Непререкаемый авторитет у родственников, любовь и преклонение студентов за острый ум, за готовность в любое время прийти на помощь и своими знаниями, и своими скудными средствами, которые добывал нелегким трудом изнуряющего репетиторства, окрыляли юного кандидата прав. Казалось, все дороги открыты перед ним. Лишь случай лишил Анатолия возможности поехать продолжать образование за границу и стать профессором в Московском университете.
В мае Кони сдавал экзамены по уголовному праву. Экзаменатор, ректор университета Сергей Иванович Баршев, внимательно выслушав ответ, неожиданно предложил:
— Не хотите ли остаться при университете по кафедре уголовного права?
Вопрос был настолько неожиданным, что Анатолий растерялся. И немудрено! Студенту-выпускнику, имевшему педагогические и ученые наклонности, предлагали осуществить его мечту!
Несколько дней шли мучительные переговоры с ректором. Одно лишь обстоятельство смущало Анатолия: Баршев настаивал, чтобы он уже с осени, разделив с ним кафедру, начал читать студентам уголовное право. А Кони был убежден, что ему еще рано выходить с лекциями к своим недавним товарищам, что необходима более серьезная подготовка.
— Чего смущаться! — ректор не хотел понять доводы Анатолия. — Ведь не боги горшки обжигают. Вот и я: готовился за границей по полицейскому праву, а вернулся в Россию — пришлось читать уголовное. Ну что ж, — ничего себе, читаю!
«Не боги горшки обжигают, — внутренне усмехнулся Кони. — Да потому и обжигают только горшки, что не боги».
Чувство ответственности и решительный характер пересилили соблазн будущей профессуры. Кони отказался от предложения Баршева. Не желая упустить способного молодого человека, ректор пообещал включить его в список рекомендуемых для посылки на учебу за границу, в Лейпциг, к Пирогову. Кони ликовал. Министерство рекомендацию приняло, но из-за отсутствия кредитов на текущий год перенесло поездку на осень 1866 года. Реакция, наступившая после выстрела Каракозова, перечеркнула все мечты Кони о научной карьере. Был уволен министр народного просвещения А. В. Головнин — Каракозов ведь был студентом! Из Лейпцига без всяких объяснений отозвали Пирогова, и посылка за границу молодых людей была временно прекращена.
Но все это произошло в 1866 году, а в 1865-м, сдав 14 июня последний государственный экзамен, полный радужных надежд на будущую поездку, Кони поступает 30 сентября на временную службу счетным чиновником в Государственный контроль, но почти сразу же по рекомендации университета на запрос военного министра Д. А. Милютина переходит на работу по юридической части в Военное министерство, в распоряжение дежурного генерала, будущего начальника Генерального штаба Ф. Л. Гейдена. В его «Послужном списке» причисление к Государственному контролю и перевод в Главный штаб помечены одним числом — 30 сентября.
Кони присваивают чин коллежского секретаря со старшинством. Гейден разрешил Анатолию «не носить форменного платья и представлять… работы ему непосредственно, минуя разные канцелярские инстанции». Работы эти носили историко-юридический характер и предназначались для подготовки преобразований, сторонником которых был министр. По поручению Гейдена Кони дважды докладывал разные справки по военно-судебным уставам самому министру. Как показало будущее, молодой кандидат и министр произвели друг на друга хорошее впечатление. Но служба в Военном министерстве продолжалась чуть больше полугода.
На 17 апреля 1866 года в Петербурге было назначено открытие новых судебных учреждений. «Меня тянуло в них неудержимо», — вспоминал Кони. Старший председатель Петербургской судебной палаты, к которому обратился Анатолий, предложил ему должность помощника секретаря, которая была гораздо ниже занимаемого Кони в Военном министерстве положения. Это не смущает молодого человека. На запрос судебного ведомства Дмитрий Алексеевич Милютин отвечает: «Желал бы удержать, но не считаю себя в праве».