Боевые действия против басмаческих банд велись и в районе Коканда. Там находилось свыше тысячи басмачей. В двух боях банды потеряли около 120 человек. Остальные, не выдержав натиска красных бойцов и добровольцев, рассредоточились на мелкие группы.
В течение четырех суток продолжался тяжелый и упорный бой на железнодорожной станции Джалал-Абад. Располагая значительным превосходством, басмачи окружили станцию, где занял оборону небольшой красноармейский гарнизон. Горстка бойцов оказалась в исключительно трудном положении. Иссякли запасы воды и продовольствия. С каждым выстрелом таяли боеприпасы. На четвертые сутки атаки противника стали непрерывными. В момент, когда небольшому отряду бойцов уже нечем было обороняться, а басмачи наступали со всех сторон, на горизонте появился бронепоезд. Мощным огнем артиллерии и пулеметов он рассеял банду.
Весь октябрь 1920 г. в Ферганской долине продолжились бои с басмаческими бандами. Под ударами Красной Армии и добровольческих отрядов бандитские формирования распадались. В этой обстановке басмаческие курбаши Ферганской долины при участии агентуры иностранных разведок провели двухдневное совещание, надеясь сплотить свои силы и. совместно найти выход из создавшегося положения. После долгих перепалок и взаимных оскорблений участники совещания решили обратиться за помощью к восточнобухарской контрреволюции в лице Ибрагим-бека и бывшего эмира Сейид Алим-хана. Для переговоров избрали связных, которых и направили в Восточную Бухару.
Ценой больших усилий совещание примирило двух басмаческих главарей Ферганы — Курширмата и Муэтдина. Пока шли переговоры между главарями ферганских и восточнобухарских басмачей, части Красной Армии и добровольческие отряды продолжали громить шайки в Ферганской долине.
С наступлением зимы положение басмачей ухудшилось. Красная Армия при активной поддержке населения не давала возможности бандам надолго задерживаться в кишлаках. Безлюдные горные ущелья и частые снежные обвалы деморализующе действовали на басмачей. Курбаши предпринимали попытки пробиться в населенные пункты, но, встречая отпор, вновь уходили в горы. 24 ноября 1920 г. группировкам Курширмата и Алияра, пытавшимся прорваться в целях грабежа в обжитые районы, отряды Красной Армии нанесли еще один удар. В результате басмачи бежали в направлении Соха, где 25 ноября были вновь настигнуты и рассеяны на мелкие группы.
В ноябре 1920 г. более 1200 басмачей, укрывавшихся на юге Киргизии, сосредоточились в Нарынской волости, намереваясь поживиться за счет населения. Однако и на этот раз им не удалось в полной мере осуществить свои планы. Для защиты местного населения в Нарынскую волость прибыл отряд Красной Армии. Он внезапно атаковал становище басмачей. Завязалась рукопашная схватка, в которой басмачи понесли тяжелые потери.
К началу и в первой половине декабря 1920 г. после проведения нескольких успешных операций были уничтожены две банды и основательно потрепана банда Парпи, насчитывавшая более 2 тыс. человек. 9-я бригада Я. А. Мелькумова разбила банду Казакбая и нанесла крупное поражение шайке Аман-Палвана. Группировка Курширмата, в составе которой находились уголовные преступники, баи и реакционное духовенство, снова ушла в Алайскую долину, поближе к границе.
К исходу 1920 г. численность басмачей по сравнению с началом года резко сократилась. Не более 4 тыс. их рыскали по Ферганской долине, главным образом в прилегающих к ней горных массивах. Вытесненные из густо населенных районов, они лишились основных продовольственных баз. Население кишлаков и аулов отказывалось обеспечивать банды фуражом и продуктами питания. Все реже удавалось басмачам захватывать продовольствие силой. Этому препятствовали не только Красная Армия и добровольческие отряды, но и сами дехкане. Нередко население кишлаков и аулов по своей инициативе объединялось и давало отпор басмачам.
В кишлаке Майли-Сай безоружные дехкане пригласили басмачей в дома, а затем по сигналу разоружили их поодиночке, захватив 37 винтовок и 32 лошади. Такие примеры не единичны. Но главной формой борьбы населения с бандами являлось его участие в добровольных дружинах, отрядах милиции и самообороны. В них к концу 1920 г. состояло более 15 тыс. жителей Ферганской области.
В конце 1920 — начале 1921 г. Советская страна, разгромив главные силы интервентов и белогвардейцев, стала переходить к мирному строительству.
Однако в Ферганской долине долгожданный мир еще не наступил. Инспирируемые внешними реакционными силами, главари басмаческих банд не складывали оружия. Фергану ожидал не один год трудной борьбы с басмачами.