Работа в Государственном совете, в его комиссиях отнимала у Копи немало времени, требовала большого напряжения всех духовных сил. И в то же время оставляла горький осадок: «Вот уже три года сижу в Государственном Совете и многоразличных его комиссиях и тесно соприкасаюсь с деятельностью Гос[ударственной] думы. С горестной тревогой спрашиваю я себя: где же те способные, стойкие, любящие родину люди, которых прежде народ выдвигал из своей среды, люди, способные стать знаменем, символом, способные собрать и кристаллизовать около себя сомкнутые ряды единомышленников?» — писал Анатолий Федорович 20 июня 1909 года Д. А. Милютину из сестрорецкого Курорта, где снова проводил отпуск.
Одной из своих старинных приятельниц Кони жаловался, что в верхней палате крайнее правое течение взяло верх над всем и защита там элементарных начал справедливости обращается в донкихотскую борьбу с мельницами. «Какое отсутствие сознания своего долга перед родиной! Я знаю ученых и общественных деятелей, которые в течение пяти лет, получая по 10.000 жалованья в год из кармана русского народа, ни разу не открыли рта и считали себя вправе не присутствовать ни в одном заседании по вопросам веротерпимости или о разрушении правового строя Финляндии…»
Сам же Анатолий Федорович не пропускал ни одного заседания, где обсуждались принципиальные вопросы.
В мае 1913 года, когда большинство членов Государственного совета решило принять постановление, «запирающее дверь массе молодежи для входа в университет», Кони, совершенно больной после тяжелой ангины, сменившейся горловыми кровотечениями, приехал в Мариинский дворец и выступил с яркой речью, доказывая, что прием в университеты должен быть расширен, что нужно предоставить право поступления в них абитуриентам различных средних учебных заведений — реалистам, кадетам, семинаристам и т. п., а не только выпускникам классических гимназий. Предложение это было отклонено.
Там же на заседании у Кони снова пошла горлом кровь и начался сильный сердечный припадок, так, что пришлось прибегнуть к помощи врача.
О том, насколько загружен был Анатолий Федорович, свидетельствует его письмо президенту Академии наук в октябре 1909 года:
Павловск. 26.Х.09
«Вот, например, мое деловое меню на будущую неделю: «Понедельник — от 2 до 6 заседание Комитета Попечительства о домах Трудолюбия (весьма важные вопросы, возникающие из необходимости оградить Августейшую] Председательницу Попечительства от злоупотреблений ее доверием), — от 8 до… совещание с членами Государственной думы об общих основаниях закона о неприкосновенности личности; — Вторник — от часу до 6 Комиссия об изменении порядка предания суду (Гос. Сов.), — от 8 до… предварительное совещание членов Г. С. по старообрядческим делам; — Среда — от 9 до 11 две лекции в лицее; от 2 до 6-ти Общее собрание Госуд. Совета, — от 8 до… заседание Комитета Общества вспомоществования бывшим Московск. студентам (я председатель общества); — Четверг — с часу до 6 заседание комиссии Г. С. по авторскому праву (я докладчик), с 8 до… совещание с членами Думы по проекту вероисповедного закона; — Пятница с часу до 6 заседание Комиссии Г. С. о старообрядческих общинах, с 8 до… заседание благотворительного общества судебного ведомства (я председатель) и суббота — с 2 до 6 Общее Собрание Государств. Совета и с 8 до… заседание юридического общества по весьма важным вопросам о реформах в Уголовном законодательстве. — Если припомнить, что мне 66-й год жизни «Ohne Rast» и что по всем этим вопросам необходимо изучать и отыскивать смежные материалы, то придется признать, что я могу повторить слова Филарета: «мера уменьшаемых временем сил моих не в меру бремени моему…»
Такая активная деятельность, такая работоспособность — надо не забывать еще о том, что приблизительно в это время Кони заканчивал свои воспоминания о Лорис-Меликове, о Л. Н. Толстом, о деле Засулич, о крушении царского поезда в Борках, писал об Овсянникове, Гулак-Артемовской, очерки «Ужасное», «Мистическое», «Слуги», «Триумвиры», «Синьор Беляев», «Августейшие особы», «Князья церкви» и другие материалы, — могут вызвать только восхищение. И снова заставляют вспоминать о том, что не его слабое здоровье было истинной причиной, по которой не принял Анатолий Федорович предложение Столыпина стать министром юстиции…