Автономисты подчинили себе старый Коканд и примыкающие к нему уезды. Штаб их поместился в большом каменном здании торговой фирмы «Треугольник». Отсюда новоиспеченные «министры» пытались руководить краем. Но сами они не были хозяевами положения даже в собственной столице— Коканде; Крепость и новый город охраняли рабочие отряды. В городе функционировал Совет рабочих и дехканских депутатов, во главе которого стоял профессиональный революционер Бабушкин. Крепостной артиллерией командовал бывший фронтовик, фейерверкер старой армии Федор Зазвонов, прославившийся в те дни необычайной храбростью.
Сражение, начавшееся 12 февраля, было упорным и кровопролитным. Крепостная артиллерия вела огонь по старому городу, где скапливали свои силы автономисты, рабочие отряды отражали атаки на улицах, строили баррикады. Басмачи, верные своим разбойничьим традициям, жгли дома, грабили склады.
На десятый день из Ташкента прибыли крупные красногвардейские части под командованием председателя Туркестанского Совета народных комиссаров Федора Колесова и военного комиссара Туркреспублики Е. Л. Перфильева. Отряды Красной Гвардии повели наступление на автономистов. Басмачи оставили город, а правительство «Кокандской автономии» было арестовано. Только нескольким главарям удалось бежать за границу и в числе их Мустафе Чокаеву. Главнокомандующий вооруженными силами автономистов Иргаш-курбаши вместе со своими отрядами скрылся в дальнем селении Бачкирт.
Разгром «Кокандской автономии» не положил конец гражданской войне в Ферганской долине. Она лишь временно стихла. Иргаш-курбаши стал тайно собирать вокруг себя разрозненные басмаческие банды. В дальние кишлаки поскакали его сообщники, чтобы выискать друзей по разбою, призвать их к борьбе с Советами. В призывах курбаши одним из первых был всегда пункт, весьма соблазнявший главарей банд, — возможность пограбить. И они охотно шли за Иргашем.
Глухие места Туркестанского края и особенно горная часть Ферганской области с давних времен были прибежищем басмаческих банд. Задолго до первой империалистической войны в Андижанском районе оперировала банда братьев Азимходжи и Махкамходжи, При поимке их Азимходжу настигла пуля, а второй брат попался и был приговорен к двадцати годам каторжных работ. После амнистии в 1917 году Махкамходжа вернулся в Андижан и снова собрал банду.
В Кокандском уезде еще до революции бесчинствовали курбаши Хамдамходжа, Курширмат, Иргаш-чулак, Халходжа и Иргаш-кичик. Все они, как и Махкамходжа, побывали на каторге и, вернувшись в Фергану, занялись старым ремеслом. После признания буржуазными автономистами Иргаша-курбаши верховным главнокомандующим басмачество вышло на арену гражданской войны как контрреволюционная сила. Банды направляют свои удары на поселки, где активно работают местные Советы, где видна передовая роль коммунистов. По заданию ташкентского подпольного белогвардейского центра они разрушают железные дороги, жгут хлопковые заводы, пытаются разрушить угольные копи Шураба и нефтяные промыслы Чимиона. Все это имеет определенную политическую цель — подорвать экономику молодого советского государства, физически уничтожить сторонников Советской власти.
Молодая Советская республика, зажатая кольцом фронтов, не могла в то время освободить сколько-нибудь значительные силы для разгрома басмачества, и этим обстоятельством пользовались главари банд. Они бесчинствовали, терроризируя население, грабя и предавая огню кишлаки. Жестокость курбашей снискала им славу изуверов. Захватывая беззащитные поселки, они полностью вырезали население, не щадя ни женщин, ни стариков, ни детей. В Шарихане, например, были убиты все рабочие хлопковых заводов. Нож не пощадил даже молящихся мусульман, хотя курбаши и заявляли, что ведут войну во имя аллаха.
Возрастая численно, басмачество превращалось в грозную силу. Контрреволюция все шире привлекала курбашей, видя в них свою вооруженную опору. Белогвардейское подполье по указанию английского шпиона Бейля фактически взяло на себя руководство басмачеством. И не только руководство. Оно снабжало банды пулеметами, винтовками, патронами, засылало к ним военных инструкторов. Теперь уже хаотические налеты на пригороды и кишлаки не устраивали белогвардейский центр и его английского советника. Генерал Джунковский, стоявший во главе ташкентского контрреволюционного подполья, требовал объединения басмаческих сил, единого руководства. Иргаш-курбаши, способный только на разбой и грабеж, мало устраивал хозяев. Не случайно поэтому в борьбе за пост «командующего» басмаческими отрядами победу одержал Мадамин-бек. Эта кандидатура больше импонировала подполью. Бывший начальник Старо-Маргиланской милиции, перешедший на сторону врага вместе со своим отрядом, лелеял планы большой войны и тем самым сближался с белогвардейским центром. Басмаческие полчища были переименованы в «мусульманскую армию», а Мадамин-бек объявлен главнокомандующим.