Задолго до крушения эмирата в горных районах Восточной Бухары возникли басмаческие шайки. Во главе их, наряду с уголовниками, нередко становились муллы, эмирские сановники, беки, вожди племен.
Активность басмаческих шаек возросла с весны 1919 г., когда на территорию Восточной Бухары перешло немало басмачей из Ферганской долины.
Готовясь к борьбе с Советским Туркестаном, эмир стремился использовать басмачей. Он рассылал гонцов с письмами, в которых предлагал создавать вооруженные отряды.
Одним из очагов басмачества стал район Локая, расположенный к юго-западу от Душанбе у рек Кафирниган и Вахш. Здесь, в условиях особенно значительной экономической и социально-культурной отсталости, господства родо-племенных отношений, уже давно орудовали басмачи, совершавшие нападения на караваны и другие уголовные преступления. При этом в той части Локая, которая находилась за бурной горной рекой Вахш, традиционно селилось много людей, бежавших от кровной мести соплеменников. Эти люди нередко охотно вступали в ряды басмачей.
Во главе локайских басмачей встал некий Ибрагим-бек. Основную опору он находил в племенах Исан-ходжи и Бадра-оглы, занимавших господствующее положение среди локайских племен.
21 марта 1920 г. эмир Бухары направил Ибрагим-беку письмо с призывом развернуть «борьбу против неверных» [40].
Ибрагим-бек охотно выступил на защиту эмира, Однако не все племена Локая поддержали Ибрагим-бека. Простые труженики и даже целые племена не хотели вступать в банды. На этой почве усилилась вражда между племенами. Племя Карлюк примкнуло к басмачам только ПОД угрозой жестокой расправы, да и то лишь после того, когда Ибрагим-бек казнил главного муллу племени, выступавшего против басмачества.
Тем временем в Восточную Бухару прибыл, бежавший из столицы бывший эмир и его приближенные. Они не случайно избрали Восточную Бухару в качестве своей базы. С этим районом Сейид Алим-хан и бухарская контрреволюция связывали большие надежды. Он был для них выгоден в географическом и социально-политическом отношениях. Могучие горные хребты и близость государственной границы давали возможность главарям в нужный момент укрыться в труднодоступных ущельях или за границей. Именно здесь действовали крупные басмаческие банды Ибрагим-бека.
Эмир на непродолжительное время обосновался в Душанбе и взялся за укрепление своей власти в Восточной Бухаре. Вскоре несколько караванов доставили в Восточную Бухару английские винтовки и патроны.
Опираясь на помощь империалистических держав, Сейид Алим-хан организовал крупные банды, которые сосредоточил в районах Куляба, Гиссара и Душанбе. К середине ноября 1920 г. отряды бывшего эмира захватили Байсун и Шерабад. Он объявил принудительную мобилизацию среди дехкан. В начале декабря 1920 г. армия эмира насчитывала 7 тыс. человек. В ней появилась артиллерия — 30 орудий. 500 верблюдов были нагружены тюками с боеприпасами. В войсках эмира находилось 1000 афганцев. Заняв к концу декабря 1920 г. Шахрисабз, Китаб, Яккобаг, проведя там новую мобилизацию, эмир увеличил армию до 15 тыс. человек.
Басмачи зверски расправлялись с населением. Мирных жителей убивали даже за то, что они, вопреки запрету, выходили на улицу, когда по ней проезжал бывший эмир. Окружавшие Сейид Алим-хана чиновники и басмачи за одну ночь пребывания в городе Каратаге зарубили нескольких человек шашками, главным образом тех, кто сопротивлялся грабежу и насилию.
В Восточной Бухаре уже в период пребывания там бывшего эмира заметную роль играли локайские банды, среди которых выделялась крупная шайка известного бая Парванчи, тестя Ибрагим-бека [41].
Насилия басмачей вызвали народный гнев. 16 декабря 1920 г. против эмира восстали дехкане Каратегинского вилоята. Восстание было жестоко подавлено. Восстали и жители Шерабада, направившие своих делегатов в Термез с просьбой скорее прислать красных аскеров на выручку.
Сложная обстановка в Восточной Бухаре требовала от Советского правительства Туркестана принятия срочных мер по ликвидации сил бывшего эмира.
Борьба с басмачеством в Восточной Бухаре и северных районах современного Таджикистана предстояла нелегкая. Бойцам Красной Армии и отрядам добровольцев приходилось вести трудные, ожесточенные бои с крупными бандами Рахманкула, «Матчинского бекства». Эти банды имели неплохо оборудованные базы. Группировка Рахманкула, насчитывавшая более 2 тыс. человек, располагалась в районе кишлака Ашаба. В горах они соорудили крепость с потайным ходом, в ней заготовили большие запасы продовольствия, фуража и снаряжения. Здесь же находилась и мастерская по производству патронов. Сподвижники Рахманкула отличались особой жестокостью, они совершали зверские расправы над целыми группами партийных, советских активистов, пленными командирами и красноармейцами.