Мысль о создании произведения на тему из русской истории зародилась у Шишкова еще в конце 20-х годов. Довольно длительное время его привлекала к себе Россия эпохи Александра I, личность всесильного фаворита царя — Аракчеева. «Летом думаю готовиться (читать) к работе над романом „Аракчеевщина“… В этой эпохе много интересных эпизодов и людей», — писал Шишков П. С. Богословскому 11 мая 1929 года («Вячеслав Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 272). Об этом же замысле Шишков говорил весной 1929 года и своему близкому другу, писателю В. М. Бахметьеву. По словам последнего, Шишков собирался ввести в роман образ старца Федора Кузьмича, в котором народная легенда видела царя Александра I, якобы тайно оставившего престол и доживавшего свои дни в усадьбе томских купцов Хромовых. Но роман «Аракчеевщина» так и не был начат писателем. Конец 20-х — начало 30-х годов явились для него временем самого напряженного труда по завершению «Угрюм-реки», от которого он не мог отвлекаться на сколько-нибудь длительный срок; кроме этого, Шишков начал постепенно охладевать к своему замыслу, так как, по его мнению, первая четверть XIX века достаточно уже была разработана в художественной литературе, да и сама личность Аракчеева уже не казалась ему достойной стать в центре большого произведения: «Лицемер и жестокий солдафон. Только и всего!» — говорил о нем писатель (Л. Р. Коган «Из воспоминаний о В. Я. Шишкове» — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 206). Однако, по свидетельству жены писателя К. М. Шишковой, он вплоть до 1934 года еще возвращался мысленно к царствованию Александра I, пока не увлекся новой, целиком его захватившей темой — восстанием Пугачева.
Выбор этой темы был для Шишкова далеко не случаен и обусловливался постоянным его интересом к судьбе русского народа и к прошлому России. Как известно, первую попытку нарисовать борьбу широких народных масс со своими многовековыми угнетателями Шишков сделал еще в начале 20-х годов в повести «Ватага», посвященной партизанскому движению в Сибири в период гражданской войны. Повесть оказалась неудачной, партизанское движение было представлено D ней в искаженном виде, как разбушевавшаяся, безудержная стихия, не руководимая никаким сознательным началом. «Ватага» подверглась в свое время суровой критике, справедливость которой признавал сам писатель, намеревавшийся переработать повесть. Но так или иначе «заявка» на тему о жизни народной, взятой в один из наиболее кульминационных ее моментов, была сделана Шишковым этим произведением. По словам автора, «именно „Ватага“ была тем психологическим толчком», который заставил его взять в качестве новой темы эпоху восстания Пугачева. «Я почувствовал, что о ней можно написать густо, масляными красками, так сказать, — по Репину», — говорил Шишков в беседе с корреспондентом газеты «Литературный Ленинград», делясь с ним своими планами и замыслами на будущее («Литературный Ленинград», 1934, № 34, 26 июля). Но и «облюбовав» себе тему, писатель не сразу решился окончательно остановиться на ней: смущала сложность и ответственность задачи «живописать то, что автор не мог видеть», вызывали сомнения собственные творческие возможности — ведь о Пугачеве и его времени писал «сам Пушкин». Своими колебаниями Шишков делился с близкими людьми, с товарищами по перу, в частности с А. Н. Толстым, с которым его связывала тесная дружба. Как вспоминает Л. Р. Коган, «А. Н. Толстой, и сам увлекавшийся художественно-историческим жанром, горячо поддержал намерение Вячеслава Яковлевича взяться за исторический роман, посвященный Емельяну Пугачеву».
«…Бояться нечего!.. У Пушкина повесть (имеется в виду „Капитанская дочка“. — В. Б.), так сказать, „камерного“ характера. Вся эпоха пропущена через семейную хронику. Это гениально. И, разумеется, дураком нужно быть, чтобы попытаться повторить это после Пушкина. Надо совсем по-иному браться за „Пугачева“, дать большое полотно, народную эпопею. Тут никакой встречи и не будет… Да ведь и эпоха и тема таковы, что их и на десять писателей хватит. Были бы силы!» (Л. Р. Коган «Из воспоминаний о В. Я. Шишкове» — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 207).
Мнение А. Н. Толстого помогло Шишкову укрепиться в своих намерениях. Трезво оценив свои силы и утвердившись в мысли, что он сможет справиться с задуманным, писатель принимается за подготовительную работу к «Емельяну Пугачеву». Он начал ее с составления подробного списка материалов, с которыми ему предстояло познакомиться. В этот список входило несколько сот названий — от капитальных трудов по истории XVIII века и сборников исторических материалов до журнальных статей и отдельных публикаций. Среди них были. «Осьмнадцатый век» Бартенева, переписка и мемуары Екатерины II, записки Болотова, Фонвизина, Державина, Радищева, Рычкова, Дмитриева, Е. Дашковой, а также более поздние исследования и сборники документов: Н. Дубровин «Пугачев и его сообщники», Я. Грот «Материалы для истории пугачевского движения», сборники «Восстание Пугачева» и «Пугачевщина» (издание Центроархива), труды историков Соловьева, Пыпина, Фирсова, Семевского, Покровского и многое другое. Работа по овладению этим огромным материалом была трудоемкой и серьезной. Сложность ее усугублялась тем, что Шишков не мог ограничиться лишь пассивным усвоением какой-то суммы исторических сведений, но и должен был выработать свое собственное отношение к ним, часто переосмыслить всю концепцию, данную тем или иным историком буржуазно-дворянского лагеря. «Моя задача — показать эпоху с наших советских позиций», — говорил писатель в уже цитированной беседе с корреспондентом «Литературного Ленинграда»; для плодотворного разрешения этой задачи он не раз обращается за консультациями к специалистам историкам по вопросам как общего, так и более частного характера.