Красноармейцы, командиры и бойцы доброотрядов выдержали суровый экзамен в условиях ожесточенной классовой борьбы. В едином строю, воодушевленные общей целью, плечом к плечу героически дрались с врагом коммунисты, комсомольцы и беспартийные; русские, украинцы, белорусы, казахи, туркмены, представители других национальностей страны.
В результате ударов, нанесенных по басмачам на первом этапе, активной политико-массовой работы среди населения, произошел перелом в настроениях дехкан. Обманутые и запуганные бедняки и середняки, оказавшиеся в бандах, все отчетливее убеждались в силе Советской власти, все яснее представляли себе провокационный и антинародный характер действий басмачей. На митингах и беседах дехкане, вышедшие из банд, заявляли: «… Ничего, кроме ущерба, банды нам не принесли»; «Население было обмануто и ничего не получило из обещанного баями».
Но по-прежнему не меняло позиций байство. Оно призывало продолжать вооруженную борьбу и уходить за кордон. По-прежнему через границу прорывались новые банды.
На втором этапе стояла задача ликвидировать оставшиеся группы, не допустить их прорыв за границу, изъять оружие.
Этот этап начался 22 сентября 1931 г. К тому времени сложилась следующая обстановка. В ряде районов мелкие группы басмачей под видом «мирных» жителей скрывались среди откочевщиков в далеких становищах. В Бахарденском, Ербентском, Мервско-Тедженском и некоторых других районах, где ранее военные операции не проводились, басмачи сохранили свои силы. Де были еще ликвидированы и группы, прорвавшиеся из-за границы.
Второй этап операции имел ряд особенностей. Во-первых, возросло участие населения в борьбе с басмачеством. Во-вторых, в связи с ликвидацией наиболее крупных группировок басмачи уже не оказывали столь ожесточенного сопротивления, как прежде, значительно усилилось их разложение. С повинной все чаще приходили не только рядовые басмачи, но и курбаши.
В сентябре-октябре 1931 г. добровольно сдалось 1043 рядовых басмача, 17 курбаши. За это же время в боевых схватках было уничтожено 84 и взято в плен 98 басмачей. Но часть главарей все еще не хотела складывать оружия. Так, в начале октября вновь объединились остатки разрозненных казахских и туркменских групп на севере Каракумов численностью до 400 человек.
Главная роль в этом объединении принадлежала Дурды Мурту и Бекджан-хану. На их разгром были направлены 10-й кавалерийский полк и 62-й дивизион. Совместными действиями они ликвидировали основные силы басмачей (большая часть попала в плен, только Бекджан-хану и Дурды Мурту удалось скрыться).
В Куня-Ургенчском районе действовали 1-й Туркменский полк и мотомеханизированный отряд, в Ильялин-ском районе Узбекский кавалерийский полк и 2-й дивизион 10-го кавалерийского полка, в Тахтинском районе вел борьбу 84-й кавалерийский полк.
7 октября началось общее наступление, в котором широкое участие приняли местные жители. Они активно помогали в поиске, захвате и разоружении басмачей, в изъятии скрытого оружия. В результате их помощи только с 7 по 10 октября 1931 г. удалось изъять более 4 тыс. винтовок и револьверов.
В результате обеих операций в Каракумах сдалось добровольно, было взято в плен, убито и ранено 3287 басмачей.
Так, к осени 1931 г. основным басмаческим силам в Туркмении и хищникам пустыни — родо-племенным вождям — пришел конец. Феодально-родовая верхушка как социально-экономическая прослойка прекратила свое существование. Тем самым басмачество лишилось своей питательной среды, своей почвы и базы. В ходе борьбы с басмачами до 50 тыс. голов мелкого скота и 10 тыс. верблюдов было передано беднякам.
Правда, борьба с басмачеством в Туркмении на этом не закончилась. Благодаря помощи зарубежной эмиграции отдельные курбаши еще сравнительно длительное время продолжали свою бандитскую деятельность, чему способствовали природные условия Туркмении — наличие огромных пустынных территорий, где легко скрывались небольшие басмаческие группы.
В 1932 г. и первой половине 1933 г. Джунаид-хан, Ахмед-бек, Дурды Мурт и другие организовали п заслали в Советскую Туркмению несколько десятков басмаческих шаек. Только с 1 января по 7 марта 1932 г. на советскую территорию вторглись 32 группы общей численностью более 1430 человек, которые в большинстве случаев либо задерживались, либо уничтожались пограничниками в боях на границе. В июле 1932 г. шесть небольших банд скрывались в глубине Каракумов.