Возмущенные Короленко и Чехов вернули свои академические дипломы. Кони и все другие остались… Анатолий Федорович сказал Стасову, что и он хочет выйти «начистоту из Академии», но не сейчас, а после новосочиненного в отделении устава. Сам Стасов почти не ходил на заседания Разряда. Стасов и Короленко были в числе тех, кто предложил кандидатуру Горького в почетные академики. Кони в тот раз выдвигал Спасовича (забыто старое раздражение!), П. Д. Боборыкина и К. К. Арсеньева…
Анатолию Федоровичу, с одной стороны, страстно хотелось, «чтобы все уладилось». «Большой оппортунист», как сам он называл себя впоследствии, Кони мечтал, чтобы и «овцы были целы и волки сыты». А в глубине души он понимал, что никакого умиротворения быть не может, что крайние противоречия, обозначившиеся в обществе, коснулись и академии. Волков уже нельзя было насытить — овцы перестали быть послушными…
Попытки Кони создать хоть видимость единства в Разряде ни к чему не приводили. В письме к Шахматову он жалуется, что Арсеньев не будет на заседании, «…Стасов упорно отказывается прийти, то же самое заявил мне еще ранее Боборыкин». Кончается письмо тем, что Анатолий Федорович, сославшись на болезнь сестры Людмилы, заявляет об отъезде из Петербурга.
— Вечная мысль о Разряде поднимает в душе моей горечь, — говорил он в те дни, когда уход Чехова и Короленко поставил под сомнение само существование Разряда изящной словесности.
К моменту, когда император так грубо по-фельдфебельски вмешался в дела Академии наук, Кони был уже знаком с Алексеем Максимовичем Горьким лично. Встреча их состоялась 14 октября 1899 года на квартире Анатолия Федоровича. Горький хотел привлечь популярного в России человека к публичному выступлению в Нижнем Новгороде в пользу студентов, протестовавших против «Временных правил», дающих властям возможность отправлять их в армию «скопом», за участие в беспорядках. Организовал свидание двух выдающихся людей поэт Федор Батюшков.
«Пользуясь Вашим любезным разрешением, буду у Вас завтра (четверг) с Горьким в указанные Вами часы, т. е. между 4–5, — писал Батюшков Кони. — Настоящее имя Горького — Алексей Максимович Пешков. Ему будет истинным удовольствием и честью провести полчаса времени в беседе с одним из замечательных «борцов добра» всепобеждающим словом в наши дни. Внешние овации, устраиваемые Пешкову, мало его трогают: он человек «внутренний», из «алчущих и жаждущих», под своей оболочкой вчерашнего босяка, которая Вас, как умеющего проникать в сущность человека независимо от «показной» образованности, едва ли смутит. Но сам он несколько смущается ею или, вернее, просто конфузится, не зная, как и что «полагается делать» в непривычной для него обстановке. Впрочем, смущение его быстро проходит потому, что он человек искренний. Благодаря Вас за данное разрешение, прошу Вас принять уверения в глубоком к Вам уважении и преданности. Ф. Батюшков».
По словам Батюшкова, Горький остался «в полном восхищении от беседы с А. Кони». Но попытка привлечь Анатолия Федоровича к публичному чтению в пользу вступивших в острый конфликт с правительством студентов заранее была обречена на неудачу. Сенатор Кони для этого должен был пойти на открытый разрыв с властями. А он слишком хорошо помнил дотошные расспросы Николая II о том, в чью пользу и о ком читает свои лекции…
Горький — Кони:
«Позволю себе обратиться к Вам с большой и важной для нас, нижегородцев, просьбой… не приедете ли Вы в Нижний почитать о Гаазе… О Гаазе нужно читать всюду, о нем всем нужно знать, ибо это более святой, чем Феодосий Черниговский… Я давно Вас знаю, читал Вас и всегда удивлялся Вам, слушая рассказы о Вас. От всего сердца желаю Вам здоровья и бодрости духа. Благодарю за то, что Вы дали мне возможность увидеть Вас, Очень прошу, Анатолий Федорович, — буде есть у Вас возможность — приезжайте! Как это хорошо будет для всех нас!»
Кони — Горькому: