силы Туркестанского фронта. Правда, они были не так уж и велики, но, действуя в тесной связи с массами, в единстве с добровольческими отрядами, Красная Армия представляла собой цементирующее ядро вооруженной борьбы народа против басмачей и успешно справлялась с этой задачей.
Учитывая имевшийся опыт борьбы с крупными бандами басмачей, М. В. Фрунзе 15 мая 1920 г. отдал приказ о начале военных действий на широком фронте. Главные силы, однако, сосредоточивались в районе основных баз басмачей в Алайской долине. Здесь действовала сводная группа в составе двух полков и национального Киргизского дивизиона. Командовал этим сводным отрядом Э. Ф. Кужелло. В самой Ферганской долине для ликвидации банд был сформирован подвижной отряд.